专款专用是专用基金管理的一项原则。企业自身所形成的或主管部门拨入具有专门用途的资金，如企业留利基金，更新改造基金、大修理基金、福利基金、统筹退休基金都要按照专款专用的原则使用。专款专用的原则是：(1)要在银行专户储存，先存后用，并接受银行的监督。(2)要明确划分各种专用基金的使用范围和与业务经营资金的界限，不得相互挪用。(3) 专用基金工程所需要的专用材料、物资应单独储备，分别核算。(4) 专用基金的各种应收应付要分别记帐，及时结算。

按管理状况划分，专用资金大致可以：

1、收入和支出都包括在预算之内的资金。例如中国中央预算中属于基金性质的基本建设基金和列收列支的改烧油为烧煤专项资金。

2、享有法律自主权的专用基金。立法机关通过专门法令建立这些基金，并规定其数额。这部分收支独立于财政体系的其他环节。例如美国的社会保障基金，虽不包括在国会预算提案中，但仍是联邦财政收支项目，其数额反映在预算内外合并的联邦财政收支总额中，并且按规定，大部分基金结余补用于公共债券投资。

3、自主性较大的专用资金。一般由各主管部门掌握，用于指定的目的。例如中国的预算外资金，它们根据法律、法规的规定，或者按照国务院规定的程序设立、收取、提留和安排使用，实质上已不受立法机关的监督。专用资金按期限的不同还可分为临时的（在一定期限内有效）和固定的；按其隶属关系分为国家级的和地方的；根据使用的目的分为生产性的和非生产性的。专用资金的管理方式不完全相同，根据各项专用资金性质的不同，分别按预算内、预算外和其他专门规定的办法实施管理。

专款专用原则，是指对指定用途的资金，应按规定的用途使用，并单独反映。这条原则是事业单位会计特有的一条准则，它只存在于事业单位会计，包括医院。在资金投入主体较多，投入项目较多的医院，必须按资金取得时规定的不同用途使用资金，专款专用并专设账户；会计报表应单独反映其取得、使用情况，从而保证专用资金的使用效果。在事业单位，出资者对其所提供的资金不要求取得资本收益和资本回收，但有着按预定用途使用的要求。所以事业单位的专用基金、投资基金都必须按规定的用途使用。对于事业基金也应按规定使用范围使用，不得移作他用，特别不得用于生产经营和对外投资。实行专款专用的原则，有利于保证事业单位的事业活动的顺利开展。

专款专用的督查。各级各部门要对各项财政专项资金的使用、管理情况定期进行全面清理检查，特别要对农村能源沼气、农业科技推广、农业产业化、天然林保护和退耕还林等各类支农扶贫资金、教育和科技专项资金、农村基层派出所工作经费保障专项补助、农村散居五保户专项补助、成都市人才开发专项资金、“小金库”等进行重点清查。在进行重点清查时，主要检查项目资金是否及时全额到位；资金使用是否符合管理办法；是否有擅自扩大使用范围、改变补助标准的情况；是否有弄虚作假、截留、挤占、挪用情况；是否按规定实行招投标制、公示制、政府采购制；保障凭证、票据等是否真实有效；财务处理是否规范；财经制度是否健全；是否有设置“账外账”和“小金库”的情况，是否有以个人名义私存公款的情况；单位所有银行账户及其资金，是否由单位财务部门统一管理和核算，是否有单位内设机构开设和管理银行账户的情况。