约翰尼斯·彼得·穆勒（Johannes Peter Müller，1801年7月14日～1858年4月28日）是德国生理学家、比较解剖学家、鱼类学家、爬虫学家。穆勒在生理学领域作出很多贡献，尤其是提高了人们对声音、语言和听力的理解，以及淋巴、乳化脂肪和血液的化学和物理性质。他的《生理学原理》总结了当时人们关于生理学的知识，成为几乎整个19世纪的占统治地位的生理学教材。他还在柏林大学建立了世上第一所生理学研究所。他被认为是19世纪生理学杰出的代表人物之一。

1801年7月14日，穆勒出生于德国科布伦茨。父亲是一个贫穷的鞋匠。

1819年进入波恩大学。这里的医学领域的人员深受自然哲学思想的影响，穆勒接受了并支持这种思想。然后他到柏林大学学习。在这里受到卡尔·鲁道菲的严肃、精确的研究风格的影响，排斥不是建立在严格的自然观察基础上的生理学体系。

1824年他在波恩大学成为一名讲师，教授生理学和比较解剖学。在他的就职演讲“生理学——一个需要哲学视角的自然科学”中，阐述了自己的科学研究观点，认为生理学研究需要结合实证观察得到的事实和哲学思考。1826年晋级为副教授。1830年成为教授。

1833年到柏林大学，继任鲁道菲的职位开始担任生理学和解剖学教授直至去世。

1834年他当选为瑞典皇家科学院外籍成员。

在1827年、1840年以及1848他几次患抑郁症，导致他短期无法工作。这可能与他的燥狂抑郁性情有关系，并导致1858年他的离世（疑为自杀）。

穆勒曾前后19次到波罗的海、（欧洲）北海、亚得里亚海和地中海研究咸水生物。

1899年，科布伦茨立起一尊穆勒的铜像以示对他的纪念。

他的作品除了《生理学原理》外还有：

穆勒在生理学领域作出很多贡献，尤其是提高了人们对视觉、声音、语言和听力的理解，以及淋巴、乳化脂肪和血液的化学和物理性质。

他的最早的重要作品《视力的比较生理学机制》（1826）和《论视幻觉》（1826）具有主观哲学倾向。前者涉及动物和人类的视觉以及人类表情的研究。后者涉及视觉的心理学问题。在《论视幻觉》中，穆勒认为眼睛不仅对外部世界做出反应，还对人的想象引发的内部刺激做出反应，从而导致了是幻觉的产生，因此对于有些人声称看到圣像、鬼魂、幽灵，实际上可能只是在受到光线刺激后认为这是外界实际存在的事物，而实际上并非如此。

他还研究了传入神经和传出神经问题，进而阐述了“反射活动”的概念。通过青蛙实验，他进一步验证了查尔斯·贝尔和弗朗西斯·马让迪发现并以二人命名的贝-马定律。他研究了多种低等动物的神经系统，腺体的复杂结构及分泌过程。在研究生殖系统的过程中，他发现了后来以他的名字命名的穆勒氏管（又译苗勒氏管，即副中肾管）。他还对血液和淋巴的成分、凝血的过程、青蛙淋巴心的结构、视网膜成像原理以及声音在中耳的传播做出了研究。

在柏林大学教学期间，受到西奥多·施旺关于细胞是生物体基本单位的的论证的影响，他开始研究癌细胞，并于发表了《论癌细胞的性质和结构及容易与之混淆的病态肿块》（1838），使病理组织学成为一门独立的学科分支。

穆勒后期的研究逐渐转移到比较解剖学和动物学，尤其是研究鸟类、鱼类和海洋无脊椎动物，发明和改进了鱼类、鸟类的分类标准。

其学生包括赫尔曼·冯·亥姆霍兹、罗伯特·雷马克、卡尔·路德维希、鲁道夫·魏尔肖和马克斯·舒尔茨。

穆勒是是19世纪德国生理学领域最著名的人物。英国自然史学家爱德华·福布斯1841年在他的著作《英国海星及其他棘皮类动物史》称，“柏林的穆勒，活着的最伟大的生理学家之一”。

《新国际百科》中称他为“那个时代最精湛的、准确的和有影响的生理学家和生物形态学家”。