当时黔南战乱起，朝廷以10万帑金犒军，命王应豸前往颁发。命王应豸到黔南，边犒军，边向当地军事长官传授计策，战乱很快平复。归京后升为郎中，到永平管理粮饷。后王应豸因功再升担任关内副使。任内，他上疏弹劾贪官巢丕昌，率众深挖护城河，环山开凿一条几十里长的沟渠，边关面貌遂改观。魏忠贤死党刘应坤到边关犒赏后，率边关文武大臣面向魏忠贤所在的西南方向口呼“九千岁”并叩头谢恩。王应豸厉声斥责，并拂袖而去。
魏忠贤闻报大怒，暗中罗织罪名欲置王应豸于死地。1628年崇祯改元，王应豸被任命为蓟门巡抚。他根据蓟门地理条件和当时的军事形势，建议朝廷改安营遵化为安营喜峰，并增兵万余驻防龙井、大安、马兰等军事重地，被
崇祯帝采纳。关外之敌闻之各要塞兵精将强，戒备森严，数年不敢来犯，蓟门百姓遂安居乐业。崇祯五年（1632年），王应豸被诬陷杀害。
《明史》记载，王应豸因谄魏忠贤，仅三年就骤至巡抚，加右都御史。而
毛佩琦等历史学家认为，王应豸是反对魏忠贤的，且他是被诬陷而死的。