咸丰七年（1857），从安徽出江西
彭泽、
饶州、
弋阳，进攻福建，连克
光泽、
邵武、
建宁等郡县。九月，折回江西。十月，
石达开从安庆入江西，杨辅清与其汇合，再攻福建，封木天义。
同治元年（1862）五月，宁郭郡陷，杨辅清退军至江苏。次年，驻守天京要塞
高桥门。九月，高桥门失守，杨辅清退东坝。
同治三年（1864）春，杨辅清与堵王黄文金、佑王
李远继守浙江
湖州。六月，天京陷，杨辅清剃发易装，从湖州乘船走上海。旋居
澳门、后曾潜回广西
桂平，并到贵州、广东、湖南、安徽等处，多结交湖南人，谋复兴
太平天国。
清同治十三年（1874），日本侵略台湾，清朝议用兵，东南各省纷纷募兵设防。杨辅清以有机可乘，乃潜到福建谋起义。被叛徒
马融和所侦知，遂在福建
晋江县被捕，押解到
福州遇害。