壬申之乱是发生在672年（天武天皇元年）的日本古代最大规模的内乱。一方是天智天皇的太子大友皇子（1870年被追封为弘文天皇），另一方是得到地方豪族相助而揭起反旗的天智天皇之弟大海人皇子（日后的天武天皇）。结果大海人皇子获胜，是日本历史上少见的叛乱者胜利的例子。672年（天武天皇元年）的干支纪年为壬申，故被称为壬申之乱。

白江口之战后，中大兄皇子因为失败的责任问题，在国内政治中处境困难。这时，大海人皇子明显在政治上开始发挥作用。如664年（天智天皇三年）2月，大海人皇子代表朝廷发布“增换冠位阶名及氏上、民部、家部”等重要法令， 实际上行使“大臣”的职权。658年（齐明天皇四年）左大臣巨势德太死后，左大臣一直没有补任。大海人皇子成为实权者。668年（天智天皇七年），在中大兄皇子正式即位的同时，大海人皇子被立为东宫（大海人皇子和天智天皇之间的关系，在中臣镰足死后，不断地有所变化。这大概是因为晚年的天智天皇，日渐失去了当年纳贤爱才的品德所致。）

壬申之乱是飞鸟时代经常发生的皇位继承纷争中的一例。当时，以引进大唐律令制为目标的天智天皇，想一改倭国在同母兄弟间兄终弟及的皇位继承传统惯例，代之以像大唐那样的嫡子相继制，即传位于大友皇子（弘文天皇），引发了大海人皇子的强烈不满。再加上大海人皇子是有能力、有声威的政治家，凝聚了一股由其支持其即位的势力。这些势力是大海人皇子的根基，前述的改革中各阶层的不满情绪构成了民意基础，天智天皇以后的皇位继承之争成为壬申之乱爆发的契机。

白村江之战，倭军惨败。为此，天智天皇在玄界滩、濑户内海沿岸修筑国防施设，同时将百济难民迁往东国，将都城从奈良盆地的飞鸟，迁往了琵琶湖南岸的近江宫。另外在国内进行急进的政治改革。但是这些举动给豪族和民众增加了新的负担，产生了很多不满。迁都近江宫之际，经常发生火灾，豪族、民众对迁都表示不满的意绪开始显现。还有，天智朝的改革忽视地方豪族（特别是东国）的利益，地方豪族之间，忿忿不平。

此外，天智天皇和大海人皇子之间还有一段爱情的纠葛。

额田王是当时极负盛名的女歌人。她的和歌歌风秀丽，情感动人。据《日本书纪》记载，她最初嫁给了大海人皇子。但后来却进了天智天皇的后宫，成为天智天皇的妃子。可是，大海人皇子不能忘情。668年（天智天皇七年），天智天皇游猎于蒲生野。额田王和大海人皇子都伴驾同行。大海人皇子对他的爱人摆袖传情，而额田王怕人看见不便，为了制止他，吟了一首诗：“驰骋茜紫野，往来围禁场；岂不虞人睹，君袖乃尔扬。”

大海人皇子作诗答道：“紫茜同妹艳，能不钟我心。奈何他人妇，思慕难自禁。”

这两首歌都收在《万叶集》中，记录了天智天皇、额田王、大海人皇子一段着名的爱情“公案”。大海人皇子不能容忍自己的爱人作“他人妇”。天智天皇也不会容忍自己的妃子怀念旧男人。

大友皇子不仅仪表非凡，而且博学多闻，才思敏捷，长于汉诗，深得父皇宠爱。天智天皇自然想把皇位传给自己的儿子。但是，大友皇子有十分不利的条件。其一，他的母亲出身卑贱，是地方豪族的女儿，在宫中的身份不过是一个“采女”。在当时十分强调天皇血统高贵的情况下，出身卑贱者是做不了天皇的。第二，大友皇子缺乏治政的阅历。这一点大友皇子自己也承认不讳。《怀风藻》记载了大友皇子的诗句：“逍德承天训，盐梅寄真宰，羞无监抚术，安能临四海” 。

671年11月26日（天智天皇十年10月17日），天智天皇宣布了新的任命：大友皇子为太政大臣（太政大臣一职在日本历史上首次出现），苏我赤兄为左大臣，中臣金为右大臣，苏我果安、巨势人、纪大人为御史大夫。这样，上有天皇为最高首脑，下有太政大臣辅佐政务，身为东宫的大海人皇子，便无事可干了。这样的人事安排，明白表示天皇要重新考虑皇位继承问题。

这年八月，天智天皇开始卧病，病情逐渐恶化。天智天皇曾召大海人皇子到病榻前说：“我已经不行了，把皇位让给你。”大海人皇子自幼追随兄长天智天皇左右，深知天智天皇自大化改新以来在“古人大兄皇子之乱”（645年）、“苏我石川麻吕事件”（649年）、“有间皇子之变”（658年）等事件中排斥异己的手段，大海人皇子推举大友皇子为皇太子，自己则申请出家，退回吉野宫（今奈良县吉野），静观时局，以图再起。

672年1月10日（天智天皇十年十二月初三日），天智天皇在近江宫去世，享年46岁。大友皇子继承大统，此时还未满24岁。（大友皇子是否继位其实是个众说纷纭的问题，《日本书纪》并无此记载。但是平安时代以后的文献，如《扶桑略记》中做继位之说。到明治三年，明治政府根据《大日本史》，追谥大友皇子为第三十九代天皇“弘文天皇”）。

同年阴历五月，舍人朴井雄启告急，大友皇子以修筑山陵为名，有美浓、尾张募征壮丁，于京畿招兵买马，武装待发。又据大友皇子妃十市皇女向其父大海人告密，近江朝廷策谋进犯吉野。

同年阴历六月，大海人先发制人，先遣村国男依、和饵部君乎、身毛广等急赴美浓，联系各国郡司。继而，大海人皇子率部众二十余人开始离开吉野，经由伊贺、伊势，逃往美浓。在美浓，听从于大海人皇子指示的多品治已经兴兵，封锁了不破要隘，动员了东海道、东山道两道诸国的兵马，不满朝廷者纷纷来归，队伍迅速扩充至数万人。进入美浓后，聚集了东国来的兵马的大海人皇子在七月二日（8月3日）兵分两路，进攻大和国、近江国两方。

近江朝廷的大友皇子一方，向东国和吉备国（当时的日本国名，后来被分为了备前、备中、备后、美作四国）、筑紫（九州）派出使者，要求进行兵力动员。向东国派出的使者被大海人皇子一方的部队所阻，吉备和筑紫的兵力没能动员起来。大友皇子一方只有集中附近几国的兵力。

大海人皇子离开大和国（吉野宫属于大和国，大和国大致相当于现代的奈良县）之后，近江朝廷在倭京（飞鸟时代的古都）聚集了兵马，大海人皇子一方的大伴吹负举兵后，夺取这支兵马的指挥权。大伴吹负与从西、北两个方向杀来的近江朝廷军队展开激战。近江朝廷一方占了优势，大伴吹负不敌，数度败走。大伴吹负不断收拢败军。不久，由纪阿闭麻吕指挥的来自美浓的援军到达，大伴吹负才摆脱窘境。

近江朝廷的军队也杀向美浓，但由于指挥混乱，滞军不前。大海人皇子一方的村国男依等率军直进，大海人皇子的侧翼部队在七月初七日（8月8日）于息长的横河与近江朝廷的军队开战，连战连胜。七月二十二日（8月23日）的濑田桥之战（滋贺县大津市唐桥町），近江朝廷军大败。第二日的七月二十三日（8月24日），大友皇子自杀，壬申之乱结束。

673年（天武天皇二年）二月，大海人皇子建造了飞鸟净御原宫，正式即位，是为天武天皇。

以大友皇子与大海人皇子皇位之争而爆发的“壬申之乱”，实质是地方豪族利用群众反对近江朝廷门阀贵族统治的具有政变色彩的武装冲突。大海人以生命为赌注发动“壬申之乱”，实质是地方豪族对近江朝廷的胜利，或可说是激进派斗争的胜利。大海人在军事上和政治上，正是借助于不满朝廷的东国地方豪族的支持而取胜的。

近江朝廷被消灭，天武天皇再次把都城迁往飞鸟（奈良县高市郡明日香村）。之后，天武天皇论功行赏，为了恢复秩序回复而设立新的制度，即服制改革、八色之姓、冠位制度改革等。在中央集权方面，天武天皇比起天智天皇更进了一步。