通州，是古代
江苏南通的称呼，出自《
读史方舆纪要》卷23。江苏南通于
后周显德五年（958年）始称通州，北京
通州于
金天德三年（1151年）始称通州，后为避混淆，位于今江苏省的通州俗称
南通州，位于今北京市的通州俗称北通州。通州于
中华民国元年（1912年）废州置县，改为
南通县，由是始有南通之称，解放后市县分离，析出
南通市。现南通市辖崇川、
通州、
海门、
启东、
如皋、
如东、
海安等
县级行政区。
五代周显德五年（958年）改静海军置通州，领静海、海门两县，州治驻静海，辖今
长江以北泰兴、
如皋以东地区，以其地据江海之会，为通吴越之路命名。北宋
天圣五年（1027年）一度改名
崇州，以其兼辖
崇明镇而名。
明道二年（1033年）复为通州。
政和七年（公元1117年）置静海郡。元
至元十五年（1278年）为通州路，二十一年降为通州，属扬州路。明时仍为通州，直管静海县，仍领海门县，增辖崇明县（后改隶苏州府）。
清康熙十一年（1672年），海门废县为乡，并入通州。
雍正二年（1724年）通州升
直隶州，增领扬州府泰兴、泰州府如皋两县。为有别于直隶顺天府通州（今北京市
通县），俗称南通州。乾隆三十三年（1768年），划通州19沙、崇明11沙和新涨10个沙，设
海门直隶厅。
中华民国元年（1912年）废通州为南通县，同时，废
海门厅，设海门县。民国三年至十六年（1914～1927年），南通、如皋、靖江、泰兴等县归
苏常道管辖；海门、崇明等县归
沪海道管辖。民国十六年（1927年）5月，
国民革命军（
北伐军）抵达南通，成立中华民国南通县政府。民国十七年（1928年）3月，原属崇明县的
外沙独立建置启东县。民国二十三年（1934年），江苏省行政第七区专员公署设于南通城，下辖南通、如皋、海门、启东、崇明5县（1936年苏七区改为苏四区，增辖靖江县）。民国二十三年至二十七年（1934～1938年）曾置南通行政督察区。
抗日战争期间，南通地区国民党政府、中国共产党建立的抗日民主政权、汪精卫亲日傀儡政权（即汪伪“清乡”公署）交错并存。民国三十二年（1943年）1月，在国共联合抗日的背景下，
苏中行政公署决定划东台、泰县、如皋3县部分地域设置
紫石县（1948年改称海安县），治所在
海安镇。民国三十四年（1945年）抗日战争胜利后，如皋西乡的
如西县复名如皋县；如皋东乡的如皋县定名如东县。解放战争期间，国共两党均多次调整南通地区政权设置。民国三十八年（1949年）2月，中国人民解放军攻占南通城，通如海启全境解放。华中行政办事处决定，从原南通县中划南通城、唐闸镇、天生港镇、陆洪闸和近郊农村成立南通市，隶属苏皖边区第九行政区（后改为苏北南通行政区），行署机关驻南通市。南通县城迁
金沙镇。
1949年10月中华人民共和国成立后，南通专区隶属苏北行政公署，下辖如东、南通、海门、启东、崇明5县和南通市。1950年1月，海安、如皋2县由苏北泰州行政区划归南通行政区。5月，南通市改为苏北行政公署直辖市。1953年1月，江苏复省后，南通市改为省辖市，同时建有南通区（后改为“专区”“地区”）。其中，“市”管城区、郊区，“区”管各县。1958年11月，
崇明县划归上海市。1983年3月，南通地区行政公署撤销，原行署所辖6县统一由南通市领导，实行
市管县体制。1989年后，启东、如皋、南通、海门先后撤县设市，其中南通县改称通州市。2009年4月，通州撤市设
通州区。2018年6月，海安撤县设海安市。2020年7月，原崇川区、
港闸区合并为新的
崇川区；海门撤市设
海门区。