正德十一年(1516),
乡试考中第二名,仅次于
张怀。辞官居家的原
太子太傅、
兵部尚书兼
东阁大学士谢迁喜作《赠张解元怀龚亚魁辉》诗一首:“北海南山两俊才,秋闱高捷诧联魁。久知当代奎星聚,又喜吾乡泰运回。周道并驰千里骏,禹门齐上一声雷。林泉白发怜衰朽,翘首青云往后来。”
嘉靖六年(1527),任工部
营缮司主事。为营造仁寿宫及改建
先蚕坛,奉命赴四川督办大型木材,得巨木五千余株。工部下令再加倍采伐,致使当地官民陷入困境,一时群情激奋。龚辉不顾个人安危,绘制《山川险恶》《跋涉艰危》《采运困顿》《饥饿流离》等十五幅图画,详附解说,向朝廷报告巨木采运艰险,民生困厄,并呈《苏民困以弭天变疏》请停免采办,获
明世宗允准。四川百姓如脱离火山苦海,感念龚辉恩德,为他立生祠与
诸葛亮并祀。历任福建
按察副使。因父亲去世,
丁忧守制。
嘉靖十六年(1537)九月,服阙,以按察副使身份,提督陕西学校,历任陕西右
参政。在陕西期间,他发掘人才,探讨学问,导正
关中士习,还核实户籍,整理赋役黄册,编著《全陕政要》一书,将“山川形势、关隘汛地、道里远近”绘列其中,详细记录军民利病和抵御外敌入侵的制胜之道。
嘉靖二十二年(1543),升任广西
按察使。历任广西右
布政使。与广东左布政使
朱纨将封川县一带“勾连党与,僭号称王,啸聚一方,流害诸邑”的土匪迅速荡平。
嘉靖二十六年(1547),升任
湖广左布政使,不久,擢升
都察院右
副都御史,提督
南赣军务。刚上任,闻福建
同安县匪患猖獗,督令部属在邻县官兵协力夹攻下,极速剿灭强匪,并同福建
巡按御史金城联名向朝廷上疏议处后续四事宜。龚辉施行“十家保甲法”,暗令漳南、岭北等官府分兵布阵,互为犄角,在关卡要道设伏兵防寇逃逸,亲自督率精锐之师三路并进。同时四处张榜,晓谕贼寇“相捕自赎”,使彼此离心散群,而后出其不意,各个击破,一举平定匪患。朝廷下诏奖赏,三省百姓相率立“报功祠”祀龚辉。
嘉靖二十七年(1548),升任
漕运总督兼
凤阳巡抚。在任期间,龚辉处置
淮安、
赣榆、
沭阳及海邳等州县的连年灾害。“时河流忽东南注淮,城市岌岌,众议上闻”,龚辉挺身而出,说百姓“危在旦夕,而循故事待报……非任事之体”,当机立断下令浚筑,命将装载石渣的破船沉入决堤处,再以石块压船,修建起数丈宽的新大堤。百姓谢恩立碑,以纪龚辉功德。在治河过程中,龚辉切身体会百姓水患之苦,推行“去债帅、节浮费、疏泉源、均劳逸”等措施,凡有利地方民生的事,想方设法推动落实,并以灾频民困易酿变乱为由,上报朝廷蠲免灾民积欠官府钱粮,建议选委廉干官员安抚。
嘉靖二十九年(1550)四月,升任
大理寺卿。六月,升任
工部右侍郎。九月,转任左侍郎。十月
考满,获
封荫。奉旨督修
太仓、修筑九门濠堑及战车兵仗,他坚持费省功倍,受到时人称赞。因遭弹劾,转任南京工部左侍郎,乞休
致仕。
隆庆元年(1567),
明穆宗下诏,赠龚辉
都察院右都御史,称他“性资纯厚,才识通明”,“督木万里,尝绘图以献民艰;董学三秦,能敷教以新士类。历阶藩臬,晋副都台。开府赣南,巨寇奏荡平之绩;总漕淮右,国储藉干济之功”