国立福建航海专科学校(Fujian Navigation College)是中国早期航海高等学府之一，1952年9月由
厦门大学海洋系航海专业、福建私立集美水产商船专科学校、
福建省立高级航空机械商船职业学校三校合并成立。1953年和东北航海学院、上海航务学院合并组建大连海运学院。
福建历来具有航海传统，也为近代航海学校集中之区。拥有以福建船政学堂、集美水产航海教育为代表，包括林森高级航空机械商船学校、厦门大学海洋系航海组、私立集美水产航海学校在内的航海教育机构。1949年9月厦门解放，同年11月私立集美高级水产航海职业学校恢复开学。在中央交通部和福建省人民政府的支持下，对学校进行了整顿。1950年，集美学校董事会责成高级水产航海职业学校校长陈维风筹备创办商船专科学校，翌年1月16日，中央教育部电准集美学校成立福建私立集美水产商船专科学校，同年2月招生开学，暂用集美高级水产航海职业学校的校舍，并由陈维风任校长。1951年秋，福建私立集美水产商船专科学校与集美高级水产航海职业学校脱离，独立成校，由原山东大学水产系主任
沈汉祥教授担任校长。
厦门大学于1946年秋成立海洋系，创办伊始即设立航海组，开设有航海课程。1949年底，学校专门增聘刘荣霖、郑沅二人为教授，充实航海组的实力。1950年初，厦门大学又设立三年校课学制航海专修科，同年秋季开始招收高中新生，共招收20余名新生，加上从海洋系航海组转来的七八位二年级学生，全科两年级共30余名学生，合编为3班。作为新成立的专业，航海专修科的师资与教学设备均较欠缺，专业课老师只有教授2人，副教授2人以及助教数人，科主任由刘荣霖教授兼任；教学设备则仅有少量英版海图图书和两脚规、平行尺等海图作业工具，以及113船上拆下的救生艇、船艺索属具和一些仪器。课程设计与安排上，均仿照上海航务学院与东北航海学院的新订办法进行，学时则依照厦大的整体安排，数理语文等基本课程则由厦门大学的其他系科帮助开设。
林森高级航空机械商船学校的前身是是建于1868年的
福建船政学堂的一支——“艺圃”。后者改称“海军艺术学校”，以后又改名“马江私立勤工机械学校”、“马江私立勤工工业职业学校”、“福建省立林森高级航空机械商船学校”，1949年9月新中国成立后改称“福建省立高级航空机械商船学校”。该校以技术立校，主要培养高级技术工人。
1951年冬，中央教育部曾经以厦门和集美两校地理相近，计划将厦门大学航海专修科并入学科相同的集美水产商船专科学校。同年冬季，厦门大学校长王亚南、集美董事长分别代表两校向中央教育部提出申请，建议两校航海系科合并扩充为国立航务学院，没有结果。随后在1952年的全国高等院校院系调整中，鉴于同一地区设置两个相同航海专业的不合理布局，根据国务院关于全国高等工业学校院系调整的布置，中央教育部、交通部安排并经福建省委和陈嘉庚先生的同意，决定于1952年夏天将福建私立集美水产商船专科学校与厦门大学航务专修科合并，同年9月正式成立国立福建航海专科学校(简称国立福建航专)。学校由华东人民政府高教部领导，一切经费由政府负担，校址仍设在集美，校长为
刘荣霖教授。9月18日，福建省又将林森高级航空机械商船学校的航海科并入国立福建航海专科学校。
福建私立集美水产商船专科学校、厦门大学航务专修科、
福建省立高级航空机械商船职业学校航海学科三校合并之初，整个学校学生数目增至130多名，学生人数进一步增加。截至1952年底，在校学生共计167人，均为船舶驾驶专业，分为7个班级授课，其中一年级45人，二年级101人，三年级21人。由于各校合并前的情况差异较大，因此在学制规定上采用“双轨”制，即旧制班学生需修完校课3年，继续于海上实习2年，共计修业5年才算毕业；专业班学生则需修完理论教学120周，教学实习11周，生产实习48周，考试期间8周，毕业论文10周，连同假期81周，总计4年半时间，才能够毕业。
陈嘉庚先生十分关注福建航专的建设和发展。他选择校舍地址，依地势高低设计楼房层次。陈嘉庚先生设计的航专新校舍分四排，每排四座。第一排为平房，第二排为二层楼房，其他依次递升，共为16座建筑，建筑面积预计为46 700 平米。随着部分校舍的落成，陈嘉庚先生还为航专学生宿舍门帽上亲书寝室号数，并刻石留书。集美华侨补习学校校舍，就是当年航专的校舍蓝图。在航专新舍建设期间，集美学校校董会暂将新建三座楼房(一座教学楼，一座宿舍，一座膳厅)以及原集美水产商船专科学校旧校舍一座半(均三层楼房)归由福建航海专科学校使用。由于一座宿舍难以容纳现有学生，筹委会决定，将新建校舍的教室作为临时学生宿舍，另外由集美学校校董会再拨教室、办公室、图书室、实习室、教学小组等用房等。教职员工的家属宿舍也由集美学校校董会统一分配。
国立福建航海专科学校建校初期，借用集美学村校舍，同时由陈嘉庚集资建设新校舍。通过连续建设，1952年秋季的校舍使用面积(室内面积)已达6766平方米，初具规模。后拟于1953年继续扩建校舍，因迁往大连暂停。设备仪器上，福建航专还拥有六分仪、计程仪等一批简单的航海仪器，以及航用平衡尺等一些基本的绘图仪器。同时，全校拥有航海相关图书1436册，其中中文类558册，外文类878册。三校合并后，福建航海专科学校教职员共有80名，其中教师增至27人，包括教授6人，副教授4人，教员6人，讲师4人，助教7人；其中航海类13人，普通技术类3人，基础类7人，政治类2人，体育类2人。由于学校的航海驾驶课程内容涉及多个方面，既需要普通基础课程，如理化、数学、化学等；又需要普通工程课程，如热力学、电工学、造船、无线电；还需要专科课程，如航海学科。为此学校的许多课程缺乏师资，包括造船、雷达、磁罗经、无线电测向仪、音响测深仪、船上电气设备、轮机、物理等学科。当时，尤其急需添聘造船教师1人，无线电雷达教师1人，轮机教师1人，物理教师1人。