顺治十四年（1657），迁
广西右
布政使。时师征
云南，道广西，供亿浩繁，佟凤彩筹济无匮。顺治十六年（1659），调
江西左布政使。顺治十七年（1660），擢
四川巡抚。四川经
张献忠乱，城邑残破，劝官吏捐输，修筑
成都府城，葺治学宫，濬
都江堰。以祖母忧
去官。
康熙六年（1667），起
贵州巡抚。疏言：“
驿站累民，而贵州尤苦。层山峻岭，俗言‘地无三里平’。行一站，马则蹄瘤脊烂，夫则足破肩穿。应於
重安江、杨老堡、黄丝铺、盘江坡、江西坡、软轿坡等六处增置
腰站，设夫马如额。”复言：“黔省田土多奇零，国初隶版图，州、县、卫、所等官不谙赋役，任意牒报。
户部以明季赋役全书发黔订正，原报多者不复更改，少者照数增添。臣莅任，酌定繇单规式，饬所司填给
花户，以杜私派。嗣各属造报，此多彼缩，不能照则填给。且田地名色甚多，钱粮轻重不一。现饬所司清釐，更正赋役全书，以垂永久。”诏并允行。
丁母忧。
康熙十一年（1672），起
河南巡抚。
彰德旧有万金渠，康熙七、八年水患三至，佟凤彩奏请修濬，以弭民害。寻疏言：“豫省岁修黄河，用夫多或至万馀，俱按亩起派，雇直年需三四十万，小民重困。请改为官雇，按通省地亩等则派银，刊明繇单。若遇意外大工，再具题请旨。”上以派银雇夫仍属累民，命并免之。康熙十二年（1673），佟凤彩疏言：“均平里甲，直省通行。河南虽有里甲之名，其实多者每里或五六百顷，少者止一二百顷，或寥寥数顷。有司止知照例编差，里小田少，难以承役，愈增苦累。今饬州县按徵粮地亩册，如一州县有地一千顷，原分为十里者，每里均分一百顷；一里之中各分十甲，每甲均分十顷。遇有差徭，按里甲分当，则豪强无计规避，贫弱不致偏枯。”又言：“豫省民间栽柳供河工采办，岁需百馀万束。自康熙七年以后，协济江南河工已二百七十馀万束。去岁阳武险工，无柳可用，将民间桃、李、梨、杏尽行斫伐，方事堵御。是修防本省河工尚属不敷，实难协济外省。且黄河渡船装柳止二三百束，至无船之地，官吏束手，若非亟图变通，必至误运。向例本省河工运柳，每束给银五分，今远运江南千里之外，止给银四分五釐，民安得不赔累？乞敕河臣於江南雇船到豫，使民止备柳束挽运江干。嗣后就江南邻近无河患处，酌派协济。留河南有馀不尽之柳，以备本省河患，庶百姓稍得苏息，大工不致迟误。”疏入，并下
九卿科道议行。河南民称均里甲、蠲夫柳为利民二大疏。
吴三桂反，河南当
通衢，佟凤彩悉心调度，民不知扰。
康熙十三年（1674），以疾乞休，许之，南汝
总兵周邦宁以士民
吁留入告。
左都御史姚文然疏言：“佟凤彩相貌议论朴实无奇，而老成练达，谨慎和平，服官二十余年，皆能称职。抚豫数载，民所爱戴，宜令力疾视事，命仍留任。”
康熙十六年（1677），卒于官，时年五十六，谥号勤僖，赐祭葬如典礼。河南、四川、贵州并祀
名宦祠。