从
茎尖生长点出现新的
叶原基后，不久其幼叶原基的腋芽原基即行分化，而且普通都是稍发育后才休眠。通常每一
叶腋间形成一个腋芽，但有的种类也可产生二个以上的腋芽。主轴上腋芽的排列，原则上与该植物的
叶序一致，但在树木中因为茎的
次生生长不呈现
同心圆，所以这种排列多数少显偏斜。
腋芽是在枝的侧面
叶腋内的芽，也称
侧芽。 通常
多年生落叶植物在叶落后，枝上的腋芽非常显著，接近枝基部的腋芽往往较小，在一个叶腋内，通常只有一个腋芽，如杨、
柳、苹果等。但有些植物如
金银花、桃、桑、棉等的部分或全部叶腋内，腋芽不止一个，其中后生的腋芽称为
副芽。有的腋芽生长位置较低，被覆盖在叶柄基部内，直到叶落后，芽才显露出来，称为
叶柄下芽，如
悬铃木(法国梧桐)、
刺槐等的腋芽，有叶柄下芽的叶柄，基部往往膨大。 农业上，为提高产量，既要避免植株长的太高，又要避免腋芽生长。常常在摘去
顶芽后在
打顶处涂抹一定浓度的
生长素。
叶枝芽和果枝芽分化发育的顺序，若腋芽原基首先分化缩短节间和先出叶，接着分化伸长节间和真叶原基，
顶端分生组织分化花芽的苞片原基，该芽为果枝芽，并构成第1个枝轴(俗称第1个果节)。然后在枝轴的叶原基腋芽里，按上述顺序形成第2个枝轴(第2果节)，循此分化形成多轴的果枝，称为多轴分枝。当腋芽分化缩短节间和先出叶后，顶端分生组织不断分化伸长节间和真叶原基，则为叶芽，以后发育形成叶枝，由于仅一个枝轴，故称
单轴分枝。