1854年1月，
太平天国西征军攻克安徽省城
庐州，在籍办理团练，旋投效军营，1862年初加入
淮军，以敢战名。从
李鸿章规三吴，积勋至守备。又从
张树声克常、昭诸城，释平湖围，历迁副将。论克宜、荆、溧、嘉、常功，擢总兵，赐号壮勇巴图鲁。从援浙，连下
湖州、长兴。是时，树声弟
张树珊攻湖北德安阵亡，坐失主将，贬秩。战败东捻，复故官。西捻平，晋
提督，更勇号为博奇。旋赴山西防河，大搜马贼。值晋饥，斥家财以济，民德之，贼所窜匿，辄先诇以告。事宁，赐头品秩。
光绪六年，树声督两广，奏自随。历署
潮州、碣石总兵。九年，徙右江镇，主钦、廉防务。 明年，
潘鼎新来乞师，领勤军赴龙州，而鼎新已遁，乃从
冯子材诣镇南关截溃勇。宵袭文渊，入街心，马踣，亟易骑，率死士绕山后，攀崖上，破二垒。俄而法军分路入，直攻关前隘，复自后路仰击，敌稍却。李秉衡集诸将举前敌主帅，孝祺曰：“今无论湘、粤、淮军，宜并受冯公节度。”秉衡称善。右路者西岭也，其部将
潘瀛袒臂裸体，冲入敌阵，故伤亡独多。至日暮，孝祺击败之，夺三垒而还。攻谅城，瀛执帜先登，并力克之，城复。取太原，予世职。明年，授北海镇总兵。二十年， 赏双眼花翎。逾岁，谢病归。越四年卒，恤如制。
葛存虚《清代名人轶事》：其战功昭著中外，可为军人之模范者，如淮军后起之三名将，一王孝祺，一章高元，一聂士成，固皆身摧强敌，以立奇功，其事足以振顽立懦。……甲申谅山之捷，世人但知归功于冯子材，而不知王孝祺之功尤伟。