甲藻门是指藻类植物的1门，除少数裸型种类外，都有厚的主要是纤维素组成的细胞壁称为壳。甲藻门中约有130属，1000多种，多数为海产种类，少数产于淡水及半咸水水体中。大多数甲藻是单细胞，少数种类是球胞型或丝状体。细胞球形、长椭圆形。细胞裸露或具细胞壁，有的壁薄，有的壁厚而硬，含有纤维素。纵裂甲藻由左、右两个对称的半片组成，无纵沟和横沟。横裂甲藻的细胞壁由多个板片组成。

甲藻门绝大多数种类为单细胞，丝状的极少。细胞球形到针状，背腹扁平或左右侧扁：细胞裸露或具细胞壁，壁薄或厚而硬。纵裂甲藻类，细胞壁由左右2片组成。无纵沟或横沟。横裂甲藻类壳壁由许多小板片组成；板片有时具角、刺或乳头状突起，板片表面常具圆孔纹或窝孔纹。大多数种类具1条横沟和纵沟。横沟位于细胞中部，横沟上半部称上壳或上锥部，下半部称下壳或下锥部。纵沟又称“腹区”，位于下锥部腹面。具两条鞭毛，顶生或从横沟和纵沟相交处的鞭毛孔伸出。1条为横鞭，带状，环绕在横沟中；1条为纵鞭，线状，通过纵沟向后伸出。色素体多个，圆盘状、棒状，常分散在细胞表层，棒状色素体常呈辐射状排列，金黄色、黄绿色或褐色；极少数种类无色。有的种类具蛋白核。储藏物质为淀粉和油。少数种类具刺丝胞。有些种类具眼点。细胞分裂是甲藻类最普遍的繁殖方法。

该门藻类植物少数种类为丝状体或由单细胞连成的各种群体。该类细胞具有含有纤维素的细胞淡壁，少数种类的细胞裸露没有细胞壁。细胞壁由多个具角、刺茬 或突起的板片组成。藻体含叶绿素、胡萝卜素和藻黄素，呈黄绿色、棕黄色或红褐色，少数种类无色。该门藻类植物贮藏的食物是淀粉和脂肪，繁殖方法主要为细胞分裂，有性繁殖非常少见。

分布十分广泛，在海水、淡水和半咸水均有分布，多数种类生活在海洋中，几乎遍及世界各大海域，是海洋浮游生物的一个重要类群。该门的藻类植物通过光合作用，合成大量有机化合物，是海洋小型浮游动物的重要饵料之一。属于该门的夜光藻具有在晚上发光的特性，人类可以利用这种特性来探索和追踪鱼群，这种方法已经应用在海洋渔业生产上。某些甲藻是形成赤潮的主要生物，引起赤潮的生物种类不同，其危害程度和方式也不同，一些赤潮种类可使海水缺氧、堵塞动物的呼吸器官而导致动物窒息。有些甲藻可分泌毒素，毒害其他水生生物。

板片有时具角、刺或突起，表面常有圆形孔纹或窝纹。板片的形态构造和组合情况是鉴定种的标准。横裂甲藻多具1横沟和1纵沟，横沟又称腰带，位于细胞中部偏下，横沟上部称上壳或上锥部，下部称下壳或下锥部，纵沟又称腹区，位于下壳腹面。载色体多数，盘状、片状、棒状或带状，多周生。电子显微镜下，载色体有3层膜包围，外层是载色体内质网膜，不与核膜相连，里边两层是载色体膜。光合片层是由3条类囊体叠成的束。含有叶绿素a和c、β-胡萝卜素、多甲藻[黄]素（peridinin）、硅甲藻素、甲藻素、硅藻黄素。由于黄色色素类的含量比叶绿素的含量大4倍，因此，载色体常呈黄绿色、橙黄色或褐色。同化产物是淀粉和油。有些甲藻具蛋白核。

甲藻细胞核很大，分裂间期染色体也呈现浓缩的螺旋状态；染色体中组蛋白很少，DNA的复制有两种情况：一种DNA在细胞生活的周期中，不间断地进行复制，这一点与原核细胞DNA的复制相似；另一种和真核细胞相似，DNA的复制是间断的，在一定时间内进行复制。

细胞是有丝分裂，分裂时核膜核仁不消失，核内没有纺锤丝，染色体附着在核膜上或特殊的着丝点上；核膜凹陷形成沟管，沟管横贯细胞核，在沟管内的细胞质中有纺锤丝；中期没有真核所具有的中期板，后期核向两侧扩展，染色体移至核相对的两端，以环沟在核中部将核分开形成两个子核，称此种核为中核或甲藻核（Dinokaryon）。

甲藻的运动细胞有两条顶生或侧生鞭毛。顶生鞭毛中，1条直伸向前方是尾鞭型，另1条伸出后横向弯曲，是茸鞭型。侧生鞭毛是从横沟与纵沟交叉处的鞭毛孔伸出，其中1条在横沟中，是茸鞭型，叫横鞭毛，另1条沿纵沟向后方伸出，是尾鞭型（Whiplashtype），叫纵鞭毛。鞭毛鞘内有9+2条轴丝。有些种类有眼点，眼点由脂粒构成，有的种类在脂粒外有1层膜包围。

甲藻液泡（Pulsule），位于甲藻细胞体表层，是1种没有伸缩能力的囊状体，囊状体外端有1开口与外界相通，有渗透营养的作用。甲藻还有1种刺丝胞（Trichocyst），刺丝胞是高尔基体长出来的，遇到敌人时放出刺丝胞，长约200微米，放出后不收回，被水溶解。

甲藻的繁殖以细胞纵裂为主，有些种类能产生游动孢子、不动孢子或厚壁休眠孢子；有性生殖是同配，仅在少数种中发现。

由于近海水域的富营养化，导致甲藻爆发式的增长繁殖（如夜光藻Noctiluca scintillans、海洋原甲藻Prorocentrum micans等），形成水华，使水变色，发出腥臭味，形成赤潮。密度过大后又造成死亡藻体滋生腐生细菌，使水中溶解氧急剧下降，并产生甲藻毒素，对鱼虾贝类危害较大。通过无脊椎甲壳类动物，如蚝、牡蛎等动物富集甲藻细胞所释放的毒素，对人类产生危害。

大多数甲藻是海产，淡水产种类较少，也有极少数种寄生于鱼类、桡足类和其他脊椎动物体内。淡水中春秋两季生长旺盛，海水则在暖海中种类较多。甲藻是重要的浮游藻类，是水生动物主要饵料之一。但是，甲藻过量繁殖，常使水色变红，形成“赤潮”，发生腥臭气味。形成赤潮时，水中甲藻细胞密度过大，藻体死亡后滋生大量腐生细菌，由于细菌的分解作用，使水中的溶氧量急剧下降，并产生大量有毒物质，同时有的甲藻也分泌毒素，因此，赤潮发生后，造成鱼虾贝类大量死亡，对渔业危害很大。

大多数甲藻是海产，淡水产种类较少，也有极少数种寄生于鱼类、桡足类和其他脊椎动物体内。

但是，水域营养物质浓度过高时，会导致甲藻爆发式的增长繁殖（如夜光藻Noctilucascintillans、海洋原甲藻Prorocentrummicans等），形成水华，使水变色，发出腥臭味，形成赤潮。

甲藻死亡后沉积海底，成为古生代油地层中的主要化石，因此，在石油勘探中，常把甲藻化石作为依据。

依照帕克和狄克逊(1976)，道奇(1982，1986)和洛布利奇(1976)的研究，甲藻门分为2纲，甲藻纲(Dinophyce-ae)和寄生的共甲藻纲(Syndinophyceae)；10目：原甲藻目(Prorocentrales)，鳍藻目(Dinophysiales)，裸甲藻目(Czymnodiniales)，夜光藻目(Noctilucales)，冠甲藻目(Lophodiniales)，多甲藻目(Peridiniales),钙甲藻目(Theracosphaerales)，囊沟藻目(Blastodiniales)，植甲藻目(Phytodinales)，丝甲藻目(Dinotrichales)，变甲藻目(Dinamoebidales)，胶甲藻目(Gloeodiniales)，共甲藻目(Syndiniales)。

（Peridinium）

属于横裂甲藻纲多甲藻目。藻体单细胞、椭圆形、卵形或多角形。背腹扁，背面稍凸， 腹面平或凹入，纵沟和横沟明显，细胞壁有多块板片组成。载色体多数，粒状，周生，黄褐色、黄绿色或褐红色。有的种类具蛋白核。细胞核大，1个。贮藏食物是淀粉或油。细胞以斜向纵裂进行繁殖，或形成厚壁休眠孢子，少数种类有有性生殖。本属约有200种，海产种类较多，淡水产较少。

（Ceratium）

属横裂甲藻纲多甲藻目。植物体单细胞，不对称形，顶端有板片突出形成的长角，底部有2-3个短角。载色体多数，橙黄色，细胞核1个，有眼点。细胞以斜向纵裂方式繁殖，在营养期末形成厚壁休眠孢子。

本属约80种，主要为海产、少数生活于淡水。

（Dinoclonium）

属于横裂甲藻纲丝甲藻目。植物体是分枝的丝状体，有匍匐枝和直立枝之分。载色体多数。生殖时每个细胞产生1-2个游动孢子。

本属是稀见藻类，附生于水中其他藻体上。

甲藻原被列入动物界原生动物门，发现球胞型和丝状藻体之后，才将其列入植物界。甲藻在色素方面与硅藻相似，但同化产物和形态等构造明显不同，由于甲藻的构造与其他藻类区别较大，因此，它们是一群自然的植物类群。

甲藻门 - 光合器结构和光合色素

1光合器：1层叶绿体内质网膜，3条类囊体形成一束 。

2光合色素：

（1）叶绿色类：a，c。

（2）胡萝卜素类：β。

（3）叶黄素类：硅甲黄素、多甲藻素、甲藻黄素等 。

（4）藻胆素：某些甲藻类含有。