反式作用因子是转录模板上由基因编码的一类蛋白调节因子，包括激活因子和阻遏因子等，它们与顺式作用元件中的上游激活序列特异性结合，对真核生物基因的转录分别起促进和阻遏作用。

参与基因表达调控的因子，它们与特异的靶基因的顺式元件结合起作用。编码反式作用因子的基因与被反式作用因子调控的靶序列（基因）不在同一染色体上。反式作用因子有两个重要的功能结构域：DNA结合结构域和转录活化结构域，它们是其发挥转录调控功能的必需结构，此外还包含有连接区。反式作用因子可被诱导合成，其活性也受多种因素的调节。

同一类序列特异性的反式作用因子由多基因家族所编码，它们具有特定的蛋白质结构（如上述的锌指结构、碱性亮氨酸拉链、螺旋-环-螺旋基元等）和蛋白质结构上的同源性，因而构成反式作用因子家族，如类固醇激素受体家族、AP1家族等。

主要包括：

1.DNA结合域：

a.螺旋-转角-螺旋

b.锌指结构

c.亮氨酸拉链

d.螺旋-突环-螺旋

2.转录激活域：与其他转录因子相互作用的结构成分。常见的转录激活结构域有富含谷氨酰胺结构域，富含脯氨酸结构域及酸性α螺旋结构域

随着表观遗传学的发展，研究发现除了蛋白，DNA、RNA也有调控功能，所以也称反式调控元件，主要有miRNA、转录因子等。

①通用转录因子。普遍存在的转录因子，具有识别启动子元件功能的基本转录因子。

②组织特异性转录因子：与基因表达的组织特异性有很大关系，能识别增强子或沉默子的转录调节因子。

③诱导性反式作用因子：活性能被特异的诱导因子所诱导，不需要通过DNA-蛋白质相互作用就参与转录调控的共调解因子。