元亲继承家督后,向
宇喜多氏展开复仇,率领约2万士兵攻进备前国,但却被仅有5千士兵的宇喜多军所大败(明禅寺之战)。此役让在备中享有威名的三村氏出现衰退,在毛利氏的援助下,元亲总算止住颓势。
之后,天正2年(1574年),因为毛利氏和有不共戴天之仇的宇喜多直家结盟,元亲不顾叔父三村亲成、竹井氏等一部分重臣的反对,决心勾结
织田信长,反叛毛利氏。此外,也在同年支援受到宇喜多直家叛乱之苦的
浦上宗景。
相对于认为这是毛利家中大事而进言讨伐三村氏的
小早川隆景,
吉川元春(本身也反对毛利氏和宇喜多氏结盟)进言应直接和元亲见面,劝说他回心转意以避免用兵。可是,负责山阴道的元春进言不被接受,而采用负责山阳道的隆景意见(备中国在山阳道)。
毛利军难以攻下在元亲手中要塞化的本城
备中松山城,于是采取先将周围支城依序攻下的作战方式。在支城纷纷陷落后,毛利军包围备中松山城进行持久战。在寡不敌众的情形下,城池终于沦陷。元亲听从家臣意见,和妻子 、家臣一起逃出,但在途中受了重伤,于是派出使者向毛利军提出切腹的请求。元亲在毛利家中旧识粟屋元方的照看下,留下辞世诗数首在松连寺切腹自杀。以下是其中一首:
元亲是个精通诗歌等雅致学问的文化人,和
细川藤孝也有深交。据说在元亲困守备中松山城时,藤孝曾送去《八云集》;元亲自杀之际,也赠与藤孝一首诗歌。之后,元亲之子胜法师丸被捕,虽然恳求饶命,但小早川隆景担心他的聪明伶俐会在将来造成危害,还是将其杀害。至此,战国大名三村氏的血脉完全断绝,元亲的叔父亲成等旁支以他国家臣的身分延续下去。