马六甲战役发生地点位于马来半岛马六甲城。

1640年，作为南洋最大国际化港口的马六甲，已经被葡萄牙势力占据了129年。虽然东方帝国早已每况愈下，但这个重要的桥头堡依然能在众敌围困中屹立不倒。然而，随着荷兰船队的步步紧逼，任何堡垒都不再能像过去那样坚固。当数量永远有限的部队被抽调去别处增援，葡属马六甲的安全也就岌岌可危。

早在世纪之初，荷兰人就尝试直接出兵攻占马六甲。只是苦于对手的根深蒂固和自己的初来乍到，才始终不能如愿。但新来的西欧殖民者还是能注意到，葡萄牙人在亚洲本地同样树敌众多。因此，他们很快就在苏门答腊、爪哇、锡兰和马来亚等区域，寻觅到愿意同自己合作的土著君主。

相反，日薄西山的葡萄牙守备队，却要经常在各个基地之间来回奔波救火。尤其当锡兰岛的战争陷入胶着，作为最近主基地的马六甲也就必然为其倾囊而出。

此时，东印度公司也为彻底控制锡兰，决心再次向不断为其输送援助的马六甲城下手。除了10精心准备的盖伦帆船和1500名荷兰-德意志士兵，还几乎同时向周遭的亚齐与柔佛两大苏丹国求助。尽管曾于1629年围城失败（亚齐攻打马六甲之战）的亚齐人不愿参与，但作为昔日马六甲王族后裔的柔佛素丹国却对此非常积极。不仅派来40艘大小不等的兰查桨帆船，还为荷兰方面提供了2000名马来辅助部队。更为关键的是，围攻者为此次行动准备了大量火炮，对于攻克要塞城堡有至关重要的作用。

1640年10月，荷兰舰队已浩浩荡荡的从南方驶入马六甲海峡。他们以柔佛人控制的新加坡海峡为锚地休整，顺便开始拦截途经此地的任何可疑船只。很快，他们就发现1艘来自印度的葡萄牙货船，正准备从这里去往澳门。后者也迅速察觉到了威胁，并调头向着马六甲城开溜。然而，更多荷兰船只已经在城市外围建立封锁线，并以压制性的火力肆意攻击。最终，这艘货船在彻底沉没前抵达港口。但除了登陆助战的水手，他们却已经不能为之后的战斗再做出更多贡献。

10月7日，荷兰人又通过海上迂回到马六甲城北面登陆。由于是在1英里外上岸，守军火炮根本难以触及。虽然葡萄牙人有在百多年时间里不断修缮城防，但马六甲的城市基本结构却与落成时没有太大区别。较为低矮的城墙，只能为容纳20000人口的外城区提供有限掩护。真正的防御重心，是位于马六甲河以南的要塞区。因此，所有炮位都不足以对西北方向构成威胁，让对手得以轻松将全部物资搬运上岸。同时，柔佛苏丹的马来士兵，也从南面接近城市，将马六甲的对外联系全部切断。

此前为了援助锡兰战场，马六甲守军已将250名士兵送往西方。如今，他们只能依靠剩余的100多人迎战对手，并只能获得很少的土著士兵帮忙。当荷兰先头部队冲入城市西区，就只遭到几十人的小分队阻击。除了领头的几个葡萄牙士兵，其余都是训练不佳的本地辅助人员。面对不断释放排枪前进的横队，这些人很快就从原有位置撤退，并在临走前炸毁了连接东西两城的大桥。

因此，荷兰军队将只能与葡萄牙要塞隔岸炮击，却很难在对方眼皮底下谋求强渡。至于那些武备远不如欧式军队要好的马来人，也只能在类似距离上保持封锁状态。

此后的2个月内，荷兰-柔佛联军就不断以炮击和围困向马六甲要塞施压。葡萄牙守军则完全龟缩其中，努力保卫城池和逃入其中的本国家眷。但荷兰人这次显然有备而来，用专门的重炮轰击要塞城墙，让人数过少的守军只能随时忙于修补残缺。位于海峡中的帆船岛，同样被进攻者变为炮兵阵地。通过舰队运来的大口径武器，足以将炮弹从海上方向射入要塞。加上制海权已完全到手，使得守军几乎无法获得任何外部救济。

到了1640年的12月，马六甲要塞内的口粮已是所剩无几。葡萄牙人只得借助夜色掩护，偷偷派出5艘小型桨划船出城。结果，这个举动还是引起了划小船巡逻的荷兰士兵注意。随之而来的夜间混战，让2艘葡萄牙小艇被摧毁。其余3艘则在指挥官平托的率领下，拼死从对手的包围圈中遁出。但他们不仅难以快速买到粮食，也很难在短时间内再冲回要塞。

于是，守军便只能选择将要塞里的老弱病残礼送出去。这些可怜人的下场不得而知，但负责围城的荷兰人也没有出面予以阻拦。此时的他们，也正因为不适应本地气候而爆发流行病。原先参与作战的1500名荷兰雇员和德意志佣兵，已经有1/3因患病而不能继续执勤。只是依靠柔佛盟友的支持，这些人始终不用担心后勤供应。

到了当年的12月，要塞内的葡萄牙守军终于开始感到完全绝望。在最后一次派小船溜出城的计划失败后，所有人的供给都无法获得任何保障。绵绵无期的连续炮击，又让伤亡人数过百。只能靠意志最坚定的70名幸存者支撑，苦苦等待任何来自印度方向的增援。然而，由于荷兰人同时在果阿和锡兰两地动手，让那里的葡萄牙守备队都无力从眼前抽身。更有土兵和囚犯开始从要塞中逃跑，将马六甲内部的虚实全盘透露给围攻者。因此，荷兰人也准备抓紧时间来完成最后一击。

1641年1月13日夜晚，600名荷兰-德意志士兵迂回到东面，用提前准备好的浮桥渡过马六甲河上游。位于这个关键位置的圣多明哥塔楼，成为他们重点攻坚的目标。2000多柔佛士兵也躁动起来，纷纷向城墙的其他塔楼发起猛攻。这让70名葡萄牙守军分外难受，只能在每个支点部署不到10人的兵力硬抗。

其中，守卫圣多明哥塔的8名士兵，先后与蜂拥上来的50名围攻者展开肉搏。当荷兰人最终在第二次强攻中占据这里，发现守军仅剩下2个葡萄牙人和1个马来土著。随后，有更多雇佣兵从这个缺口进入要塞，并将匆匆赶来的20名水手逼了回去。

其他各处的战斗，纷纷也以围攻者的最后获胜而告终。但残存的守卫依旧拼死一搏，让联军的每次前进都要付出很大代价。眼看己方已控制90%城区，荷兰人最终开始劝说那些退守到最后一座塔楼的葡萄牙人投降。在获得让所有非战俘安全返回印度的承诺后，要塞指挥官库蒂尼奥才勉为其难地向对方低头。葡属马六甲的历史，也就在1641年的1月14日被划伤了句号。

三天后，当初前逃出城的小船才载着粮食返回城市。但指挥官平托很快就发现城头的荷兰国旗，只能率领残部慢慢往印度方向撤离。但不少缺乏能力的穷人和混血儿，还是选择留在自己的真正故乡。他们将为新来者扮演二等人角色，直到更加强势的英国在19世纪占领这里。

这场失败不仅给所有当事人以巨大打击，也是象征葡萄牙东方帝国衰败的符号性事件。由于马六甲海峡控制权的易手，他们在锡兰以东就只剩下一个澳门基地能够继续运作。苦心经营多年的马六甲-澳门-长崎航线，也因这次战败而将迅速瓦解。此后，位于亚洲的葡萄牙人将完全落入守势。大部分驶往澳门和东帝汶的商船，都将开始向荷属马六甲当局缴税。