南北党争是清朝初年的南方与北方士大夫的党派之争，可以说是明末东林党争的余绪。

从清兵入关一开始，作为一个人数少，文化比较落后民族—满族，内部必然也有矛盾和斗争，再加上面对广大汉族和其他各民族人民的反抗，除一方面采取武装镇压的高压手段外，另一方面又不得不尽量推行吸收、利用、限制广大汉族官绅士人共同合作的政策，以达到清朝统治中国的长治久安的目的。

顺康之际，以徐乾学为首的南人党与以冯铨、刘正宗为首的北人党相倾轧；双方并各依满人以自固，复通中贵，以结主知。杨青慕答刘正宗书如龚芝麓龚鼎孳之镌十三极则以蜀洛分党也，赵韫退之坎坷终身则以避马未远，周栋园之拟立斩，则以报复睚眦也。陈百史之无辜伏法则以争权竞近也。

顺治二年（1645年）七月，浙江道御史吴达上疏弹劾阉党余孽冯铨及其党羽孙之獬等，给事中许作梅、庄宪祖等纷纷上疏支持吴达。多尔衮最初未表态，终于决定支持冯铨一派，公开申斥龚鼎孳，并将李森先革职。孙之獬也被革职，永不叙用。

顺治五年（1648年），陈名夏授吏部尚书，又与多尔衮手下谭泰多方结交。顺治八年五月，候外转御史张煊上疏论陈名夏十罪二不法，结果谭泰出面替陈名夏担保，张煊反被诬杀。三个月后，谭泰因早年阿附多尔衮被处死，陈名夏本人“厉声强辩、闪烁其辞，及诘问辞穷，乃哭诉投诚之功”。顺治帝并没有杀害陈名夏，只是革职，后发正黄旗汉军，闲散官随朝。

顺治十一年（1654年）因反对薙发令，倡言“留发复衣冠，天下即太平”为宁完我所劾，第二天三月初二中午，顺治帝亲自讯问，侍臣当众宣读宁完我的劾奏，不等侍臣读毕，名夏极力辩白。帝大怒：“即使要辩解，为何不等宣读完毕？”命陈名夏跪着与宁完我对质。三月初三刑科右给事中刘余谟、御史陈秉彝替名夏缓颊，双方争执不下。刘余谟喋喋不休，帝为之大怒，下令将其革职，审讯继续进行。陈名夏被转押吏部，至十一日吏部主张论斩。十二日，改绞死。临死前向门客柳生说：“我色竟不动也。”顺治得知其正法后，“悯恻为之堕泪”。名夏之子陈掖臣被押到燕京，杖四十，流放东北。

康熙时，党争与满洲贵族内部矛盾纠缠在一起，康熙时期的朋党主要有鳌拜党、明珠党、索额图党、皇子党等。康熙帝深知党争之害，但鉴于满汉之间的矛盾，却也不加以整顿，他与满人权贵谈话总称南方官员为“蛮子”，甚至骂道：“蛮子那有一个好人！”

康熙初年，江南民人沈天甫撰逆诗诬告人，诛之。被诬者皆不论，御史田六善言奸民告讦，于南人不曰“通海”，则曰“逆书”。北人不曰“王七党”，则曰“逃人”，请鞫诬反坐。南北党均各依满人以自固，复通中贵，以结主知。南人党陈名夏初为多尔衮所赏识，后倚谭泰。谭泰诛，名夏屡为冯铨所厄，赖顺治护持得免。不一年，北人党人宁完我揭发陈名夏提出留发、复汉式衣冠，立致太平的主张。廷鞫时，冯铨、刘正宗均为作证。名夏赐死，置株连南士四十一人而不问。

南人党魁徐乾学，康熙二十四年（1685年）召试翰詹，乾学得首列，入直南书房。第二年徐乾学由内阁学士擢升礼部侍郎，以至左都御史，力倡风闻言事。这是因为康熙深知乾学颇得士心，所以重用乾学来作为打击权臣之用。

康熙二十七年（1688年），徐乾学为会试主考官，晋升刑部尚书。王鸿绪，江苏娄县人于徐乾学为门生，于高士奇为姻戚，于是三人奉密旨，合谋嗾使御史郭琇劾罢权贵满大学士明珠及余国柱。不久，乾学亦牵涉张汧案解任，留京修书，而弟元文仍得正揆席；旋又遭左都御史许三礼严劾。明珠已先令其甥傅拉塔总督两江，为督过乾学预作准备。傅拉塔遂劾乾学及其弟大学士元文诸不法事，元文解任，乾学后亦革职。自后数年间，日有告讦徐氏者，时明珠已复职多日矣。

徐乾学恶伤明珠和余国柱，复恶徐乾学反覆，必欲稍抑之。然则暗中一手操纵南北党局的生死大权的就是康熙本人。据先师邓文如之诚教授有云：“自顺治中禁社盟，士流无敢言文社者，然士流必有所主，而弘奖风流者尚焉，徐乾学尤能交通声气，士趋之如水之赴壑。同时宋德宜、叶方霭不能及也。余国柱独与之争，遂成怨府，李光地但欲抑之使不得速化而已，本附明珠、高士奇以进。

康熙二十七年初（1688年），明珠被劾罢职，徐乾学党掌权。同年洪升撰有传奇戏曲《长生殿》，传唱甚盛。当时正逢康熙帝的母亲佟皇后丧期。给事中黄六鸿以“国恤张乐”为大不敬之罪名，上章弹劾洪升。由于洪升与南党徐干学、高士奇等人物较为接近，北党欲借此事滥兴大狱。康熙帝知道是党争作祟，从轻发落，故示宽柔。

康熙三十三年（1694年），元文已前卒，康熙有诏取乾学、鸿绪、士奇三人回京修书，而乾学不知其来召之意，只知有使者来，疑有叵测之祸，遂惊悸死。然则康熙一朝，明珠既斥，康熙始得尽揽八旗兵权于皇帝一人之手。

康熙晚年，因皇太子再立再废，诸皇子各自立党，殆成敌国之势。康熙为此大伤脑筋，最后二十年间寝食不安，心身体力为之折磨消耗殆尽。康熙五十六年（1717年），老臣王掞（江苏太仓人）眼见皇储久空，皇上忧伤，遂与御史陈嘉猷等八人上书，共同请求早立太子，王拔等几得重罪。康熙六十年（1721年），即康熙逝世的前一年，王掞揣想康熙之意，又同御史朱天保、柴谦等十三人力请复立废太子胤礽为皇太子。康熙大怒，责其沽名树党，祸几不测，王掞以年老免充军，仍命其子詹事王奕清与十三御史同赴西台效力。至此，南北党局稍结。

南北竞争，取代了曾经引起官僚党争的“清流”与 “浊流”的冲突。例如，浙江海宁名门的后裔、有名的降人陈之遴有清一代，在用人参政上南北平衡，历史上只有北宋一朝差可比拟。

综观清朝前期的党争事实，可以看出，从入关一开始，由满、汉之间反映出来的民族矛盾，到康熙初皇权与八旗诸王分权之争，康熙尽揽了全部八旗兵权，使封建中央集权得到进一步的巩固和加强，矛盾得到基本解决。经过南北党局之祸和中宫党争之烈，最后雍正夺嫡成功和军机处的设立，标志着中国历史上中央集权达到了最高峰。

乾隆六年（1741年）在左都御史疏言：“大学士张廷玉历事三朝，遭逢盛世，然而晚结当慎，责备恒多。臣窃闻舆论动云桐城张、姚两姓占却半部缙绅。今张氏登仕版者有张廷璐等十九人，姚氏与张氏世姻仕宦者有姚孔铸者十人”。鄂文端、张文和素不相得，时谓鄂党多君子。