特有种(endemism或endemic species)是指“某一物种因历史、生态或生理因素等原因，造成其分布仅局限于某一特定的地理区域或大陆，而未在其他地方中出现”。

有些特有种原来就起源于该地区，这些物种因此又可以称为该地区的固有种或土著种，比如说无尾熊和红袋鼠，都仅产于澳洲，而未在世界上的其他地方发现过，因此两者都是澳洲的固有种动物。有些则是从其他地区迁来的，比如说南美洲的骆马(Lama guanicoe) ，根据古生物学的资料，它原发生于北美洲，是北美洲的固有种，后来却在原产地绝灭了，驼马只分布在南美洲，成为该洲的特有种。

（1）古特有种（银杏、水杉、珙桐）；

（2）新特有种（发生上年轻的，如金凤藤只产于广西、云南、贵州）；

（3）生态特有种（与特殊生境相联系,如蛇纹岩生境特有种）。

特有种通常是发生在地理上被隔绝的地区，比如说岛屿。自从达尔文发表“进化论”以来，对于岛屿特有种的研究，一直在生物学上占据着极为特殊的位置，这是因为岛屿特有种通常对于演化过程的理解，有着相当程度的帮助。

特有种之所以会发生，主要的原因是因为原本属于某个物种的一部份群体，由于地理或其他因素造成了某种程度的隔绝(isolation)，而使得他们和别的群体失去了互相交配的机会。原本属于同一个物种的这两个群体则各自继续演化，而终于演变成两个不同的物种。这个过程，生物学家通常会用“物种演化(speciation)”这个词汇来描述。

生物学家通常把造成物种分离的原因称之为“隔绝机制(isolation mechanism)”。隔绝机制可能是由于地理上的原因所造成的，比如说，海平面高度的变化，或者是山脉的突然形成，而使同一物种之间的接触成为不可能。隔离机制也可能是由于行为上的原因所造成的，比如说，原本属于同一物种的两个群体，由于发展出不同的交配季节或者是不同的行为，而终于失去了互相交配的机会。

特有种虽然通常是发生在不同的大陆(continent)上，而以大陆当成区隔不同特有种的主要地理界线，但是却也可能发生在同一块大陆之间。比如说，某些物种可能只能在澳洲东南部、或者是热带的昆士兰发现，那么它们则被视为是该地区的特有种。特有种也有可能发生在一个很小的区域里面，比如说是高山顶。在这个例子中，这是因为高山顶附近的生态环境，并不适合该物种的繁衍，因此在高山顶和其附近的区域之间发生了“隔离机制”。