黑龙江将军辖区即镇守黑龙江等处地方将军（简称黑龙江将军）管辖的行政区域，以流经境内的黑龙江得名。

黑龙江，古称“黑水”、“弱水”、“完水”，《辽史》称“黑龙江”，清初称“萨哈连乌刺”，系满语，萨哈连意为“黑”，乌刺意为“江”。清朝政府为了巩固边疆和抗击沙皇俄国入侵，于1674年（清康熙十三年）在黑龙江左岸支流精奇里江口附近的明代忽里平寨旧址兴建了瑷珲木城（今俄罗斯维谢雪村），史称“旧瑷珲城”，移吉林乌拉水师分驻黑龙江地方。1683年10月（清康熙二十二年九月），清廷决定，在黑龙江地方屯田，“建城永戍”。同年12月决定，将宁古塔将军所辖西北部地区划出，设置黑龙江将军，原宁古塔副都统萨布素为首任将军。将军衙门初驻瑷珲旧城，后因该城僻处江东，与内地往来诸多不便，遂于江西原达斡尔族屯寨托尔加城的废墟上修筑瑷珲新城（今黑河市爱辉镇），1685年（清康熙二十四年）将军衙门移驻瑷珲新城。因其濒临黑龙江畔，又称作“黑龙江城”。黑龙江将军最初驻扎在瑷珲城，亦称“瑷珲将军”。1690年（清康熙二十九年），移驻墨尔根城（今嫩江县城）。1699年（清康熙三十八年），移驻齐齐哈尔城。

黑龙江将军辖区初期，广袤数千里。东至毕占河、南至松花江，与吉林将军辖区接壤；北至外兴安岭与俄罗斯为界；西至喀尔喀接车臣汗部界。南北距3800余里，东西距3100余里。1689年（清康熙二十八年），中俄签订《尼布楚议界条约》，确定了中俄两国东段边界，即以额尔古纳河、外兴安岭至海为界。额尔古纳河右岸为中国领土，左岸为俄国领土；外兴安岭至海，岭南为中国领土，岭北为俄国领土。外兴安岭与乌第河之间待定另议。进入19世纪以后，沙皇野心复萌，不断人侵中国黑龙江中下游地区，非法霸占中国领土。迫使清朝当局于1858年（清咸丰八年）签订不平等的中俄《瑷珲和约》（通称《瑷珲条约》），中俄两国国界由外兴安岭分水岭南移到黑龙江，沙俄攫取了黑龙江以北60多万平方公里的中国领土，致使黑龙江将军辖区总面积锐减。

黑龙江将军为便于进行行政管理和抗御外敌入侵，在辖区内分地筑城，划分副都统辖区，派副都统或副都统衔总管驻守。初期，先后分设黑龙江、墨尔根、齐齐哈尔、呼伦贝尔（今呼伦贝尔市海拉尔区）、布特哈（今莫力达瓦达斡尔族自治旗境内）、呼兰6城。至光绪年间，又先后增设兴安城（今嫩江县境内）和通肯城（于海伦河北新建通肯城），史称“黑龙江八城”。随着清廷对东北封禁政策的解除，黑龙江地区逐步放荒招垦，人烟渐稠，民事日繁，遂陆续划定区域添设民官。至1906年（清光绪三十二年），黑龙江将军辖区先后设置呼兰府、绥化府、海伦直隶厅、黑水厅（今龙江县）、大赉厅（今大安市）、肇州厅、安达厅、巴彦州、木兰县、兰西县、青冈县、余庆县（今庆安县）、拜泉县、大通县（今通河县）、汤原县，计2府、5厅、1州、7县。并于1905年（清光绪三十一年）添设黑龙江分巡道和绥兰海兵备道，翌年将绥兰海兵备道移至兴安岭以东改为兴东兵备道。同时，鉴于齐齐哈尔、呼兰、通肯副都统辖区已添设民官，“布特哈系打牲部落，牲丁无多”，黑龙江将军奏请朝廷批准，于 1906年（清光绪三十二年）初，裁撤了齐齐哈尔、呼兰、通肯、布特哈四城副都统。其他各城副都统因地处边防等因，仍依其旧制不变。

1907年4月20日（清光绪三十三年三月初八日），清廷决定东三省改制，“裁将军，设行省”，建立奉天、吉林、黑龙江行省。遂裁撤黑龙江将军，依照原黑龙江将军辖区改设黑龙江行省。

萨布素：满洲镶黄旗人。康熙22——40年。

沙纳海：康熙40——42年。

博定：康熙42——47年。

发度：宗室。康熙47——48年。

杨福：宗室。康熙48——54年。

托留：满洲镶红旗人。康熙55——59年。

陈泰：康熙59——雍正4年。

傅尔丹：满洲镶黄旗人。富察氏，傅恒之弟。雍正4——5年。

那苏图：满洲镶黄旗人。雍正5——8年。

卓尔海：雍正8——10年，12——13年。

塔尔岱：满洲镶黄旗人。雍正10——11年，13年。

吴扎布：雍正13——乾隆元年。

额尔图：乾隆元年——3年。

博第：满洲正蓝旗人。乾隆3——8年。

觉罗傅森：满洲镶黄旗人。乾隆8——14年。

傅尔丹：满洲镶黄旗人。瓜尔佳氏，费英东曾孙。乾隆14——17年。

绰尔多：满洲正黄旗人。乾隆17——19年。

清保：乾隆19年。

达勒当阿：乾隆19——20年。

达色：乾隆20——21年。

绰勒多：乾隆21——27年。

国多欢：乾隆27——28年。

富僧阿：满洲正蓝旗人。乾隆28——33年。

傅玉：乾隆33——35年，37——44年。

增海：宗室。乾隆35——37年。

永玮：宗室。乾隆44——47年。

恒秀：宗室。乾隆47——53年。

琳宁：宗室。乾隆53——54年。

都尔嘉：乾隆54——56年。

明亮：乾隆56——59年。

舒亮：乾隆59——60年。

永琨：宗室。乾隆60——嘉庆2年。

额勒伯克：嘉庆2——3年。

那奇泰：嘉庆3——5年，6——8年。

景熠：嘉庆5——6年。

观明：嘉庆8——14年。

斌静：嘉庆14——18年。

富俊：蒙古人。嘉庆18——19年。

特依顺保：嘉庆19——23年，道光8——10年。

松宁：嘉庆23——25年，道光2年。

奕颢：宗室。嘉庆25——道光2年。

德英阿：道光2年。

禄成：蒙古人。道光2——8年。

果齐斯欢：宗室。道光8年。

富僧德：道光10——14年。

奕经：宗室。道光14——15年。

保昌：道光15年。

祥康：宗室。道光15年。

哈丰阿：道光15——19年。

棍楚克策楞：道光19——27年。

英隆：道光27——咸丰4年。

奕格：宗室。咸丰4——5年。

奕山：宗室。咸丰5——9年。

特普钦：咸丰9——同治6年。

德英：同治6——13年。

丰绅：同治13——光绪5年。

希元：蒙古正黄旗人。光绪5——6年。

定安：光绪6——7年。

文绪：光绪7——12年。

恭镗：光绪12——15年。

依克唐阿：光绪15——20年。

恩泽：蒙古人。光绪20——25年。

寿山：袁氏。汉军正白旗人。光绪25——26年。

延茂：汉军正白旗人。光绪26年。

绰哈布：汉军人。光绪26——28年。

萨保：光绪28——30年。

达桂：汉军人。光绪30——31年。

程德全：光绪31——33年。