鞭毛蛋白是构成细菌的鞭毛纤维的粒状蛋白质。其分子量可因菌种而异，肠细菌群的是5-6万，而
芽孢杆菌属据报道为3万左右。这种蛋白质的氨基酸组成也因菌种而异，但都含有多量的天冬氨酸、苏氨酸、谷氨酸，而不含
半胱氨酸和色氨酸。
组成
细菌鞭毛亚单位的
蛋白质单位。分子量约40 000。中性pH值可发生
亚单位的自发重聚合。在
溴化氰处理下，可产生A(分子量18 000)，B(分子量12 000)，C(分子量5500)和D(分子量18 000)4个片段，片段A含有鞭毛蛋白质及聚合颗粒中的所有
抗原决定簇。
在
沙门氏菌的一些种中，鞭毛蛋白所含赖氨酸，约有半数在ε位被甲基化。鞭毛纤维是通过鞭毛蛋白分子卷成圆筒状聚合而成。聚合反应是通过疏水键进行的，此时
分子的形态发生了变化。而且由于形态发生改变的分子只在分子的一端与另一分子形成键，所以纤维只朝一个方向延长。用强酸处理或在60℃左右加热，鞭毛纤维即解离成鞭毛蛋白。把解离的分子放在适当离子强度的盐溶液中，使成过饱和状态时，则鞭毛蛋白会自动聚合而能再组成鞭毛纤维。鞭毛纤维成特殊的螺旋形，是由鞭毛蛋白的立体结构及其排列方式所决定的。通过诱变使鞭毛蛋白的氨基酸组成发生改变，可以得到同螺旋型鞭毛的细菌。
1. 化学趋向性运动，有助于细菌向营养物质处前进，而逃离有害物质.
2. 与细菌致病性相关
3. 可用以细菌的鉴定和分类
在某些菌体上附有细长并呈波状弯曲的丝状物，少则1-2根，多则可达数百根。这些丝状物称为鞭毛，是细菌的运动
器官。
从一些
原核细胞和
真核细胞表面伸出的、能运动的突起。鞭毛较长，数目少；纤毛与鞭毛有相同的结构，但较短，数目多。细菌的鞭毛则有完全不同的结构。
鞭毛一般长约150微米，
纤毛5～10微米，两者直径相近，为0.15～0.3微米。大多数动物和植物的精子都有鞭毛。精子及许多原生动物都以鞭毛或纤毛为运动器。
纤毛和鞭毛由3个主要部分组成：中央轴纤丝、围绕它的质膜和一些细胞质。轴纤丝从纤毛或鞭毛底部的基粒直达顶端，为一束直径约220～240埃的微管，在基粒底部，则集聚成圆锥形束，深入到细胞质中。
基粒的结构像中心粒一样是9+0型，但它的9组微管是
三联体。纤毛或鞭毛
二联体中的微管，就是从基粒三联体中两根微管延伸出来的。
鞭毛和纤毛的运动是由于它们局部弯曲，从基部向顶端波浪式地推进的结果。由于微管二联体的长度不变，推测这种局部弯曲是由于相邻的两根微管二联体沿长轴滑动引起的。局部滑动所需的能量是由ATP周期性水解提供的。
细菌鞭毛的结构和化学成分都与
真核细胞的鞭毛完全不同，不存在9+2的微管型式，而是由2～5条，宽约40～50埃的微丝组成，其蛋白质成分是鞭毛蛋白。除螺旋体外，其他细菌的鞭毛都没有质膜包被。虽然它们的基底也深入到原生质内的颗粒中，但这种颗粒与基粒毫无相似之处。细菌鞭毛运动的能源不是ATP，据认为是来源于细胞膜的电子传递系统产生的一种
电化学梯度。
细菌有三种运动方式：在液体中泳动，在固体表面上滑行，在液体中旋转梭动。细菌依靠鞭毛泳动。鞭毛是从细胞膜上一个基点生出的穿过细胞壁和粘液层的细长丝状物，其长度可以是菌体长度的几倍。大多数球菌无鞭毛，有些杆菌生有鞭毛，螺旋菌都生有鞭毛。由于鞭毛很细，只有用特殊的染色法，才能用
光学显微镜观察到。