1、法律依据不完全相同
税收的法律、法规，是
税收征收管理的依据和行动规范。税收征收管理的全部活动，必须以贯彻执行税收法律、法规为出发点和归宿点。目前，我国涉外税收征收管理的法律依据，除了同
内资企业共同适用的税收法律、法规以外，还有属于涉外性质的
外商投资企业和外国企业所实行的
企业所得税法。对涉外企业征收
所得税，除了要依据
中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法以外，还要依据与各缔约国所签订的
税收协定。税收协定与
税法具有同等的法律效力，当税收协定的规定与税法的规定不一致时，要优先适用税收协定的规定。这样，对涉外企业征收所得税时，不仅要严格依照税法办事，而且还要遵守税收协定的规定。
2、税收征收管理的对象不同 涉外税收征收管理的对象是
外商投资企业（包括
中外合资经营企业、
中外合作经营企业和外资企业）、外国企业，还有受雇的和独立提供劳务的外籍人员以及华侨、港澳台同胞。在外商投资企业中有很多是外向型
企业，有些是
跨国公司的
关联企业，它们的商品交易、
资金融通、提供劳务都跨越国界，与国际市场有广泛联系，征税时涉及到国际间的
收入与
费用的分配，关联企业之间非正常交易
价格的调整，
国际避税、
逃税的防范，收入来源地的确定等一系列复杂问题。
3、对税源控制的难易程度不同 我国是同时实行居民居住地管辖权和所得来源地管辖权的国家，凡是我国的居民（包括法人居民和自然人居民）对其来源于中国境内、外的全部所得都要征税。目前由于我国涉税信息来源渠道单一，对居民境外所得，尚难准确掌握。对外国企业来华承包的建筑、安装、
装修、装配等工程作业，由于工程地点分散，有的工程期限较短，税源难于控制。涉外税收征管工作的好坏，直接影响税收作用的发挥。
4、企业会计核算和财务制度不完全相同 税务机关对企业申报应缴税款的审核，要参照会计帐册记录的资料。所以，企业的财会制度，对
税务管理有密切关系。国内各种经济性质的企业，都要按照全国统一的《财务通则》和《
会计准则》以及各行业统一的会计制度执行。但涉外企业则有所不同。除规定外商投资企业应执行财政部制定的财会制度外，外国企业在我国境内设立的各种机构、场所都可实行各自的财会制度和核算办法。不同国籍的
公司企业，所采用的核算办法都不相同。这种情况，给税务人员了解
企业财务情况，进行
纳税审计，增加不少困难。