1646年是一个平年，是农历丙戌年，是狗年。年号：南明隆武二年，清朝顺治三年。

2月，湖北郧阳南明将领王斌率三千余人响应大顺农民军起事抗清。他们以房县为据点，树明帅大字黄旗于老寨顶上，并设立中军旗鼓千把等官，占据了远近各寨。王斌还遣子与李过联络。三月初一日，清郧襄总兵官王光恩调集重兵攻破王斌的大本营，擒杀王斌及三百六十余名抗清兵士。

3月17日，清廷批准了吏部右侍郎金之俊的奏请，决定变通明朝进士授官制，使得“政体人情，俱得其平”。其具体措施如下：新过士除一甲外，二甲前五十名选部属，后二十名选评博中行；三甲前十名选评博中行，十一名至二十名选知州，二十一名至七十名选推官，其余尽数选为知县。

4月30日，清廷举行开国后第一次殿试，傅以渐被取为首科状元。

5月5日，查尔斯一世在纽瓦德向苏格兰军投降，第一次内战结束。

5月17日，清廷以“将谋不轨”的罪名处死了降清的潞王朱常淓及被俘的弘光帝。

6月11日，吏科给事中林起龙上《请速禁异端讹言疏》。

10月，南明隆武政权东大将军周鹤芝遣使到日本乞师，以抵抗清军。10月14日，南明两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜等拥立明神宗之孙、桂王朱由榔监国于肇庆，以明年为永历元年。

10月20日，清廷制定了皇帝行幸迎送礼仪：凡皇帝经过地方，文官知县以上、武官游击以上，于本境道右百步外跪迎送；地方官百里内者来朝，百里外者免。

11月，农民军领袖谢迁在山东淄川一带发动反清起义。

11月15日，执掌隆武王朝军国大权的郑芝龙至福州，与清军统帅、贝勒博洛折箭为誓，剃发投降。

11月18日，桂王朱由榔正式继位于肇庆，是为永历王朝。

朱谊石联合义军抗清

隆武二年（1646）正月十二日夜，江宁（今南京）城内百姓与城外义军里应外合，突然围攻江宁，清军急忙调兵镇压，为首者三十余人被杀。十八日，明潞安王朱谊石、瑞昌王朱谊泐又与义军联合，聚众二万人分三路进攻江宁，由于清军早有准备，这支抗清队伍很快失败。

朱大典阖门自焚

朱大典，号未孩，浙江金华人，明神宗万历时期的进士，曾任户部侍郎。南明鲁王监国时，被封为大学士。隆武二年（1646）五月，清贝勒博洛和浙江总督张存仁率兵渡过钱塘江，连陷绍兴、温州、台州等地，进围金华。朱大典率领全城军民奋起反抗，固守月余，清军未能越雷池一步。不久，清军调来红衣大炮，轰开城池，朱大典全家纵火焚死，无一降者。

出生

6月21日，戈特弗里德·威廉·莱布尼茨（Gottfried Wilhelm Leibniz，1646年－1716年），德国哲学家、数学家。涉及的领域及法学、力学、光学、语言学等40多个范畴，被誉为十七世纪的亚里士多德。和牛顿先后独立发明了微积分。

8月19日，弗拉姆斯提德（Flamsteed, John）生于德比郡登拜，英国天文学家。1719年12月31日卒于伦敦附近的格林威治。

逝世

黄道周

黄道周（1585－1646）福建漳州人。明代学者、书画家。书法宗魏晋，真、草、隶自成一家。画山水、人物及长松、怪石，亦格调豪迈。

王思任

王思任（1576－1646）山阴（今浙江绍兴）人。万历二十三年（一五九五）进士，官至礼部右侍郎。其诗歌、书法，与董其昌、陈继儒相伯仲。山水淡远空润，林木森秀。其钩皴山石，格高韵逸，能以少许胜人多许。间仿米家数点，倪瓒一抹，饶有雅致。甲申后，与刘宗周、祁彪佳先后绝粒死。卒年七十一。著有《游唤》（游记）等，合编为《王季重十种》。

阮大铖

阮大铖在浙江降清，从攻仙霞岭时死，一说为清军所杀（约1587－1646）。大铖字集之，号圆海，怀宁（今属安徽）人。著有传奇《燕子笺》、《春灯谜》等。

冯梦龙

冯梦龙（1574－1646）。梦龙字犹龙，号墨憨斋主人，长洲（今苏州）人。编有《喻世明言》、《警世通言》、《醒世恒言》及民歌集《桂枝儿》、《山歌》等。

细川忠兴

1月18日，细川忠兴逝世，1563年11月28日出生，是日本安土桃山时代及江户时代的武将；他是小仓藩的藩祖，细川藤孝的嫡子，曾经是细川辉经的养子。