单细胞，
细胞壁由左右两瓣组成。鞭毛2条，顶生，不等长。位于细胞前端，一条伸向前方，另一条螺旋环绕于细胞前端。本亚纲种类，中国全部为
海产。
形态特征具有两根
鞭毛的单细胞
浮游植物，属
甲藻门横裂甲藻纲及纵裂甲藻纲。形态多样，有球形、卵形、菱形、五边形、鼎形等。大小为 20～250微米，沟鞭藻重要的特征是具沟，横沟呈螺旋状环绕于甲的赤道部位，纵沟位于腹部与横沟大致垂直。沟中各具一根鞭毛。横鞭毛从腹部靠前的鞭毛孔伸出,波动于沟中；纵鞭毛从腹部靠后的鞭毛孔中伸出,拖于体后。靠鞭毛的摆动，使甲作旋涡式运动。沟鞭藻的名称即源于此。其动甲由多角形的甲片组成，其数 目及排列方式即板式是动甲的分类基础，壁由纤维素组成。
生活史包括动甲及孢囊两个阶段，当动甲遇不利的环境或坚硬食物需消化，或
繁殖的一个过程，在甲内分 泌出有机质膜包围原生质而形成孢囊进入休眠期，脱囊时囊壁沿固定的线裂开，原生质由裂口处流出，形成新的动甲。
分布地面上各种水体都有现生沟鞭藻的分布，辽阔的海洋最适宜它的生长，并构成食物链的基础。化石沟鞭藻都是休眠期的孢囊，有贴近式孢囊、刺孢囊、腔孢囊及贴近刺式孢囊；壁部不同类型的缝线、隔壁及突起；有横沟或纵沟；背部有古口；具多甲藻形轮廓等判断为沟鞭藻（据其中任一条件均可）。确凿的地质记录始于距今约两亿年前的三叠纪，中生代晚期到新生代沟鞭藻迅速演化，不但数量丰富，且属种分异度极高，不少属种具较短的地质历程及广泛的地理分布，成为划分对比地层、恢复古生态的重要化石，也是生成石油的重要物源。生物学家趋于将动甲与孢囊结合起来，依板式、古口类型加之同一属种可产生不同 类型的
孢囊。