希拉克略王朝皇帝（641-668年在位），外号“络腮胡君士坦丁”（Kōnstantinos Pogonatos）。 君士坦丁三世之子。因整顿了波斯战争、阿拉伯入侵导致的乱局，建立对阿拉伯人进一步入侵的防御体系而被称作“救世之主”。

君士坦斯二世（630-668）拜占庭皇帝，希拉克略之孙，君士坦丁三世之子，630年11月7日出生。641年即位于阿拉伯大入侵高潮。

君士坦丁三世神秘去世后，641年9月，遭到太后马尔缇娜迫害的君士坦丁三世的支持者，军事长官瓦伦丁和菲拉格利乌斯等大臣携君士坦斯逃至卡尔西顿，在军队的支持下逼迫马尔缇娜任命君士坦斯二世为共治皇帝，马尔缇娜不甘失败，同时任命君士坦斯二世以及她自己的儿子玛丽努斯和大卫为共治皇帝，这彻底激怒了他们和军队。9月底，元老院召开会议宣布废黜希拉克洛纳斯（希拉克略二世），将希拉克洛纳斯裂鼻，将马尔缇娜断舌，并发配往罗德岛，时年11的君士坦斯二世被选举为皇帝，马尔缇娜乱政宣告结束。

登基之后的君士坦斯二世由牧首保罗二世和军事长官瓦伦丁辅佐。642年9月他将散落在埃及各地的残军全部接回君士坦丁堡，以保留帝国的有生力量。随后，君士坦斯二世与瓦伦丁的女儿福斯塔结婚，以稳定自己的地位。644年，在君士坦斯二世的支持下，瓦伦丁率领罗马和亚美尼亚联军发动了雅穆克河战役之后帝国对阿拉伯人的第一次反击，但被击败。瓦伦丁害怕因为战败失去巨大权势，甚至被问责，随即召集仍然愿意追随他的军队，陈兵君士坦丁堡城下，要求君士坦斯二世任命他为皇帝。但是元老院、教会和首都市民均拥戴君士坦斯二世，军队也并不坚定支持瓦伦丁，市民们杀死瓦伦丁，君士坦斯二世大权独揽，自602年开始，在帝国东部延续了42年的内乱至此全部剿除，拜占庭帝国东部终于恢复了内部安定。

642年阿拉伯将领阿慕尔·本·阿斯夺去埃及，随后一度攻克利比亚的的黎波里。

645年，在收到许多埃及人民的求援信之后，君士坦斯二世决定发动进攻，帝国军队在曼努埃尔将军的率领下渡海南下，埃及各地人民纷纷归附，埃及及其向西直到新近被阿拉伯人征服的的黎波里均被收复。哈里发随即派遣阿穆尔再次率领大军来战。罗马远征军由于规模不足，补给线漫长后勤困难，于次年在尼基昂被击败，亚历山大陷落并遭到更彻底的破坏，城墙被拆。帝国远征军带着大批难民北撤，但是帝国仍然保住了昔兰尼加以西的地区。收复埃及的行动虽然没能完全成功，但是这是在拜占庭和阿拉伯开战以来拜占庭第一次给阿拉伯人“制造了大麻烦”，并成功收复了部分国土。

646年北非各地主教聚集召开会议，谴责一志论，北非总督格里高利被拥立为帝，阿拉伯人趁乱入侵，647年在阿布达拉伊本萨阿德率领下在苏菲图拉战役击败格里高利，根纳迪乌斯自立为总督，宣布效忠皇帝，并组织抵抗，随后在缴纳33万索丽德的贡金之后，阿拉伯人撤退。根纳迪乌斯继续担任总督直到665年被君士坦斯二世罢免，在此之前，君士坦斯二世一直满足于非洲每年如数上交税款和提供部队，并不加以干涉。而北非一直稳稳地被拜占庭控制住，直到698年查士丁尼二世内战时迦太基陷落（通常认为的拜占庭北非陷落）及711年休达陷落（拜占庭势力彻底退出北非）。

非洲叛乱引起皇帝的激烈反应，648年君士坦斯二世颁布《信仰模式法令》（教义规范诏书），下令不再坚持基督一志论的官方地位，但同时他也禁止对任何基督神性问题的讨论，然而强制禁止并未能解决宗教分歧。649年，马丁在未得到拉文纳总督同意的情况下就任罗马主教，并迅速召集了105名小教区神职人员召开了拉特兰会议，谴责皇帝禁止他们讨论神学问题。皇帝随即派遣拉文纳总督奥林匹斯去罗马捉拿主教，但奥林匹斯和主教联手叛乱，叛乱直到652年才平息，653年新任总督迪奥多利前往罗马逮捕教宗马丁一世，牧首被押往君士坦丁堡受审，被判处叛国罪，流放到克里米亚，656年病逝。叛乱被镇压，强制的言论管制开始起效果（这在战时有一定的合理性和必要性），宗教争论被搁置，君士坦斯二世在西部重建了中央威权。

647年起，阿拉伯人对小亚细亚和亚美尼亚发动攻势，这一年穆阿维叶进攻小亚细亚，洗劫凯撒利亚，但在进一步进攻阿莫里昂时被君士坦斯二世的军队击退，此后直到君士坦斯二世去世阿拉伯人未能再进攻小亚细亚。656年亚美尼亚人向君士坦斯二世求援，因为穆斯林向他们征收的税负太过沉重，君士坦斯二世随即派遣军队协助亚美尼亚人起义，并成功将亚美尼亚西部并入帝国。

654年（或655年）君士坦斯皇帝在船桅之战亲临战阵指挥，败给阿拉伯叙利亚总督穆阿维叶所组建的舰队。

此战之后，君士坦斯二世组建了罗马史上第一支完整建制的正规海军Karabisianoi，改进了拜占庭海军的装备配置，加大船体，加强远程打击能力，以避免发生肉搏战，在其子君士坦丁四世在位时海军又装备了希腊火。拜占庭海军力量得到加强。

君士坦斯二世借656年后阿拉伯内战的时机（阿拉伯第三任哈里发奥斯曼·伊本·阿凡遇刺身亡。阿里·伊本·艾比·塔里卜即位为哈里发，穆阿维叶不服，双方发生内战，停止对君士坦丁堡的进攻），于658年发动巴尔干战争，全面进攻斯拉夫人占据的乡村地带，将他们纳入帝国，并将大批斯拉夫人迁往小亚细亚边境，又在东境对阿拉伯发起攻势，659年罗马远征军趁阿拉伯发生内战一直推进到米底地区，随后君士坦斯二世与穆阿维叶和谈。

660年为了巩固皇位，下令将其弟狄奥多西处死（660），使他在君士坦丁堡变得不受欢迎。

659-661年，君士坦斯二世开启了大规模的内政改革，即著名的军区制改革。他将叙利亚方向（东方行政区）源源不断涌入帝国的难民安置在皮西迪亚和卡帕多西亚地区，并拿出皇家庄园分配给他们，将他们变为农兵，并任命他们的指挥官代管地方行政事务，建立了东方军区（安纳托利亚军区，anatolikon，意为东方，与拉丁语oriens同意）。又以同样的方式以亚美尼亚方向的难民为主，在本都和刚并入帝国的亚美尼亚西部建立起亚美尼亚军区。将残余的中央军安置在比提尼亚地区，建立奥普提玛顿军区（optimatoi，意为最强的）。将来自巴尔干的军民（可能大部分是斯拉夫俘虏）安置在吕底亚地区，建立起色雷斯军区（thrakesioi）。随后拉文那总督区和非洲总督区也进行了改组，其组织结构与军区相同。为了支持军区的运转，一系列配套措施出台。大量要塞在帝国各地建立起来，5个国家仓库建立起来以存储和统一调配粮草与装备，各军区各有一座，中央一座。

中央政府进行了精简，官员由原来的2500人精简至600人，以更高效率运转；新设立首席大臣（logothetēs tou genikou），取代原有的财政大臣、圣库伯爵、皇家私产伯爵，统一管理财政事务；设立邮政大臣（logothetēs tou dromou，直译为快递大臣），管理信息与情报事务及其相关的设施建设与维护（道路、驿站、间谍部门等）；设立军需大臣（logothetēs toūstratiōtikou），取代禁卫军长官负责军队后勤，并统一管理军队人事；总理大臣（magisterofficiorum）仍为文官之首而司法大臣（quaestor）仍然是帝国最高司法长官，新的五首相构成了中央政府的核心。

新政府构架大大简化了拜占庭的官僚体系与军事体系，也大大提高了拜占庭的行政管理与军事响应效率。但是问题也是明显的，官职的减少与权力的集中，尤其是地方管理中的军政合流破坏了君士坦丁体制的稳定性，地方实力人物将重新获得问鼎皇位的可能性。

663年君士坦斯二世前往南意大利对伦巴第人作战，迅速收复塔兰托和路特拉，并在卡拉布里亚和撒丁岛获得胜利，但是未能攻克贝内文托，随即又在卡普阿被击败，不过他仍然收复了大量意大利的领土，并四处强化罗马领地的防御。

他访问罗马城，成为最后一位到达罗马城的正宗罗马皇帝，他在那里逗留了12天。虽然受到了教宗的友好欢迎，但还是将城中装饰品洗劫一空，搬运回君士坦丁堡。

最后他长期停留在西西里岛的叙拉古，因迁都叙拉古的谣言失去人心，被随从用水桶刺杀。儿子君士坦丁四世即位，重新回到君士坦丁堡。

君士坦斯二世的统治提高了帝国的生存能力，虽然他去世的消息传到大马士革不久穆阿维叶就趁乱发难，但并未对帝国造成严重威胁。阿拉伯人对拜占庭的进攻方式发生了很大变化，过去由国家组织的全线全面战争，如今变成了瞄准时机的豪赌，即阿拉伯人不再一步一个脚印地向前推进，攻陷沿途的所有城市，屠杀并劫掠——拜占庭实力已经恢复到让他们无法这样蚕食了，而是集中优势兵力针对某一个重要战略目标发动豪赌式进攻，不管不顾沿途的任何据点，在君士坦斯二世的儿子君士坦丁四世统治时，阿拉伯人分别打穿小亚细亚和北非一次，但军区（总督区）总是能通过骚扰和截断粮道来让阿拉伯人损失惨重，并在其越来越虚弱时给予致命打击。直到查士丁尼二世内战时，拜占庭边境才再一次大规模后撤。

为了适应变小、变穷、变危险的帝国，中央政府被精简，变得更省钱、更高效，地方上则以军政合流的军区取代了过去的省区与防区并存的双轨系统，使得帝国面对军事威胁时更加高效。但是效率提高的代价是平衡性的打破，权力更加集中，中期帝国的各种叛乱层出不穷。

“黑暗时代”在希拉克略时代降临，并将一直持续到巴西尔一世时代。激烈的军事冲突让帝国的社会经济文化衰落，但同时也在转型和重组，就和发生在西欧的一样。城市萎缩了，君士坦丁堡在君士坦斯二世治下时仅有约10万人口，其他城市更加衰败；艺术活动萎缩，建筑活动稀少且建筑规模变小。但专业的官僚系统仍在运转，基础教育依然繁荣，拜占庭依然是一个相当发达的社会，而城市居民下乡谋生和难民的安置促进了乡村的繁荣，大量荒地被开垦，繁荣的农村社区纷纷兴起，居民们依据古典传统组织起社区自治，并根据国家普查缴纳税负和提供兵员，富裕的农兵们成为村社里具有举足轻重地位的“贵族”，而边疆地区的农民将在下个世纪不堪于伊斯兰教圣战者的定期骚扰而自发组织起边民（akritai），并对穆斯林展开血腥报复，甚至登上皇位（罗曼努斯一世）。大批难民的涌入将促进各民族的融合，“罗马认同”进一步加强，而难民与本地居民的矛盾在8世纪爆发，并最终和解（毁坏圣像运动）。这是一种架构上与4-7世纪相当不同的社会，它的重心从城市转移到了乡村，甚至开始形成一种类似“骑士文化”的“农兵文化”，并且它将在9世纪开始进一步复兴，城市重新繁荣起来，帝国社会将迸发出一种与5-7世纪相当不同的光彩，直到11世纪它的平衡被人为的打破并重新陷入黑暗。