1511年,
葡萄牙人占领马六甲(
马六甲围城战)。
马六甲王国苏丹马哈茂德·沙阿(?~1528)率领军民,转移至吧莪(
麻坡属下的一个小镇)和柔佛等地,继续抗击葡萄牙的入侵。
1535年,马六甲城的
葡萄牙征服者在埃斯蒂沃-达-伽马率领下,趁柔佛素丹国
立足未稳,在
勒班河之战中通过一场艰苦的内河攻坚,摧毁了柔佛人的第一个新都——哥打丁宜地区的高城,但柔佛人及时转移,葡萄牙人并未获得多少战果。
1536年阿拉乌德丁与葡萄牙人讲和。不久阿拉乌德丁正式建立柔佛王国,选定
旧柔佛为首都。
柔佛王国建立以后,一方面不断地与苏门答腊岛上兴起的
亚齐王国交战,另一方面又继续与葡萄牙殖民者进行战争。这个战争历史上称为“三角交争”,大约持续一个世纪。
1547年
亚齐苏丹阿拉乌丁派其王子对葡萄牙人发动强大进攻。为了避免亚齐王国过于坐大,柔佛王国不惜默许马来亚西北部的名义附庸
吉打苏丹等土著势力帮助世仇葡萄牙人打败了深入玻璃河流域的亚齐人(
亚齐攻打马六甲之战)。
1551年,柔佛王国联合爪哇人攻打马六甲,试图收复
旧都,失败(
马六甲围城战)。
1568年,亚齐苏丹国苏丹阿拉乌丁进攻葡萄牙占领的马六甲,柔佛为了报仇再次帮助葡萄牙人(
马六甲围城战)。
1606年,荷兰人与柔佛王国联合攻击马六甲,但荷兰人战败于
拉奇多角海战,柔佛人也在
陆战中败绩。不过,这意味着荷兰人与南洋本土势力联合的开始。
1603和1613年,亚齐苏丹伊斯坎达尔·慕达曾两次进犯巴都沙哇(
巴都·沙哇尔之战)。1629年 ,他进攻马六甲,但为葡萄牙、柔佛和北大年的联合舰队所败(
亚齐攻打马六甲之战)。
17世纪中期,葡萄牙与荷兰争夺
东南亚香料贸易的矛盾日益尖锐,双方为扩大各自势力范围展开激烈的斗争。荷兰联合柔佛王国,在1640-1641年的
马六甲战役打败葡萄牙在马六甲的军队,清除了葡萄牙在马来半岛的侵略势力。柔佛王国国势一度转强。1673年,柔佛王国遭受苏门答腊岛上的占卑的入侵,从此国势一蹶不振。1699年马哈茂德苏丹被人暗杀。至此,马六甲王国的王统中绝。柔佛政权落入首相之手。他改称号为阿布杜尔.者利·黎耶·沙阿(1699~1719在位)。是为柔佛的首相王朝。
柔佛王国在18世纪从未统一,并先后受到来自
苏门答腊的
锡克人和来自
望加锡的武吉斯人的入侵和控制。其间
森美兰又从柔佛王国脱离出来,
吉打、
吉兰丹和丁家奴已在
暹罗控制之下,成为其保护邦。1795年柔佛王国只剩下
彭亨、柔佛、
新加坡和
廖内群岛。而这些领土都被划入
荷兰的
势力范围。1824年柔佛王国把新加坡割让给英国。1885年英国与柔佛签订一项条约,承认摩哈拉惹为柔佛
苏丹,同意保护柔佛抵御外来的攻击。英国可以派遣代理官驻柔佛,控制其
行政权。1910年,
海峡殖民地总督派出一位代理官,总揽其行政。1914年,英国与柔佛修改1885年条约,将派驻柔佛的代理官改为驻扎官。依据此约,英国的殖民地政府可以委任英人为司法及其他官员。至此,柔佛的行政、司法、财政之实权,均为英国
殖民者所控制。