目的基因（gene of interest），也称靶标基因，是指在实验中研究或操纵的特定基因。

目的基因（gene of interest），也称靶标基因，是指在实验中研究或操纵的特定基因。比如，转基因研究中转入到生物体内的外源的抗虫基因Bt或抗除草剂基因CP4-EPSPS等。

目的基因可以是生物体本身的， 也可以是来自不同生物体的。比如Bt基因来自苏云金芽孢杆菌。

目的基因相关的操作包括目的基因鉴定、分离、克隆、转化及转化后鉴定和测试等，简单阐述如下。

通常，目的基因要么是已知供体生物基因组“文库”的一部分，要么是来自于先前未研究过的供体生物基因组。无论是哪种情况，聚合酶链式反应（PCR）技术都可以是目的基因倍增至生成构建体所需的数百万拷贝的水平。

当产生许多拷贝的目的基因后，可以通过酶切反应（或gataway系统），将目的基因酶促连接到构建载体中，然后将整个构建在细菌中表达，从报告基因选取阳性转化体，通常涉及含有插入DNA的菌落中的一些颜色变化。挑取阳性菌落，做液体培养，提取质粒DNA，进行酶切，切胶纯合。获得的DNA可用于后续的转化。

根据不同的物种，将目的基因转化到受体细胞的方法不一样。转基因植物的转化方法有：农杆菌转化法、花粉管通道法 、基因枪转化法、茎尖转化法 、叶绿体转化法、碳化硅纤维介导法 、真空渗入法等。转基因动物常用的转化方法有：体细胞核移植技术、慢病毒载体法、转座子介导的基因转移法、RNAi 介导的基因敲除法、基因打靶技术和诱导性多潜能干细胞法等。

尽管还不清楚外源基因整合到受体基因组到底受哪些因素的影响，由于不受控制的整合对受体基因的不可预测的影响，在受控获得更高准确性的整合位点尤其重要。

目的基因被成功地转化并整合到受体细胞本身不能保证基因在新的遗传环境中能得到准确的表达。必须进行测试以确定是否存在表达，如果表达顺利实现了，表达程度如何？显然，在实际应用中，只有那些以足够高的水平表达目的基因的转基因生物才是有意义的。

如果转基因后代分离比例不符合孟德尔遗传规律，转入的外源基因有可能干扰了内源基因的表达。另一个原因是在受体基因组中的不同位点整合了两个或更多个转基因拷贝。这些都要进行育种试验确认。