1944年冬，蒋介石集团筹备成立了中国陆军总司令部（以下简称陆军总部）。到1946年5月为止，总共存在一年多时间。它除了直接统领新配备的四个方面军（大约有二十几个军的兵力）之外，还负责指挥原有的各个战区司令长官部。原战区的战斗序列不变

陆军总部的成立目的名曰准备配合美、苏联合进攻日本，收复失地。然而“陆军总部”兵未动旗未开，日本已经宣布无条件投降。蒋介石集团这个准备大举反攻日本的陆军总部马上变成了发动内战的总指挥部。中国陆军总司令部，设在芷江七里桥，距县城七里。

每个方面军分辖四至六个军不等（大约相当于两个集团军的兵力）。所辖各军大都是美械装备，如5A、13A、71A、73A、74A；或半美械装备，如五十二军、五十三军、六十军、九十三军等。各原有战区的战斗序列不变，均受陆军总部指挥。

陆军总部是在美军（当时称盟军）总部建议实行“中美统一体制”改制的时候成立的，编制完全仿照美制。当时的人事配置是：总司令何应钦，参谋长萧毅肃、副参谋长冷欣和蔡文治。另外还有副官处处长陈又新，经理处处长金殿策，工兵指挥部指挥马崇六，炮兵指挥部指挥彭孟缉，军法执行监部军法监金奎璧等。

受总部直接指挥的四个方面军是：

第一方面军卢汉为司令官；

第二方面军张发奎为司令官；

第三方面军汤恩伯为司令官；

第四方面军王耀武为司令官。

陆军总部在昆明筹备成立后，原拟将总部迁驻贵阳，后因湘西大墟，改迁湖南芷江。总部到芷江不久，日本即宣布投降，当即组织成立陆军总部南京前进指挥所，由副参谋长冷欣任主任，负责指挥南京对日受降诸事宜，指挥所的人员当即空运南京。

前进指挥所到达南京后，首先勘定陆军总部设在原中央陆军军官学校内。其次，积极筹备对日受降的工作，也对接收工作做了一些部署。不久陆军总部也全部空运到南京，在南京主持总受降，于1945年9月9日在陆军总部大礼堂举行对日受降，仪式隆重。中国方面由何应钦代表受降，日本方面由冈村宁次代表请降。总部还分别电令各方面军和各战区就近进入各大中城市主持对日受降和接收工作。如第一方面军卢汉奉令率五十二军、五十三军、六十军进入越南，主持对日受降；第二方面军张发奎奉令率部配合就近接收华南地区城市，并主持对日受降；第三方面军汤恩伯部空运到京沪沿线，司令部驻无锡，接收京沪地区；第四方面军王耀武部配合九战区薜岳、六战区孙蔚如接收长沙、武汉等地区并主持对日受降；调运第一方面军的52A和第三方面军的十三军分别海运去东北，随东北行辕主任熊式辉接收东北地区；抽调胡宗南的三十四集团军李文部率三军、十六军经山西进驻石家庄，空运九十二军、九十四军分驻平津，配合第十一战区孙连仲、第十二战区傅作义，协助北平行辕主任李宗仁接收华北地区；第二战区阎锡山接收太原等城市。

陆军总部在指挥对日受降和接收工作的同时，一面争夺重要城市，扩大地盘，建立进攻解放军的基地；一面扩军备战，一俟条件成熟，则向解放军大举进攻，发动内战，企图全面消灭解放军。因此，陆军总部在许多问题上都是为蒋介石集团扩军备战的总战略方针服务的。如表面上要遣返日俘，要解散伪军，实际上留用了一批有技术的日俘，其中还有重要的日本战犯，收编了大量伪军，给予正规军的番号，补充各种装备后列入战斗序列。负责执行收编伪军工作的是：东北行辕、北平行辕、第二战区、郑州绥署、徐州绥署等五个单位。对伪军指挥系统之区分诸问题，均由陆军总部统筹办理。总之陆军总部负责全权处理伪军诸事宜。

日本投降后，陆军总部即电令各沦陷地区的地下军及各地伪军应“固守现地，等待国军”，即原地待命，戴罪立功。在收编的伪军中除任援道所部七个师一个独立旅因驻在南京周围，交戴笠编入忠义救国军外，其余如张岚峰、孙良诚、吴化文、庞炳勋、郝鹏举、孙殿英等部都收编到蒋军的序列，仅在番号之前冠以“暂编”字样以示差别。其中门致中的伪华北绥靖军先委以华北先遣军总司令部的名义，后又改为第九路军总司令部。陆军总部收编的伪军，除东北保安司令长官部将伪满地区的伪军收编为四个保安旅，任援道所部编入忠义救国军未计系列外，据不完全统计，收编伪军共24个军，64个师，683569人，枪357254枝。陆军总部对伪军虽称以“自新军”，但开始时并未给予军师番号，后来虽然给以军师番号，又冠以“暂编”字样。这种做法，当初还未导致伪军头目的不满。后来在粮饷方面进行克扣，原有的伪军队伍逐次缩小或被打散，于是便引起伪军头头的普遍不满。如张岚峰、庞炳勋便跑到香港去了，吴化文、郝鹏举先后率部起义投降了解放军。后来郝鹏举又从解放军那边反过去了，在苏北地区替蒋介石打先锋，结果全军覆没，郝鹏举被解放军活捉。国民党当时还造谣说郝鹏举被解放军活剥皮处死，以吓唬那些不稳定的伪军头头们。

陆军总部为扩军备战，在收编伪军扩充兵源的同时，又全力整顿装备正规部队。日本投降前后，美军总部又将储存在印度和中国境内的美制武器，以支援中国的名义全部交给陆军总部。陆总当即以这些美械先后又装备了第二军、八军、五十三军、五十四军、七十一军、七十三军、七十四军、九十四等八个军，连同以前装备的五个军共有美械装备13个军。此外还有半美械装备约五个军如五十一军、五十二军、六十军、九十二军、九十五军等。陆军总部又从接收日本在中国的库存军械装备了约10个军。这10个军大都分驻在苏北、鲁南一带，因该地区战事频繁，日制弹药有限，不到三个月时间便出现有械无弹的境况。因为金陵兵工厂制造不出日械规格的弹药，陆军总部马上倾其库存，将这10个军的日械装备换为国械装备。就连蒋介石从美国军火商那里购买的一批弹药，美国政府也不给出口签证，使这批美械装备的部队也面临有械无弹的境地。要将美械改为国械，库存又没有，情势十分紧张。正在为难之际，却不知矛盾是怎样转缓的，有一批弹药又运抵秦皇岛，总算接上了东北、华北地区美械装备部队的供应。这说明蒋介石集团虽不断扩军备战，准备大打内战，但都是靠美国支持过日子的。

代替陆军总部的是新成立的国防部，继续执行发动内战战略纲领的是参谋总长陈诚。