原生生物界(学名：Protist)是真核生物域中的一界。是由原核生物发展而来的真核生物。原生生物大部分是单细胞生物。真核生物比原核生物更大、更复杂。有些原生生物可以借助光合作用制造养分。常见的原生生物包括纤毛虫、变形虫、疟原虫、粘菌、浮游生物、海藻，也有光自营的单细胞游动微生物，如眼虫等。

原生生物界至少包含5万种的生物。真核原生生物界（Protista）的生物都是有细胞核的，且几乎是单细胞生物。某些真核原生生物像植物﹝如矽藻diatom﹞，某些像动物﹝如变形虫(amoeba)、纤毛虫(ciliate)﹞，某些既像植物又像动物﹝如眼虫(euglena)﹞。

原生生物包括藻类和原生动物等。他们是由原核生物进化来的，是真核生物中最原始的类群。早期藻类是植物的祖先，早期的原生动物是动物的祖先，所以人们对生物进行分类时，常把藻类归于植物界，把原生动物归于动物界。在原生生物中，藻类的数量多，分布广，与人类的关系也最为密切。

虽然名字叫黏菌，但它们通常被归类到原生生物界，而不是真菌界。黏菌细胞平时单独生活，只有在繁殖的时候才会聚集起来，形成多细胞的个体。

原生动物是像动物一样的原生生物，它们会四处移动寻找食物。纤毛虫以摆动无数细小的纤毛来移动身体。有些原生动物会利用长长的鞭毛，或以改变身体形状的方式来移动。

（1）能在一个细胞内完成全部生命活动－－如营养、呼吸、排泄、生殖、运动和感应等。因此，是最简单、最原始、最低等的动物。

（2）原生生物是简单的真核生物，多为单细胞生物，亦有部份是多细胞的，但不具组织分化。这个界别是真核生物中最低等的。制造养分的方式，有的跟真菌一样，吸收外间的营养；有的能行光合作用，亦能捕食，例如裸藻。所有原生生物都生存于水中。

（3）原生动物的细胞，除具有真核生物细胞所具有的一切基本结构外，还具有其他特殊的细胞“器官”－－胞器（如伸缩泡、眼点），因此原生动物的细胞是生物界最复杂的细胞。

（4）体积小，如微滴虫体长近1～1.5 μm。

（5）分布广。

（6）除了单细胞以外还有单细胞的群体。

藻类包括好几个相当不同的生物群，他们共同特点是具有光合作用的能力，而且保有在水中生长的原始习性，藻类异于植物之处，在于(1)单细胞藻类(unicellularalgae)，其本身即可作为配子(gamete)，(2)一些多细胞藻类(multicellularalgae)，其配子囊(gametangium，产生配子的构造)和孢子囊(sporangiun，产生孢子的构造)为单细胞构造，(3)其馀的多细胞藻类，其配子囊为多细胞构造，但每个细胞都具有生殖能力，各产生一个配子。藻类主要生长在淡水、咸水或半咸水的水域中，或泥土中，下雨过后的水洼、花盆外侧、墙上，或与菌类(如地衣)、植物(如满江红叶部空腔内的念珠藻)、动物共生。

藻类可以断裂(fragmentation)，或动孢子(planospore)或不可动孢子(aplanospore)行无性生殖。当环境恶劣时，可以同形配子(isogamy)、不同形配子(anisogamy)或精卵结合(oogamy)进行有性生殖。

藻类的生活史有三型：

．合子生活史(zygotic life cycle)一生活史中的个体以配子体(单套)世代占优势，只在合子短暂的时期具有双套，并进行合子减数分裂(zygoticmeiosis)，原始的藻类多行此种生活史，如单胞藻。

．配子生活史(gametic life cycle)一生活史中的个体以孢子体(双套)世代占优势，只在配子短暂的时期具有单套，产生配子之前行减数分裂(gameticnmeiosis)，此种生活史似动物，如硅藻。

．孢子生活史(sporic life cycle)一生活史中孢子体和配子体交替出现，具明显的世代交替，产生孢子时进行减数分裂(sporicmeiosis)，藻类和植物多行此种生活史；其中有些藻类的孢子体和配子体同型，如石莼，有些则不同型，如昆布。

原生动物大都为可运动的掠食者或寄生者。

分类系统的演变：在两界系统中作为动物界的1个亚界，即原生动物亚界。在五界系统中作为原生生物界中的原生动物亚界。原生动物亚界以下的分类，直至目前还有分歧和争论。肉足鞭毛虫门、盘蜷虫门、顶复虫门、微孢子虫门、囊孢子虫门、黏体虫门、纤毛虫门。

一、肉足鞭毛虫门

鞭毛或伪足，一个细胞核；包含：鞭毛亚门、肉足亚门、蛙片亚门。

1、鞭毛亚门

特征：运动胞器为鞭毛；无性生殖为纵二分裂，有性生殖为配子生殖（同配）；自养、异养型营养方式，自由或寄生生活。

代表种类：（1）引起人类昏睡病的冈比锥虫，寄生于人的脑脊髓液中，分布于非洲，传病媒介为采采蝇。（2）引起人类黑热病的杜氏利什曼原虫，寄生于人的肝、脾等内脏器官，传病媒介为白蛉。（3）引起动物疾病，如隐鞭毛虫(寄生于鱼鳃)等。（4）引起海洋赤潮，如夜光虫、腰鞭毛虫等。（5）在白蚁肠道内共生的，如披发虫等。

2、肉足亚门

特征：运动胞器为伪足。无性生殖为二分裂，有性生殖为配子生殖。异养型营养方式，自由或寄生生活。

代表种类：

变形虫（Amoeba）：虫体完全裸露，分外质和内质。

太阳虫（Actinophrys）：伪足中具轴丝，营水中漂浮生活。

有孔虫（Foraminiferida）：具有碳酸钙构成的球型、瓶型或螺旋型外壳，大多数在海洋底栖或漂浮生活，生活史复杂，具有无性和有性生殖的世代交替。

放射虫（Radiolaria）：具有结构精致的硅质骨骼，生活于海洋。

3、蛙片亚门

特征：运动胞器为纤毛状鞭毛（数量多、覆盖全身）。细胞核2个或较多，但只有一种类型的核。无性生殖为纵裂，有性生殖为配子生殖。寄生生活（在蛙与蝌蚪中传播，生活史复杂）。

二、顶复虫门

特征：全部营寄生生活。孢子或裂殖子具有顶复合体。生活史复杂，具有有性生殖（配子生殖）和无性生殖（裂体生殖和孢子生殖）的世代交替过程。

顶复合器（体）的结构：顶复合器是原生动物孢子虫的一个特殊结构：由极环（apical ring）、类锥体（conoid）（疟原虫及泰韧虫例外）、棒状体（rhoptry）及微丝（micromemes）组成。

三、纤毛虫门

主要特征：运动胞器为纤毛。细胞核分为大核和小核。无性生殖为横二分裂，有性生殖为接合生殖。异养型，自由生活或寄生生活。

接合生殖过程：两个细胞互相靠拢形成接合部位，发生原生质融合，并生成接合子；由接合子发育成新个体，这样的生殖方式称为接合生殖。不同交配型的细胞才能接合 (异宗配合)。

原生菌类如黏菌(slimemolds)和水霉(watermolds)，他们的外表特徵与菌物界的成员相似，且皆为异营，储藏肝醣，细胞壁含纤维素与几丁质(chitin)，因此有些分类学家仍将黏菌与水霉归在菌物界。但他们与菌物界的成员的关系并不密切，如他们有游走细胞(swiwmingcells)，具鞭毛;或行变形虫运动，而与菌类不同;黏菌有吞噬作用，吞入固体食物，而菌类则分泌酵素，将食物分解而行吸收。此外，有些水霉会储藏一种碳水化合物一mycolaminarin，此物质很像褐藻中的储藏物质，但与菌类、植物、动物者不同。黏菌和水霉传统上被视为菌类，但经由以上特徵，他们较适合归在原生生物界。

黏菌又分为原生质体黏菌(plasmodialslimemolds)和细胞性黏菌(cellularslimemolds)。水霉又分为单鞭毛可动细胞(uniflagellatemotilecells)和双鞭毛可动细胞(biflagellatemotilecells)。

真核生物除动物、植物、真菌三界之外统称原生生物，为并系群。

原生生物界分类系统：

根足门(Amoebozoa)

├─叶足亚纲(Lobosia)

├──裸变总目(Gymnamoebidea)

├───变形目(Amoebida)

├───裂芡目(Schizopyrenida)

├───泥生目(Pelobiontida)

├──壳叶总目(Testacealobosidea)

├───表壳目(Arcellinida)

├───毛片目(Trichosida)

├─微胶丝亚纲(Acarpomyxia)

├──细胶丝目(Leptomyxida)

├──坚胶丝目(Stereomyxida)

├─混胶丝亚纲(Acrasia)

├──混胶丝目(Acrasida)

├─真胶丝亚纲(Eumycetozoia)

├──原星总目(Protosteliidea)

├───原星目(Protosteliida)

├──网星总目(Dictyosteliidea)

├───网星目(Dictyosteliida)

├──胶胚总目(Myxogastridea)

├───棘柱目(Echinosteliida)

├───无丝目(Liceida)

├───有丝目(Trichüda)

├───有钙目(Stemonitida)

├───无钙目(Physarida)

├─原质亚纲(Plasmodiophoria)

├──原质目(Plasmodiophorida)

├─丝足亚纲(Filosia)

├──无壳目(Aconchulinida)

├──网足目(Gromiida)

├─粒网亚纲(Granuloreticulosia)

├──无室目(Athalamida)

├──单室目(Monothalamida)

├─丸壳亚纲(Xenophyophorida)

├──无线目(Psamminida)

├──有线目(Stannomida)

有孔虫门

├─有孔虫纲

├──网足虫目(Allogromiida)

├──纺锤虫目(Fusulinida)

├──抱球虫目(Globigerinida)

├──目(Involutinida)

├──目(Lagenida)

├──粟孔虫目(Miliolid)

├──目(Robertinida)

├──轮虫目(Rotaliida)

├──目(Silicoloculinida)

├──目(Spirillinida)

├──目(Textulariida)

├──目未定

├────科(Xenophyophorea)

├────科(Reticulomyxa)

辐足虫门

├─辐足虫纲

├──等辐骨亚纲(Acantharia)

├───全射棘目(Holacanthida)

├───粘合棘目(Symphyacanthida)

├───松棘目(Chaunacanthida)

├───节棘目(Arthracanthida)

├───辐射目(Actineliida)

├──多囊亚纲(Polycystinia)

├───泡沫目(Spumellarida)

├───罩笼目(Nassellarida)

├──稀孔亚纲(Phaeodaria)

├───暗囊目(Phaeocystida)

├───暗球目(Phaeosphaerida)

├───暗瓮目(Phaeocalpida)

├───暗尺目(Phaeogromida)

├───暗贝目(Phaeoconchida)

├───暗树目(Phaeodendrida)

├──太阳亚纲(Heliozoia)

├───结球目(Desmothoracida)

├───太阳虫目(Actinophryida)

├───列足目(Taxopodida)

├───中阳目(Centrohelida)

鞭毛虫门(Sarcomastigophora)

├─植鞭毛纲(Phytomastigophorea)

├──隐滴虫目(Cryptomonadida)

├──腰鞭目(Dinoflagellida)

├──金滴虫目(Chrysomonadida)

├──异鞭目(Heterochlorida)

├──绿滴虫目(Chloromonadida)

├──定鞭目(Prymnesiida)

├──团藻虫目(Volvocida)

├──溪滴虫目(Prasinomonadida)

├──硅鞭目(Silicoflagellida)

├─动鞭毛纲(Zoomastigophorea)

├──颌鞭目(Choanoflagellida)

├──动体目(Kinetoplastida)

├──原滴虫目(Proteromonadida)

├──曲滴虫目(Retortamonadida)

├──双滴虫目(Diplomonadida)

├──锐滴虫目(Oxymonadida)

├──毛滴虫目(Trichomonadida)

├──超鞭目(Hypermastigida)

纤毛虫门(Ciliophora)

├─纤毛亚门(Ciliophora)

├──动基片纲(Kinetofragminophorea)

├───裸口亚纲(Gymnostomatia)

├────前口目(Prostomatida)

├────侧口目(Pleurostomatida)

├────原纤目(Primociliatida)[未定]

├────核残迹目(Karyorelictida)[未定]

├───下口亚纲(Hypostomatia)

├────蓝口总目(Nassulidea)

├─────合膜目(Synhymeniida)

├─────蓝口目(Nassulida)

├────叶咽总目(Phyllopharyngidea)

├─────管口目(Cyrtophorida)

├─────漏斗目(Chonotrichida)

├────吻毛总目(Rhynchodea)

├─────吻毛目(Rhynchodida)

├────后口总目(Apostomatidea)

├─────后口目(Apostomatida)

├───吸管亚纲(Suctoria)

├────吸管目(Suctorida)

├──寡膜纲(Oligohymenophorea)

├───膜口亚纲(Hymenostomatia)

├────膜口目(Hymenostomatida)

├────盾纤目(Scuticociliatida)

├────无口目(Astomatida)

├───缘毛亚纲(Peritrichia)

├────缘毛目(Peritrichida)

├──多膜纲(Polymenophorea)

├───旋毛亚纲(Spirotrichia)

├────异毛目(Heterotrichida)

├────齿口目(Odontostomatida)

├────寡毛目(Oligotrichida)

├────下毛目(Hypotrichida)

├─蛙片总纲(Opalinata)

├──蛙片纲(Opalinatea)

├───蛙片目(Opalinida)

孢子虫门(Microspora)

├─微孢子虫亚门(Microspora)

├──二型孢子纲(Rudimicrosporea)

├───异型目(Metchnikovellida)

├──微孢子纲(Microsporea)

├───小孢子目(Minisporida)

├───微孢子目(Microsporida)

├─囊孢子虫亚门(Ascetospora)

├──星孢子纲(Stellatosporea)

├───内生孢子目(Occlusosporida)

├───孔盖孢子目(Balanosporida)

├──无孔纲(Paramyxea)

├───无孔目(Paramyxida)

顶复门(Apicomplexa)

├─拍琴纲(Perkinsea)

├──拍琴目(Perkinsida)

├─孢子纲(Sporozoea)

├──簇虫亚纲(Gregarinia)

├───原簇虫目(Archigregarinida)

├───真簇虫目(Eugregarinida)

├───新簇虫目(Neogregarinida)

├──球虫亚纲(Coccidia)

├───拟球虫目(Agamococcidiida)

├───原球虫目(Protococcidiida)

├───真球虫目(Eucoccidiida)

├──焦虫亚纲(Piroplasmia)

├───焦虫目(Piroplasmida)

硅藻门

├─硅藻纲(Bacillariophyta)

├──中心硅藻目

├──羽纹硅藻目

├绿藻门(Chlorophyta)

├─绿藻纲(Chlorophyceae)

├──团藻目(Volvocales)

├───科(Goniaceae)

├───科(Spondylomoraceae)

├───科(Tetrabaenaceae)

├───科(Volvocaceae)

├──四胞藻目(Tetrasporales)

├──丝藻目(Ulotrichales)

├──胶毛藻目(Chaetophorales)

├──溪菜目(Prasiolales)

├──鞘藻目(Oedogoniales)

├──刚毛藻目(Cladophrales)

├──管藻目(Siphonales)

├──管枝藻目(Siphonocladales)

├──绒枝藻目(Dasycladales)

├──双星藻目(Zygnematales)

├─纲(Pedinophyceae)

├─绿色鞭毛藻纲(Prasinophyceae)

├─纲(Trebouxiophyceae)

├─石莼纲(Ulvophyceae)

├──石莼目(Ulvales)

轮藻门(Charophyta)

├─(Mesostigmatophyceae)

├─(Chlorokybophyceae)

├─(Klebsormidiophyceae)

├─双星藻纲(Zygnemophyceae)

├──双星藻目(Zygnematales)

├──鼓藻目(Desmidiales)

├─轮藻纲(Charophyceae)

├──(Coleochaetales)

├──轮藻目(Charales)

裸藻门(Euglenophyta)

├─眼虫纲(Euglenida)

├─裸藻纲(Euglenophyceae)

├──裸藻目(Euglenales)

├──柄裸藻目(Colaciales)

金黄藻门(Chrysophyta)

├─金藻纲(Chrysophyceae)

├──金胞藻目(Chrysomonadales)

├──根金藻目(Rhizochrysidales)

├──金囊藻目(Chrysocapsales)

├──金球藻目(Chrysosphaerales)

├──金枝藻目(Phaeothamniales)

├甲藻门(Pyrrhophyta)

├─纵裂甲藻纲(Desmophyceae)

├──原甲藻目(Prorocentrales)

├──目(Prorocentrales)

├─横裂甲藻纲(Dinophyceae)

├──多甲藻目(Peridi-niales)

├──变形甲藻目(Dinamoebidiales)

├──胶甲藻目(Gloeodiniales)

├──球甲藻目(Dinococcales)

├──丝甲藻目(Dinotrichales)

隐藻门(Cryptophyta)

├─隐藻纲

褐藻门(Phaeophyta)

├─等世代纲

├─不等世代纲

├─无孢子纲

红藻门(Rhodophyta)

├─红藻纲(Rhodophyceae)

├──原红藻亚纲

├─真红藻纲(Florideophyceae)

├──真红藻亚纲

黏菌门(Mycetozoa)

├─黏菌纲(Mycetozoa)

├──原柱黏菌亚纲(Protostelia)

├───目(Protostelida)

├──黏菌亚纲(Myxogastria)

├───目(Liceida)

├───目(Echinosteliida)

├───目(Trichiida)

├───目(Stemonitida)

├───目(Physarida)

├──网柱黏菌亚纲(Dictyostelia)

├───目(Dictyosteliida)

卵菌门

├─卵菌纲(Oomycetes)

├──水霉目

├──水节霉目

├──链壶菌目

└──霜霉目。