南京大学鼓楼校区为南京大学四大校区之一，全国重点文物保护单位金陵大学旧址所在地。1952年南京大学由四牌楼迁往鼓楼区办学，鼓楼校区也成为南京大学主校区，直至南京大学仙林校区启用。

南京大学鼓楼校区坐落在南京市中心区域，位于鼓楼区，与南京市中心鼓楼广场相邻，汉口路将鼓楼校区划为南园、北园，南园是学生宿舍生活区，北园是教学科研区，面积近800亩。南京大学鼓楼校区为金陵大学旧址所在地，北园金陵苑一带为中华传统风格建筑群，其中的北大楼已经成为南京大学的标志性建筑。

南京大学鼓楼校区有南京大学考古与艺术博物馆、南京大学地球科学博物馆、南京大学校史博物馆等。南园有孙中山就任中华民国临时大总统时的故居，还有设立了拉贝与国际安全区纪念馆的拉贝故居，北园有赛珍珠故居、何应钦故居（斗鸡闸）等。

汇文书院的校园起初建在南京干河沿，第一座建筑名曰“钟楼”，由首任校长福开森设计，当时被南京人称为“三层楼洋行”。陆续建造的还有礼拜堂、青年会堂等，以后作为中学部，现为金陵中学校园。

1910年合并改名金陵大学后，在鼓楼西南购地建造新校舍，同时中国政府以金大教授裴义理主持华洋义赈有功赠地百亩，1913年由纽约建筑师克尔考里完成校园规划，美国建筑师司斐罗、芝加哥珀金斯费洛斯与汉密尔顿（Perkins, Fellows & Hamilton）建筑师事务所的测绘师莫尔负责建造，1921年建成后作为大学部。金陵大学建筑群是最早期融入西方风格的中国传统建筑群，以塔楼为中心形成不完全对称的布局，建筑造型和装饰为中式，材料和构架为西式，许多建筑材料由美国进口。1952年后金大校园成为南京大学校园的一部分。

小礼拜堂，或称小礼堂，建于1916年，由中国建筑师齐兆昌、美国芝加哥珀金斯建筑师事务所共同设计。

礼拜堂，现称大礼堂，建于1917年，由美国珀金斯建筑事务所设计。

塔楼，名为北大楼，建于1919年，由美国建筑师司迈尔（A. G. Small）设计。

东大楼，初名科学馆，建于1925年，由司迈尔设计。

西大楼，原名裴义理楼，建于1926年，由齐兆昌设计。

图书馆，建于1936年，遥对南京大学北大楼，由中国建筑师杨廷宝设计。