林孕昌（1595—1657年），又作允昌、胤昌，字为磬，号素庵，明泉州新门外浮桥人，明万历二十三年（1595年）生。万历四十三年中举，天启二年（1622年）成进士。
林孕昌初投南京
户部广东司主事，专管文武各官的俸盐和淮、浙、长芦（在天津）、鲁、闽各地盐引的用印。
林孕昌的伯祖理学家
林学曾为南京
通政使司通政，他追随两年，手抄当时理学家
王守仁、
薛瑄的语录及先儒格言，领悟宋代理学大师
周敦颐、
程颢、
程颐、
张载、
朱熹所创立的濂、洛、关、闽之学的要旨，为以后从事理学研究和教学打下坚实基础。
尔后，林孕昌出任南京
兵部职方司主事。由于严格整饬军纪，妥善处理标营卫总克剥军粮弊端，使兵将畏惮，上司信服。天启五年初，他以点马差便道返家省亲。因见当时吏治腐败，回家后拟作终养父母的打算。上面屡次催促，他不赴任；九月，要调他去南京吏部
考功清吏司，又逢父亲病逝在家守制。三年服满，催文迭至。到崇祯元年（1628年）他才去北京补吏部稽勋司主事，不久调验方司司印。
魏忠贤被铲除后，林孕昌立即为遭迫害惨死者的子孙题奏赠赐余荫；又为
东林党顾宪成、
冯从吾等人奏请加赠荫子，以褒励理学节义之臣。
后林孕昌调任
考功清吏司主事，文选清吏司
员外郎。他掌管铨事，酌定取选的规条，而且关防严密，严惩舞弊，大选、急选都协合众望。
崇祯五年，林孕昌再升稽勋清吏司郎中，给假焚黄省亲。他至家后在笋江畔建在兹堂，在
清源山南台舟峰建纶恩、雷荐二亭，重辟西洞天唐代
林蕴、
林藻的读书处。第二年，他在在兹堂开始讲学，还与布衣
黄文炤提倡旦气之学，为理学的发展做出贡献。这年秋天，他与
黄景昉、谢元珧在清源山南台建 云、访贤二亭。冬天，他在
泉州城西北奉圣铺（今西门）建宅第，取名“栖绿园”。
崇祯七年，林孕昌在栖绿园建讲坛，与
蒋德璟大力倡导正气学。门徒更加广泛，连兵备道
曾樱、知府樊维成、县令戈简都来听讲。第二年，林孕昌迁居栖绿园，按察使
张应星和
曾樱率领僚属到一峰书院听他讲课，一时府城绅士毕集。
林孕昌在家乡讲学，组织笋堤学社，成绩斐然，解元蔡高标、何承都均出自该社。崇祯十三年，他与
蒋德璟重建清源山西洞天的偕乐亭。落成之日，他和知府孙朝让登临赋诗。
崇祯十七年，福王朱由崧在南京即位。南京吏部尚书
徐石麒上奏推荐林孕昌，遭到嫉忌者的阻止，只擢任南京通政使司右通政，林孕昌推辞不去。第二年在家居丧。清兵攻下南京，
唐王朱聿键在福州称帝，诏选林孕昌出任
兵部右侍郎，接着又推任太常寺卿，他也坚决辞绝。
清顺治五年（1648年）秋，泉州知府景世英建宏文学社，延请林孕昌主持讲课评选，一时文教大兴。顺治八年正月二十九日，林孕昌诞辰，众弟子为他镌刻石像立在清源山八仙阁。当时前往参加庆寿者有百余人，他在清源山
第一山亭执经开讲作为寿辰谢礼。是年，林孕昌重修西洞天，又修葺半岭岩的不易亭，购置福田作为清源山岁时香火。
所著有《经史耨义》、《论语耨义》、调易口占》、《旦气语录内外篇》、《旦气箴》|《泉山小志》、《戊巳自镜录》、《续小学》、《易史广占》、《易史象解》、《春秋易义》、《春秋总论》、《三礼约》、《悌经》、《续尚书》、《续三百篇》、《铨曹奏议》、《在兹堂会语》、《笋堤集》、《雁山集》、《百梦草》等书。