嘉靖四十一年（1562年），黑云龙父亲黑春在与蒙古土蛮部（一说女真
毛怜卫，一说女真
王杲部）的战斗中牺牲，明廷予以祭葬并加升黑云龙为都指挥使。嘉靖末为山西
老营堡游击，隆庆元年（1567年）升为
山西北楼口参将。
隆庆五年（1571年）冬和隆庆六年（1572年）春，明军先后在辽东的卓山和清河堡击溃入侵的蒙古部落，作为“原任参将”的黑云龙在两次战役中均立功，朝廷录其军功。后出任
宁远参将，万历三年（1575年）革职回卫。
万历十三年（1585年）十一月调任锦义参将，万历十六年（1588年）调离。此后其活动无考。万历三十二年（1604年）立于
广宁城西12里的《重修清安寺阁堂记》碑中出现了黑云龙的名字，推测他到此时还在世。