该中心是深刻领会胡锦涛总书记在
清华大学百年校庆上的重要讲话精神，落实教育部、财政部《高等学校创新能力提升计划》（2011计划）要求的一项重要举措。中心拥有3个
国家重点实验室、4个国家级工程中心、8个国家重点学科和20多个省部级重点实验室和工程中心，未来将组建以城镇水污染控制、工业水污染控制、面源污染控制、先进水处理装备基地的“三平台一基地”为核心的10个创新团队，在产学研深度合作、复合人才培养等方面探索高效运行与动态管理新机制，为提升我国水处理行业的整体水平及自主创新综合竞争力，引领国家水处理行业可持续发展发挥重要作用。
原国家环保局副局长、中国工程院院士金鉴明，环境保护部科技委委员、
中国环保产业协会副会长祝兴祥，
江苏省教育厅副厅长殷翔文，
江苏省环保厅副厅长蒋巍，中国工程院院士蔡道基、曲久辉、王浩、王超、张全兴，南京大学校长陈骏，同济大学副校长蒋昌俊，浙江大学农业生命环境学部主任张国平，各协同单位负责人，南京大学各部处负责人以及环境学院师生出席启动仪式。仪式由南京大学常务副校长张荣主持。水污染已成为制约我国经济社会可持续发展的重要瓶颈之一，构建水污染控制与资源化协同创新的新模式与新机制具有重大意义，南京大学将为中心的发展提供强有力的人力、财力和条件支撑。他希望中心能推动各方密切协作，在科学研究和人才培养等各个方面取得更突出的成绩，为我国的环保事业做出卓越贡献。
“水污染控制先进技术与装备协同创新中心“于2012年9月23日在
南京大学联合举行了培育启动仪式。
水污染控制先进技术与装备协同创新中心由
南京大学牵头，与同济大学、清华大学、浙江大学、中国宜兴环保科技工业园共同建立，协同单位包括河海大学、中国科学技术大学、复旦大学、
中国科学院南京地理与湖泊研究所、国家环保部南京环境科学研究所和10家国内水处理与装备龙头企业、6个国家级环保产业基地。
中心技术咨询委员会副主任：曲久辉院士（中国科学院）、孟伟院士（
中国环境科学研究院）
中心技术咨询委员会委员：钱易院士（清华大学）、曲久辉院士（中国科学院）、孟伟院士（中国环境科学研究院）、金鉴明院士（
国家环境保护总局）、蔡道基院士（国家环境保护总局南京环境科学研究所）、王浩院士（中国水科院水资源所）、王超院士（河海大学）、候立安院士（,第二炮兵工程设计院）、张全兴院士（南京大学）