废佛毁释发生于日本明治元年（1868年），为明治政府打压佛教的运动。庆应3年（1867年），德川幕府末代将军德川庆喜将政权归还给明治天皇，同时也开始了明治维新。为了强调天照大神后代的天皇才是日本最高的统治者，强力鼓吹神道，并且为了进一步区分神道与佛教，于是下了一道神佛分离令。这一来造成了日本佛教遭到排斥与摧毁，虽然原本的神佛分离令本意并非是要排斥佛教，不过还是引发了废佛毁释的运动。因此一运动，很多寺庙主要供奉的对象都被更换成大物主，神道亦成为日本之国教。

废佛毁释是在日本明治维新时期，为巩固天皇为首之中央政权而采取之神佛分离、神道国教化之政策。其排佛运动极为激烈，曾在各地烧毁佛像、经卷、佛具、敕令僧尼还俗等，寺院或废去，或合并，史称废佛毁释。姑不论神佛分离是否正确，其意图乃是基于神道之复古，以实行祭政一致，亦即王政复古，遂发展为排挤佛教之运动。明治维新开始后，日帝明治为了富国强民，不受外侮，采取了许多破佛政策。比如，为了强健体魄，强迫僧人吃肉，使日本佛教的素食传统被彻底破坏；为了增长人口，强迫僧侣结婚，并令僧人从军，使日本佛教完全世俗化，佛陀的戒律荡然无存；为了杜绝浪费，用行政手段发动举国砸毁佛像的运动，导致许多寺庙被毁。

明治维新之后，日本由一个佛教国家转向神道教国家。神道教简称神教，是日本的传统民族宗教，最初以自然崇拜、祖先崇拜、天皇崇拜等为主，属于泛灵多神信仰，视自然界各种动植物为神祇，也赋予各代日本天皇神性。五至八世纪吸收中国儒家与佛教学说后，渐渐形成较为完整的体系。明治维新前因佛教盛行，神道教只处于依附地位。废佛毁释这场“灭佛毁寺”运动，这场运动的结果是使大部分信佛教的日本人，转向大部分人改信神道教，实行天皇为中心的政教合一体制。

佛教于3世纪传入日本后，至镰仓幕府时代逐步完成了和族化的历程。从日本南北朝到丰臣秀吉统一天下，历代幕府政权推崇禅宗，使得佛教在日本民间深入普及。德川幕府实行闭关锁国政策以后，为了禁绝天主教的传播，极力推行使百姓皈依佛教信仰的“改变宗门”政策。宽文4年，幕府制定出由佛教统摄百姓信仰的“寺访制度”，这一措施使佛教寺院成了为幕府代行户籍管理职能的机构，佛教几近国教地位。

不仅如此，德川幕府还将神道教、儒教实际划归佛教管辖，佛学随之成为显学，进而参与世俗政治生活。江户中期以后，诸宗派生活稳定，僧侣逐渐流于安逸，醉心于角逐僧官、僧位和营造富丽堂皇的寺院，轻视教义的研习与戒律的修持，佛教界在教理及信仰上均无进展。与佛教沉沦衰败的颓势相反，长期以来憎恶佛教骄奢无为的神道、儒教势力在振作自强的同时，掀起了排斥佛教的浪潮。批判佛教的风潮逐渐兴盛。到了宽文年间，已经形成了儒佛相争的局面。加之具有将军继承人资格的“御三家”之一的水户藩主德川光国、会津的扑带港代大名保科正之等权臣崇信儒教和神道，及至元禄年间就已经形成了儒、佛二教并行局面。

与此同时，神道教派也乘势发展力量，力图改变以往俯首听命于佛教的状况。吉川惟足及其弟子山崎港斋放弃了往昔的神佛会通理论，树立起反佛旗帜，倡导“神德合一”，将朱子学理论与神道教义结合起来，论证佛教违背日本国体。江户中期以后，神道改革为“复古神道”。到了天保年间，平田笃微等人进一步鼓吹神国思想，大力抨击佛教。儒教和神道在思想领域反对佛教的活动，为日后“废佛毁释”风潮埋下了伏笔。

安政年间，西方殖民列强进攻日本，腐败无能的德川幕府在西方列强面前节节败退，先后签定了辱国丧权的“安政五国条约”。空前的民族危亡激起大批维新志士奋起发动了“尊王攘夷”、“尊王倒幕”的一系列武装斗争，直至推翻幕府统治。由于佛教长期堕落为德川政权的寄生物，二者一荣俱荣、一损俱损的共生关系使得佛教在幕府封建统治大厦坍塌时，难免衰落命运。尤其是明治政府建立后，打出“王政复古”、“神武位业”等旗号，高扬神道以恢复天皇权威。结果，长期受到幕府保护的佛教顿失所恃，不仅丧失了往昔的光环，还成了改朝换代大变革时期受到强烈冲击的对象。