嘉靖二年（1523年），丘养浩于龙绪山南麓建忠烈祠，祀奉死难于宁王
朱宸濠叛乱的大臣
孙燧，浙江提学副使黄芳书为此撰《灵绪山忠烈祠碑记》。
嘉靖三年（1524年），擢升为
监察御史。曾上疏弹劾近侍陈钦，贬谪
永平府推官。未赴行，因查明情况而被赐还原职。七月，因“
大礼议事件”，
明世宗大兴
诏狱，众多议礼官员被扔进大牢。这时，丘养浩也以御史身份参与案件审理，恰遇“永嘉张公来视台事”。这永嘉张公即当时依靠大礼议之争上位的阁相
张璁，他是当朝大红人，“巧者皆曲意媚之，以求进用”。丘养浩却毫无媚附之态。甚至张璁暗示地对他说：“得君与我阅稿狱事，济矣！”丘养浩也只是不卑不亢地说了声“逊谢不能”。这么一来惹毛了张璁，从此对丘养浩心生芥蒂。明朝中期，朝廷对于边疆守卫将领体恤不够，经常克扣军饷，加之高级军官的层层剥削，导致下层官兵积怨已久。八月，素有“北方门户”之称的
大同发生兵变。这次兵变，
大同巡抚张文锦被杀，
宗室王亲受扰，边防危殆。
大同兵变后，丘养浩冷静地分析了边防局势，上疏“条陈防边十余事”“朝论韪然”。虽然朝廷很认可他对于巩固边防的建议，但却并未真正履行。
嘉靖六年（1527年），丘养浩再次提出中肯的“督办火器”方案，这次得到了落实。丘养浩为“蓟辽边务”进谏称：“中国长技，惟火器可以及远。今各关营
铳炮甚少，而火药率三岁一给，缓急无济。宜出
罚锾多铸火器，分给三路关堡；其火器除岁给外，仍以关税委官督办。”明世宗听后，“许之”。不久，
丁内艰而去职。
除服之后，正好南畿
督学宪臣的位子空缺，而丘养浩又“故有文名”，所以朝廷便令其提督南畿学校。当时的“南畿”由留都应天府及13府4州构成，大致包括今江苏、安徽两省和上海市。原本就有意致力于儒学的丘养浩，对于担任南畿督学也十分满意，他上任后“谨条教、考艺文，专意于作人兴学”，加强南畿的学风建设。不过，好景不长。没多久，丘养浩再因
丁外艰而归。
嘉靖十三年（1534年），
太庙突遭火灾，面临重建。明世宗抓住机会，拟以“都宫之制”兴建太庙，将太庙一分为九，改
合祀制度为分祭，并建献皇帝庙。嘉靖十四年（1535），这个重担最终落到了丘养浩的肩上。明世宗给的旨意是“营立九庙，务极曼硕，以称严祀”，九庙建得不够奢华端庄，固然会得罪以皇帝为首的“改制派”。但如果过分气派，靡费巨资，同样会被国中宿耆老臣戳脊梁骨的。果然，九庙建成后，国库空虚，朝野非议极多。不过，丘养浩在工程期间奉公办事、洁身自好。工程结束后，他因功还被擢为南京
大理寺少卿。
嘉靖二十三年（1544年），擢升右
佥都御史，
巡抚四川。当时四川之境，地旷山险，控扼
西番，散居山谷的“番夷”部落众多。丘养浩巡抚四川后，通过檄告的方式降服杂谷、白草等部落，并令地方卫所出兵剿灭了为非作歹的
乌蒙、罗魁等部，使得四川境内一片晏清。丘养浩与四川官员共审狱案时，一旦发现案有猫腻，便会追究其责任人，一点情面不留。不多久，丘养浩又弹劾“边将李爵险谲”，用“废将
何卿起代”。也正因为丘养浩太过铁面无私，地方贪官为求自保，勾结起来制造各种流言试图以此毁掉丘养浩。丘养浩移任巡抚
江西。可尚未出发去江西，又有人状告丘养浩与何卿有私下交易，所以才会起用何卿。丘养浩为避嫌，于八月返回
都察院。后被打入
诏狱。不过，朝廷在调查之后，还其清白，并欲令其重新巡抚江西。但经此折腾，丘养浩已心灰意冷，遂返乡，后卒于家。
王慎中：为文不规规古法，才驰气驾，姿态俊发，有以逾人。晚善为诗，歌藻泽腴，声韵平妥，篇出皆可咏也。其最长在奏对移驳之文，指画利病，摘抉情伪，元本法令，缘饬以典训，使躬受者警服侧聆者省畏。
俞大猷：壮图摧于厄运，长才屈于短日。才志未遂而身先死，国患未殄而天不慭遗。猷独为翁恨恨者此也！感时永怀，痛心自忖。施重山岳，义足灰没。今天下名公，尚有忧国奉公如翁者？俾猷得藉晨风，振劲翮，效锥刀之用，立毛发之功，以副翁爱国一念，知猷平生者耶。
丘养浩墓位于
浮桥街道金浦社区的
眠牛山上，1940年曾遭盗挖，泉州城内古有为其而立的牌坊。