洪武十七年（1384年）四月，
朱元璋对
宦官机构进行第一次调整时，增设了司礼监，其职权为掌宫廷礼仪。至洪武二十八年（1395年）第二次全面调整时，
司礼监的职权则改为掌管婚丧祭礼仪、赏赐笔墨书画、督导光禄司供应皇宫筵宴等事务。这时，司礼监虽仍排列在内监之后，但新增加的掌御前勘合、内使出门马牌等机要工作，无疑已大大提高了其地位。
永乐时期，司礼监仍为宦官的一般
衙门。但到
宣宗朝，司礼监的地位开始得到提升。
宣德四年（1429年），特设
内书堂，命大学士陈山专授小内使书，而太祖不许宦官识字读书之制从此废除。内书堂直属司礼监，其主要任务是为
二十四衙门提供有文化的
宦官。负责记录御前文字的太监和掌封进本章、发行谕批的
文书房宦官亦均出自内书堂。
伴随着内阁
票拟的制度化，司礼监秉笔太监“
批红”的制度应运而生。票拟出现之后，依制
阁票应由皇帝亲自批答，但实际上早在宣德时期皇帝已不能做到这一点。不久，代替皇帝批红的司礼监秉笔太监即应运而生。正统以后，每日所奏文书，除皇帝御笔批数本外，其他都归众太监拟照阁中票拟字样用朱笔楷书批写。与此同时，
司礼监自身的权力和结构也进一步高涨和严密化。首先，司礼监将宦官各
衙门的主要权力逐步集中到自己手中，举凡
镇守太监的调派，同
三法司录囚，
提督京营、
东厂等大权皆归属司礼太监。其次，在组织形式上，司礼监已形成为一个以掌印、秉笔太监为首脑的和内阁部院相对应的庞大的
官僚机构。司礼监实质上成为
内廷的另一内阁，其掌印太监实际已成为与
内阁首辅对柄机要的“
内相”，秉笔太监可权视
次辅。
《明史卷七十四》：“凡内官司礼监掌印，权如外廷元辅；掌东厂，权如总宪。秉笔、随堂视众辅。各设私臣掌家、掌班、司房等员。提督西厂，不常设，惟汪直、谷大用置之。刘瑾又设西内厂。寻俱罢革。提督京营，提督太监，坐营太监，监枪、掌司、佥书俱无定员。”
《万历野获编补遗》卷一载：“……司礼今为十二监中第一署。其长与首揆封柄机要，佥书、秉笔与管文书房，则职同次相；其僚佐及小内使俱以内翰自命，若外之词林，且常服亦稍异。其宦官在别署者，见之必叩头称为上司。虽童稚亦以清流自居，晏然不为礼也。内官监视吏部掌升选差遣之事，今虽称清要，而其权俱归司礼矣。”
明初，司礼监与各监主管设“太监”一，左右少监各一，各司设“司正”一，各局设“大使”一。以后编制扩张，各监分设“掌印太监”。司礼监以“掌印太监”为首，下设“秉笔太监”数人，一般首席秉笔主管东厂、诏狱等特务刑讯机构，各秉笔分管各监各司局。
明代废相，内阁与各部大臣奏议公事先行“票拟”，由皇帝“硃批”决定可否。由于废相后繁琐朝议使皇帝无力负荷，加以若干君主废弛朝政，遂有秉笔太监代为“批红”的制度。即各部公文奏议交司礼监分类后，拣选其要呈送皇帝。皇帝或亲批，或由秉笔口述大要而皇帝口决，秉笔代为“照阁票批红”，发还内阁与各部依据批红撰写正式诏书执行。但秉笔太监只是写上意见，最后由掌印太监审核，如果认为可以，就盖上印章。如果认为不行，有权打回去重批。