顺治二年（公元1645年）改盛京
内大臣为阿立哈大，三年改
昂邦章京，统辖东北全境。为加强吉林地区的防务和统治力量，顺治九年（公元1652年），命
梅勒章京沙尔虎达、甲喇
章京海塔等，统兵驻守
宁古塔（今黑龙江
宁安）地方。顺治十年（公元1653年）分设宁古塔章京，首任是沙尔虎达，从此以后，今吉林、黑龙江等地区统归宁古塔章京管辖。
巴海，“沙尔虎达长子，初任
佐领，顺治十四年（公元1657年）授
秘书院伺读学士，十六年，袭父一等男爵。世祖喻吏部曰：‘宁古塔边疆要地，沙尔虎达驻防年久，甚得人心，今病没，其子巴海勒慎素著，可绶宁古塔总管，俾代其父。’”
巴海颇有其父之风，上任后，秣马厉兵，激励将士，致力于征剿俄军，保疆安民。顺治十七年（公元1660年）
沙俄侵略军再次犯境，巴海副统领率兵至黑龙江，
松花江两江交汇点，:侦贼在费雅喀西境，即急驱使犬部界，分
舟师潜伏两岸。
贼船奄至，合击之。“敌军见状败退，巴海统兵急追不放，敌兵弃船而逃”。此战“斩首六十余级，淹死者甚众”，获妇女四十七口，并火炮、盔甲、器械等物。同时，招降费雅喀部一百耳十余户，极大地巩固了边防。
与此同时，巴海对清初因
文字狱被流放到宁古塔塔。因此他们比一般流人的处境要好，不入官庄，不属台站，并多结交权贵，流放到这里的读书人，大半从事商业或以教书为业，他们都倍受巴海的器重。这对改变当地风俗，传播文化和教育的启蒙开发具有很大的作用。
顺治十八年（公元1661年），巴海奉命“设
吉林水师营，以迁移人为水手”。据《
吉林通志》载：“有战船三十只，运粮船八十只。”康熙三年任命吉林水师营总管各级官员，负责训练水师，制造船只。
康熙元年（公元1662年）清廷改
宁古塔昂邦章京为镇守宁古塔等处将军（简称
宁古塔将军），巴海为首任将军。康熙十年（公元1671年）为了加强吉林地区的防御力量， 移副都统一人驻吉林，这是
清王朝在今吉林设立
行政长官的开始。康熙十二年（公元1673年），吉林开始建城。由于这里自明清以来就是水上
交通枢纽，为盛京和黑龙江之间的要冲，可直达抗俄斗争的最前线，又是女真族部落的旧地，土地肥沃，农业发达，是抗俄的军粮供给基地，而吉林船厂又是制造抗俄船只的基地。因此， 康熙十五年（公元1676年），镇守宁古塔等处将军移住吉林乌拉，仍称宁古塔将军，留副都统一人镇守宁古塔。并在这一年，“徒直隶各省流人数千户居此，修造战舰四十余艏，双帆楼橹，与京口战船相类，又有江船数十，亦具帆樯，日习水战，以备老羌（沙俄）”。从此以后，吉林乌拉成为宁古塔将军的统治中心，逐渐发展成为政治、经济、军事的重镇.
康熙帝对巴海将军很器重，康熙召见巴海，当圣主问起宁古塔及瓦尔喀，
虎尔哈人民风俗等情况时，“（巴海）奏对甚晰，圣主嘉之曰：‘朕想闻尔贤能，今益知尔矣。’”并喻旨巴海：“费尔喀、
赫哲虽服，冉其性暴疠。当广布教化，多放驯迪。
俄罗斯尤当加意防备。”巴海尊旨，十分注重边境部落的教化和安抚。开初，边境有墨尔哲氏累世输贡，巴海“因宣上德招之”，其长扎尔喀、布克托等愿率众内迁，于是请安置在宁古塔附近，设佐领四十，以扎尔喀、布克托及诸族属任之，分辖其众。由于巴海招抚边民，整顿边防有功，
圣祖“特赠黑狐裘，貂朝衣各一袭”，以奖励之.
康熙二十一年（公元1682年），
康熙东巡，驻吉林，放船松花江，检阅水师并告诫宁古塔将军巴海和
副都统萨布素等：“朕幸吉林地方，访询民隐，及侦探巡逻等差，俱系军务，乃驻防官兵专责，不可宽假，应照常行。”明确指出，加强战备防务，是宁古塔官兵的神圣职责，对抗沙俄的军事准备不容松懈。巴海忠实地执行况熙皇帝的
战略部署。据文献记载：“时驻守宁古塔等处将军巴海等以宁古塔战舰稍有损坏，请发木料，用资休整。工部依如所请。”康熙对此事甚为关注，派
户部尚书伊桑阿带工匠到吉林乌拉大规模修造战舰。《
黑龙江外记》记载：“当时
黑龙江城、
墨尔根、
齐齐哈尔三城兵船一百二十只，皆康熙二十二年吉林乌拉送来。”使吉林乌拉成为
雅克萨反击战的水运战备基地。这一切和巴海的努力是分不开的。
吉林省建置时未能称“省”，是因为清代
东北地区是
满族的发祥地，由八旗驻防，采取的是“
军府制”。而关内中原不同，清政权在明朝政权的基础上，采用“
行省制”，即建立了18个行省。受关内行省制的影响，大约这一年起，吉林将军在给清廷的文件中代称自辖区域为“吉省”，清廷各衙门给吉林的
咨文中也约定俗成地称“吉省”。
吉林
将军辖区，范围广阔。据《
大清一统志》记载：“东滨大海，西接
边墙，南峙白山，北逾黑水”。即东至大海3000余里，指北起
鄂霍次克海，南至
日本海的海面；西至
柳条边590余里，至盛京威远堡
开原界；南至长白山南
图们江、
鸭绿江1300余里，与朝鲜分界；北逾黑龙江至
外兴安岭。康熙二十二年（公元1683年），划出
黑龙江将军辖区后，
宁古塔将军辖区范围大为缩小。咸丰十年（公元1860年），不平等的《
中俄北京条约》签订后，乌苏里江以东40多万
平方公里中国领土被沙俄割占，吉林将军辖区进一步缩减，即东至
乌苏里江、
松阿察河与俄罗斯分界；南至图们江、鸭绿江与朝鲜分界；西至威远堡边门
辽阳界；北至松花江达
黑龙江将军辖区界。在辖区内分地筑城，先后设置吉林、三姓、
阿勒楚喀、
伯都讷、
珲春副都统镇守。光绪三十三年三月初八日（1907年4月20日），清廷决定，裁撤盛京、吉林、黑龙江将军，设置奉天、吉林、黑龙江行省。
注：吉林将军一职到
光绪朝长顺将军时的全称是“钦命头品顶戴督办边防事宜镇守吉林等处将军兼理
打牲乌拉拣选官员等事恩特赫巴图鲁”。