清道光二十二年1842年8月，中英《南京条约》签订，五口通商（广州、福州、厦门、宁波、上海）。设钦差大臣，办理外交及广州、福州、厦门、宁波、上海五口通商事务，故名五口通商大臣，由两江总督耆英担任。清道光二十四年1844年3月，耆英改任两广总督，五口通商大臣衙门遂移到广州，之后由两广总督兼任五口通商大臣一职。咸丰八年十二月（1859年1月），两江总督何桂清任办理洋务钦差大臣，五口通商大臣衙门遂移到上海，之后一直由两江官员担任。咸丰十年（1860）改称南洋通商大臣，由江苏巡抚兼任。同治四年末（1866）起由两江总督兼任。1868年南洋大臣衙门迁南京。

南洋通商大臣，清官名，简称南洋大臣。和北洋通商大臣同为清末的在地方管理外交事务官员。

同治四年（1866），清政府将原来的五口通商大臣改为“办理江浙闽粤内江各口通商事务大臣”，设在上海，后移南京，后来演变称为南洋通商大臣或南洋大臣管理长江及江苏以南沿海各省通商口岸。

南洋通商大臣初为专职，后由两江总督兼任。其后两江总督例兼遂成定制。历任南洋通商大臣的有薛焕（五口通商大臣），李鸿章，沈葆桢，左宗棠，刘坤一，端方，张之洞，周馥等人。