崇祯元年(1628年)正月，颜继祖曾上疏论述工部冗员及三殿叙功的浮滥，由此裁去加秩和寄俸200余人，为国家节省一笔库财。他又上疏揭发李鲁生、
霍维华原是魏党成员，伪装清白，妄图在清理魏党中蒙混过关。经过多人相继弹劾，李鲁生被撤职，
霍维华被停职查办。
同年，颜继祖还为大学士
刘鸿训被魏党余孽反诬而申辩。
刘鸿训曾出使朝鲜，乘海船归国，沿途收容难民，超载船沉。鸿训漂泊3日夜，只身生还。天启六年(1626年)冬因反对
魏忠贤，被削职为民；到崇祯元年(1628年)魏党倒台时起用为礼部尚书兼
东阁大学士。上任后即揭发魏党李维垣、李恒发等11人，人心大快。但魏党余孽、御史袁弘勋串同锦衣卫张道濬，反诬
刘鸿训早先出使朝鲜时贪污渎职，“满载貂参而归。”
刘鸿训一时处于劣势，幸得继祖仗义执言，指斥袁弘勋混淆是非、张道濬越权乱政，都要严办。崇祯帝遂将袁弘勋撤职查办，提升继祖为工科右
给事中。
崇祯三年(1630年)，颜继祖奉命巡视京城十六门濠堑，上疏列陈八事，弹劾监督主事方应明旷职误事，方应明受到廷杖责罚。对于外城低薄，廷议要加高厚，继祖指出财政支绌难办，便停止实施。继祖升任吏科都给事中，又上疏陈述当时政事十大弊端，供朝廷作施政参考。后因丁忧，卸职归里服丧。
崇祯八年(1635年)颜继祖居丧服满，起复原职。又上疏建言：六部政事，掌握在尚书手里；六部各司的职务，掌握在正郎手里；侍郎、副郎、主事只有例行公事的份儿，没有发言余地。这样，无论国家大政、一般政务都只有少数人主张，一般官员都无发言权，政治哪能不坏？再如
督抚大员获罪的很多，主要由于督抚的任命都由“会推”而定。而“会推”时仅以六科主管人为主，卿贰(卿府副官)、台臣等重要官员却很少出席；
九卿、台谏只派人传达意见，大家只知附和或表示同意，而无提出异议的。这样就失去“会推”的意义。崇祯帝表示赞同。不久即擢升继祖任太常少卿，并以
右佥都御史巡抚山东。继祖极力加强青州、济南一带的防务，并弹劾前任巡抚李懋芳侵吞军饷2万多两，得旨嘉奖。
崇祯十一年(1638年)，清兵南下，京畿戒严，局势严峻。颜继祖奉
兵部尚书杨嗣昌之命，移驻
德州(在山东西北部，邻接河北省)。他带领一标人马仅3000名，在50天内被调防3次，兵疲马乏，最后才令其专防
德州，原防地济南由此空虚。继祖鉴于前沿兵力少、战线长，数次请求增援，而刘泽清、倪宠诸将都逗留不进。崇祯十二年(1639年)正月，清兵攻克济南，德王
朱由枢被俘。继祖兵少力弱，无法兼顾济南。朝臣交章抨击，继祖归咎嗣昌指挥错误，自请撤职归乡，奉养父母。崇祯帝
朱由检不许，将继祖逮捕入狱，最后斩首示众。
朱由检在位17年，执法极严，总督、巡抚因战事偶然失利而被戮杀的共有13名，将士毫无信心，战局日益败坏，终致明廷覆亡。
颜继祖，
漳州人。万历四十七年进士。历工科
给事中。崇祯元年正月，论
工部冗员及三殿叙功之滥，汰去加秩寄俸二百余人。又极论魏党李鲁生、
霍维华罪状。又有御史袁弘勋者，劾大学士
刘鸿训，锦衣张道浚佐之。继祖言二人朋邪乱政，非重创，祸无极。帝皆纳其言。
迁工科右给事中。三年，巡视京城十六门濠堑，疏列八事，劾监督主事方应明旷职。帝杖斥应明。外城庳薄，议加高厚，继祖言时绌难举赢而止。再迁吏科
都给事中，疏陈时事十大弊。忧归。
八年起故官，上言：“六部之政筦于尚书，诸司之务握之正郎，而侍郎及副郎、主事止陪列画题，政事安得不废？督抚诸臣获罪者接踵，初皆由会推。然会推但六科掌篆者为主，
卿贰、台臣罕至。且九卿、台谏止选郎传语，有唯诺，无翻异，何名会推？”乘兵破贼金筑，复督酉阳宣抚冉御龙败贼于官坝。孔英至军，平茶、邑梅兵亦集，军容甚壮。先师期一日入真州，用土官郑葵、路麟为乡道，别遣边兵千扼明月关。诸军鼓行前，连破四寨，次赤崖，抵清水坪、封宁关，破贼营十数，逼桑木关，关内民降者日千计。折枝结三大砦处之，禁杀掠，降者日众，贼益孤。关为贼要害，山险箐深，贼凭高拒。乃令千乘、御龙出关左右，国柱捣其中。贼用标枪药矢，锐甚。官军殊死战，夺其关，逐北至风坎关，贼复大败。连破九杵、黑水诸关，苦竹、羊崖、铜鼓诸寨。国柱攻金子坝，无一人，疑有伏，焚空砦十九，严兵以待，贼果突出，击败之。帝称善。
寻擢太常少卿，以
右佥都御史巡抚山东。分兵扼境上，河南贼不敢窥青、济。劾故抚李懋芳侵军饷二万有奇，被旨嘉奖。十一年，畿辅戒严，命继祖移驻
德州。时标下卒仅三千，而奉
本兵杨嗣昌令，五旬三更调。后令专防
德州，济南由此空虚。继祖屡请敕诸将刘泽清、倪宠等赴援，皆逗遛不进。明年正月，大清兵克济南，执德王。继祖一人不能兼顾，
言官交章劾继祖，继祖咎嗣昌，且曰：“臣兵少力弱，不敢居守德之功，不敢不分失济之罪。请以爵禄还朝廷，以骸骨还父母。”帝不从，逮下狱，
弃市。