第四次十字军东征中，西欧骑士和威尼斯人联合攻占了君士坦丁堡，从君士坦丁堡出逃的拜占廷贵族建立了三个希腊人主导的拜占廷流亡政权，分别是伊庇鲁斯专制君主国、特拉布松帝国和尼西亚帝国。

1204年4月，十字军攻入君士坦丁堡，拜占庭皇帝阿列克修斯五世（浓眉－穆兹菲乌斯）出逃；拉斯卡利斯家族的君士坦丁被部分守军推举为皇帝，但君士坦丁无力组织抵抗，和他的兄弟塞奥多利（前皇帝阿列克修斯三世的女婿）分路出逃到了比塞尼亚的尼西亚城。

按照分赃协议，十字军和威尼斯瓜分了拜占廷帝国，但建都于君士坦丁堡的拉丁帝国（“罗马尼亚”帝国）实力并不强大、无力控制全部前拜占庭领土，在伊庇鲁斯、特拉布松和尼西亚先后建立了拜占廷流亡政权。其实，特拉布松帝国（由前皇帝安德罗尼克斯一世的孙子们建立）在君士坦丁堡第二次陷落（1204年4月）前几周就已经自立。尼西亚帝国由于距离拉丁帝国最近，占据了光复帝国的最有利位置。

拉丁帝国开始分兵“接收”拜占廷帝国的土地，1204-1205年皇帝鲍德温一世的弟弟佛兰德斯的亨利在小亚细亚半岛西北部的Poimanenon（伯曼农）、Prusa（普鲁萨或布尔萨）以及Adramyttium（土耳其的埃德雷米特）先后打败拉斯卡利斯兄弟，在最后一战中（1205年3月19日），君士坦丁·拉斯卡利斯战败失踪。但之后不久的1205年4月14日，保加利亚沙皇卡洛扬在亚得里亚堡战役中打败拉丁帝国军队，俘获了鲍德温皇帝，亨利只得赶回君士坦丁堡（1206年亨利正式接替哥哥，加冕为拉丁帝国第二任皇帝）。塞奥多利得以趁机击败特拉布松帝国以及其它独立势力（包括非拉铁非城周围地区的塞奥多利·曼卡法斯、大门德雷斯河流域的Manuel Maurozomes等），巩固了尼西亚政权在安纳托利亚西北部的地盘。1206年，塞奥多利称帝并邀请流亡的君士坦丁堡牧首John X Kamateros前往尼西亚，但牧首于1206年四五月间去世，未能去尼西亚给他加冕；塞奥多利另立Michael IV Autoreianos为牧首，后者在1208年三月为他正式加冕。

在原拜占庭帝国疆域内，拜占庭流亡政权、拉丁帝国、保加利亚王国和科尼亚的鲁姆苏丹国（塞尔柱人）频繁对战，当然也根据形势变化不时停战、结盟和解盟。1211年，在大门德雷斯河上的安条克战役中,塞奥多利击败妄图支持阿列克修斯三世重新夺权的塞尔柱军队（据说战役的胜负最后取决于塞奥多利与塞尔柱苏丹的对决，皇帝亲手击杀凯库斯老一世Kaykhusraw I）。但是，这一战役的惨重伤亡使得尼西亚人在RhyndacusRiver败于拉丁帝国，并在随后的南菲宏（Nymphaeum）条约（注：1214年尼西亚和拉丁帝国的和约）丧失了大部分密细亚（Mysia）地区和马尔马拉海岸。1212年，随着特拉布松帝国大卫·科穆宁的死亡，尼西亚帝国吞并大卫在帕弗拉戈尼亚（Paphlagonia）的土地，得以补偿损失给拉丁帝国的土地。

尼西亚皇帝塞奥多利一世的第一位皇后安娜·科穆宁·安吉丽娜1212年去世；1214年他续娶第二位皇后亚美尼亚公主菲丽帕，但两人的婚姻于1216年解除（尽管他们育有一位皇子君士坦丁）。1216年，拉丁皇帝佛兰德斯的亨利驾崩无嗣，其皇位归于妹夫库尔特耐的彼得（二世），但彼得在赶赴君士坦丁堡的途中，被伊庇鲁斯统治者塞奥多利·科穆宁·杜卡斯（Theodore Komnenos Doukas）俘获；拉丁帝国由鲍德温和亨利的妹妹约兰达女皇（彼得的妻子，Yolanda of Flanders）摄政，这时拉丁帝国谋求与尼西亚帝国的联盟，于是1219年，塞奥多利·拉斯卡利斯迎娶约兰达的女儿库尔特耐的玛丽亚，同一年塞奥多利一世也和威尼斯缔合。1221年11月年塞奥多利一世驾崩，帝国由其女婿约翰三世·瓦塔基斯John III Ducas Vatatzes继承。

（1219年，拉丁女皇约兰达驾崩，由儿子库尔特耐的罗伯特继位（1219-1228年在位），1228年罗伯特驾崩，其幼弟鲍德温二世继位，鲍德温二世当时年仅11岁，玛丽亚曾摄政拉丁帝国八个月。）

以首席大贵族（至尊独裁者）伊萨克和阿列克修斯·拉斯卡利斯为代表的拉斯卡利斯家族成员（这两位都是先帝塞奥多利的兄弟）在拉丁帝国支援下挑战约翰三世的皇位，1224年初（或1223年底）约翰三世·瓦塔基斯在伯曼农战役战胜了他们的联军，巩固自己的皇位并夺回了拉丁帝国掌控的几乎所有亚洲领土。

之后约翰三世又收复了爱琴海上的一些岛屿，如莱斯博斯岛、希俄斯岛和罗得岛等，并攻入色雷斯，但遭到另一拜占廷流亡政权伊庇鲁斯的对抗。1224年，伊庇鲁斯第二代统治者塞奥多利·科穆宁·杜卡斯消灭拉丁人建立的塞萨洛尼基王国，自封为皇帝。但是伊庇鲁斯政权的辉煌是短命的，1230年科洛克尼察（Klokotnitsa）战役中伊庇鲁斯军队被保加利亚沙皇伊凡·阿森二世摧毁，塞奥多利·科穆宁·杜卡斯被俘并遭瞽目，其领地大部分被保加利亚人夺取。伊庇鲁斯、尼西亚、拉丁帝国和保加利亚在拜占廷帝国欧洲部分领土上形成了复杂的四角关系（特拉布松已经失掉黑海南岸的很多领地，和尼西亚不再接壤，而且军事力量不足，退出了帝国正统的争夺），而尼西亚帝国成为最有实力的拜占庭继承国。

此时巴尔干最强大的势力是伊凡·阿森二世统治下的保加利亚，拉丁帝国的皇帝鲍德温二世同意和伊凡·阿森二世的女儿联姻，从而满足后者成为君士坦丁堡“摄政”的野心（鲍德温未成年）。但没有伊庇鲁斯的威胁后，拉丁帝国撕毁与伊凡·阿森二世订立的合约，鲍德温二世迎娶前耶路撒冷国王布里安的约翰的女儿玛丽亚，而由布里安的约翰出任拉丁帝国摄政王。愤怒的伊凡·阿森二世转而和尼西亚帝国联合，公元1235年双方签订协议，在既定事实的基础上互相承认对方的权力。仅仅一年之后，不愿为他人做嫁衣伊凡·阿森二世回头又与拉丁帝国联合，夺取尼西亚帝国在巴尔干的领地。但就在此时，保加利亚首都特尔诺沃毫无征兆的发生一起瘟疫，伊凡·阿森二世认为这是上帝对他的出尔反尔政策的惩罚。便撤回军队，于次年（公元1237年）再次与尼西亚订立合约。

1241年6月，伊凡·阿森二世于首都特尔诺沃病死。其子科洛曼·阿森（Koloman Asen，1241-1246）即位，第二保加利亚王国由盛转衰。

1242年蒙古人入侵安纳托利亚东部，在克塞山战役（1243年六月）重创塞尔柱人的鲁姆苏丹国，鲁姆苏丹沦为蒙古附庸，1246年凯库斯老二世死后更一分为三，这暂时消除了塞尔柱人对尼西亚帝国东部的威胁。

1245年，约翰三世（皇后伊琳妮·拉斯卡利斯已于1239年去世）迎娶霍亨斯陶芬皇室公主康斯坦丝（神圣罗马皇帝腓特烈二世的女儿，后改名为安娜），与神圣罗马帝国结盟。1246年，约翰进攻保加利亚，光复色雷斯和马其顿的大部分地区，收复了塞萨洛尼基。1248年，约翰再次击败保加利亚人，并且包围了拉丁帝国。此后直到1254年约翰驾崩，他全力在巴尔干扩张，做好了光复君士坦丁堡的准备。

约翰三世的儿子塞奥多利二世继位，他打败了保加利亚人的入侵，进一步扩张了尼西亚帝国在巴尔干的领地（吞并了都拉佐和希腊的Servia城），但塞奥多利二世患有癫痫症，在位四年就驾崩了（1258）。皇子约翰四世7岁登基，大贵族米海尔·帕列奥列格发动政变，杀死原摄政王、塞奥多利的发小乔治·穆扎伦，成为新的摄政王，并于次年成为共治皇帝。已沦为尼西亚附庸的伊庇鲁斯专制君主国，趁机反叛，并联合西西里国王曼弗雷德和拉丁人的亚该亚侯国；但1259年佩拉冈尼亚战役，米海尔八世率领的尼西亚军队决定性的打败了他们的联军。

此后，米海尔八世致力于光复君士坦丁堡，为此他和热那亚签订了1261年的南菲宏条约（授予热那亚人贸易特权以换取海军支持）；1261年7月拜占廷将军Alexios Strategopoulos率领800名巡逻部队在色雷斯前线侦查保加利亚人的动静，在完成任务返回本国的途中，他们在君士坦丁堡希腊居民的支持下混入城中，随即火焚了威尼斯人居住区；由于当时拉丁帝国为数不多的军队都外出作战，拉丁皇帝鲍德温二世无法组织抵抗，只能乘船逃走，于是尼西亚帝国意外的光复了首都，8月15日米海尔八世举行了入城典礼，并由牧首阿森纽斯正式“加冕”；同年12月，米海尔废黜并刺瞎幼小的约翰四世，拉斯卡利斯王朝被帕列奥列格王朝取代。

一些学者认为，尼西亚帝国的统治标志着“希腊”民族和国家意识的兴起；但是他们也指出，这种民族意识的兴起并没有对官方的“帝国”意识形态产生影响。传统的看法（拜占庭帝国是罗马帝国的继承者）并未改变，这一点可以从尼西亚皇帝们的子民“Rhomaioi”的称呼中得以说明。尼西亚帝国的官方意识形态是再征服运动和军国主义（这些在14世纪后半期巴列奥略王朝的修辞中就见不到了），以君士坦丁堡的持续荣耀和光复君堡的希望为特征，强调君士坦丁堡类似于旧约中上帝给予选民的“应许之地”而不是诉诸于政治上的普世主义或希腊民族主义；这段时期的皇帝们被频繁的比作摩西或所罗巴伯（巴比伦之囚后带领犹太人回归故土的领袖），甚至是指引上帝子民去往应许之地的“火柱”，如在一篇尼基塔斯－侯尼亚迪斯（尼西亚帝国时期的历史学家）献给塞奥多利一世的献辞中中（表现的那样）。

这期间的文辞也采用旧约之外的意象来赞美帝国的光复战争；尼基塔斯－侯尼亚迪斯在对塞奥多利一世的颂词中，把尼西亚帝国与塞尔柱苏丹的战斗描绘成基督教与伊斯兰之间的战争（尽管这一战斗中原来的拜占廷皇帝阿列克修斯三世在塞尔柱人一方参战），并且把塞奥多利在手刃塞尔柱苏丹的战斗中所受的伤比做十字架上耶稣受的苦难。Dimter Angelov认为西方十字军的理念已经影响了尼西亚的再征服运动，同一时期牧首Michael IV Autorelanos在战斗前对尼西亚军队提供了全面的赦罪，这和西方十字军全面赦罪很相像。但是这种可能受十字军影响的赦罪行动存在时间很短暂，1211年之后就渐渐消失。

十三世纪的拜占廷人也发现了（1204年之后）帝国的境遇和古典时期希腊的类似之处，这加强了一些学者（如A.E.Vacalopoulos）的观点，他们认为这种类比及对拜占庭”古典”的再评价，是希腊民族主义的起源。君士坦丁堡陷落后，帝国的境遇被认为类似于被野蛮人包围的（古典时期）“希腊人”。侯尼亚迪斯就把塞奥多利杀死的塞尔柱苏丹（凯库斯老一世）比作薛西斯，牧首Germanus II (1223–1240)将约翰三世的胜利视作另一场马拉松或萨拉米斯大捷。类似的，塞奥多利二世则将他父亲的胜利比作亚历山大大帝的事迹，并且赞美了同时代“希腊人”的赫赫武功。

另外，在拜占庭人的语言中，这一时期“希腊人Hellene”一词的意义似乎已经有所改变。（自基督教成为国教）到这一时间点为止（十三世纪之前），“希腊人”一词指“异教”，是贬义词（源出圣经）。而从尼西亚帝国时期开始，“Graikoi”和“Hellenes”开始作为宗教和民族的自我认同形式，进入帝国的外交用语中，反映了 将帝国及其子民同拉丁人区分开的殷切期望。

牧首Gemanus II特别论证了这一新的民族和宗教身份。他在信件中的出身等同于希腊血统的纯洁，强调他希腊修辞和希腊民族背景重于与君士坦丁堡的关系，并蔑视那些沾沾自喜于窃取君士坦丁堡的拉丁人。（现在）学者还在争论“希腊人”一词含义转移的确切时间，如Roderick Beaton认为，十二世纪“希腊人”一词的应用，说明这一词汇的意义在1204年君士坦丁堡陷落前就已得到重新评估。此外，不像Vacalopoulos，Beaton认为这一时期仅仅存在萌芽状态的（希腊）民族意识，主要是基于语言认同，还称不上希腊民族主义。

拜占庭学家安戈尔德（Michael Angold）指出，这段时期帝国的意识形态变化，显示出拜占庭人对于政治上的流亡、动荡和文化环境变化的适应能力。但是帕列奥列格朝的米海尔八世光复帝国之后，抛弃了绝大部分尼西亚帝国发展的思想意识，帝国在思想上回到了早期状态。

提奥多雷一世·拉斯卡利斯（1204年-1222年）

约翰三世·杜卡斯·瓦塔基斯（1222年-1254年）

提奥多雷二世·拉斯卡利斯（1254年-1258年）

约翰四世·拉斯卡利斯（1258年-1261年）

迈克尔八世·巴列奥略（1259年-1261年）（共帝）