孢子生殖是很多孢子植物和真菌等利用孢子进行的生殖方式。孢子是许多真菌、植物、藻类和原生动物产生的一种有繁殖或休眠作用的生殖细胞。能直接发育成新个体，如分生孢子、孢囊孢子、游动孢子等。植物通过无性生殖产生的孢子叫“无性孢子”，通过有性生殖产生的孢子叫“有性孢子”，如接合孢子、卵孢子、子囊孢子、担孢子等。

孢子（spore）蕨类植物的孢子囊和孢子，在小型叶类型的蕨类植物中，孢子囊单生于孢子叶的近轴面叶腋或叶的基部，通常很多孢子叶紧密地或疏松地集生于枝的顶端形成球状或穗状，称孢子叶球(strobilus)或孢子叶穗(sporophyllspilte)，如石松和木贼等。大型叶的蕨类植物不形成孢子叶穗，孢子囊也不单生于叶腋处，而是由许多孢子囊聚集成不同形状的孢子囊群或孢子囊堆(sorus)，生于孢子叶的背面或边缘。孢子囊的细胞壁由单层(薄囊蕨类)或多层(厚囊蕨类)细胞组成，在细胞壁上有不均匀的增厚形成环带(annulus)．环带的着生位置有种种形式，如顶生环带、横行中部环带、斜行环带、纵行环带等，这些环带对于孢子的散布有重要作用。孢子囊壁有由多层细胞构成（厚囊蕨亚纲）或一层细胞构成、（薄囊蕨亚纲）孢子囊壁的细胞中往往有部分细胞的胞壁不均匀增厚，它们排列成带状，称为环带。环带有顶生，横行中部、斜行、纵行等类型。多数蕨类植物产生的孢子在形态大小上是相同的，称为孢子同型(isospore)，少数蕨类如卷柏属和水生真蕨类的孢子大小不同，即有大孢子(macrospore)和小孢子(microspore)的区别，称为孢子异型(Heterospore)。产生大孢子的囊状结构叫大孢子囊(megasporangium)，产生小孢子的叫小孢子囊(mirosl orangium)，大孢子萌发后形成雌配子体，小孢子萌发后形成雄配子体。

孢子囊常集生成孢子囊群（堆）。孢子囊群的着生方式有多种，原始类型生于枝顶特化的孢子叶上而成穗状或圆锥状的孢子囊穗，进化的类型着方式有：边生孢子囊群，指孢子囊群着生于羽片的边缘，顶生孢子囊群，生于羽片顶端；脉端生孢子囊群，生于细脉先端，脉背生孢子囊群，系生于细脉中部，穴生孢子囊群，系生于羽片所形成凹穴处，也有布满于叶背者。孢子囊群有者具盖，有者无盖。孢子囊群有圆形、肾形、条形等各种形状。

孢子的形状常为两面形、四面形或球状四面形，外壁光滑或有脊及刺状突起或有弹丝。大多数种类的孢子为一型，少数种类为异型（如卷柏），即有大、小孢子之分。蕨类植物约有12000种，我国约有2600种，药用植物较多。

游动孢子(zoospore)

形成于游动孢子囊(zoosporangium)内。游动孢子囊由菌丝或孢囊梗顶端膨大而成。游动孢子无细胞壁，具1—2根鞭毛，释放后能在水中游动。

孢囊孢子(sporangiospore)

形成于孢囊孢子囊(sporangium)内。孢子囊由孢囊梗的顶端膨大而成。孢囊孢子有细胞壁，无鞭毛，释放后可随风飞散。

分生孢子(conidium)

产生于由菌丝分化而形成的分生孢子梗(conidiophore)上，顶生、侧生或串生，形状、大小多种多样，单胞或多胞，无色或有色，成熟后从孢子梗上脱落。有些真菌的分生孢子和分生孢子梗还着生在分生孢子果内。袍子果主要有两种类型，即近球形的具孔口的分生孢子器(pycnidium)和杯状或盘状的分生孢子盘(acervulus)。

(sexual reproduction)真菌生长发育到一定时期(一般到后期)就进行有性生殖。有性生殖是经过两个性细胞结合后细胞核进行减数分裂产生孢子的繁殖方式。多数真菌由菌丝分化产生性器官即配子囊(gametangium)，通过雌、雄配子囊结合形成有性孢子。其整个过程可分为质配、核配和减数分裂三个阶段。第一阶段是质配，即经过两个性细胞的融合，两者的细胞质和细胞核(N)合并在同一细胞中，形成双核期(N+N)。第二阶段是核配，就是在融合的细胞内两个单倍体的细胞核结合成一个双倍体的核(2N)。第三阶段是减数分裂，双倍体细胞核经过两次连续的分裂，形成四个单倍体的核(N)，从而回到原来的单倍体阶段。经过有性生殖，真菌可产生四种类型的有性孢子。

卵孢子(oospore)

卵菌的有性孢子。是由两个异型配子囊——雄器和藏卵器接触后，雄器的细胞质和细胞核经授精管进入藏卵器，与卵球核配，最后受精的卵球发育成厚壁的、双倍体的卵孢子。

接合孢子(zygospore)

接合菌的有性孢子。是由两个配子囊以配子囊结合的方式融合成1个细胞，并在这个细胞中进行质配和核配后形成的厚壁孢子。

子囊孢子(ascospore)

子囊菌的有性孢子。通常是由两个异型配子囊——雄器和产囊体相结合，经质配、核配和减数分裂而形成的单倍体孢子。子囊孢子着生在无色透明、棒状或卵圆形的囊状结构即子囊(ascus)内。每个子囊中一般形成8个子囊孢子。子囊通常产生在具包被的子囊果内。子囊果一般有四种类型，即球状而无孔口的闭囊壳(cletothecium)，瓶状或球状且有真正壳壁和固定孔口的子囊壳(perithecium)，由于座溶解而成的、无真正壳壁和固定孔口的子囊腔(locule)，以及盘状或杯状的子囊盘(9pothecium)。

担孢子(basidiospore)

担子菌的有性孢子。通常是直接由“+”、“-”菌丝结合形成双核菌丝，以后双核菌丝的顶端细胞膨大成棒状的担子(basidium)。在担子内的双核经过核配和减数分裂，最后在担子上产生4个外生的单倍体的担孢子。

此外，有些低等真菌如根肿菌和壶菌产生的有性孢子是一种由游动配子结合成合子，再由合子发育而成的厚壁的休眠孢子(restingspore)。

真菌的孢子生殖可以离开水.

植物通过无性生殖产生的孢子叫“无性孢子”，如分生孢子、孢囊孢子、游动孢子等；通过有性生殖产生的孢子叫“有性孢子”，如接合孢子、卵孢子、子囊孢子、担孢子等；直接由营养细胞通过细胞壁加厚和积贮养料而能抵抗不良环境条件的孢子叫“厚垣孢子”、“休眠孢子”等。孢子有性别差异时，两性孢子有同形和异形之分。前者大小相同；后者在大小上有区别，分别称大、小孢子，并分别发育成雌、雄配子体，这在高等植物较为多见。