1864年（清同治三年）新疆各族人民发动的大规模反清叛乱遍及天山南北，但各支反清势力的领导权皆为
阿訇、
和卓、
伯克和
清朝地方官吏等上层分子所掌握，他们为争夺领导权，互相攻杀，形成若干地方割据势力（见新疆各族人民起义）。占据南疆喀什噶尔城（今
喀什）的
柯尔克孜族思的克伯克向中亚伊斯兰教汗国浩罕乞师求援，迎请
大小和卓之后、张格尔之子布素鲁克汗返回新疆。1865年春，浩罕军事头目
阿古柏随布素鲁克汗进入南疆。
阿古柏本为浩罕的军官，初为浩罕国王呼达雅尔汗的“穆合热本”（近卫），后升至阿克美奇特（白清真寺）要塞指挥官。1853年，阿古柏于阿克美奇特防御俄国入侵战役失败后，参与了推翻浩罕国的阴谋活动。由于曾被阿古柏反对的呼达雅尔汗不久又取得王位，因此，当思的克（又称司迪克）伯克来浩罕求援时，给怀有政治野心的阿古柏以躲避呼达雅尔汗打击报复和入侵新疆的有利时机。
阿古柏进入南疆不久，便驱逐布素鲁克汗，并对其他各支反清势力展开攻势，先后攻占喀什噶尔、阿克苏、叶尔羌（今莎车）、库车等地。1867年建立“
哲德沙尔”（七城之意）政权，自立为汗。1870年攻占乌鲁木齐，旋据有天山南路和天山北路部分地区。其政权对新疆各族人民实行野蛮掠夺和残暴统治。
英国为了从印度向新疆地区扩张势力并抵制俄国势力的南侵，竭力控制阿力进行勾结。古柏政权。1868年﹐派罗伯特·沙敖到喀什噶尔，与阿古柏建立直接联系﹔通过土耳其帝国在伊斯兰教国家的宗教与政治影响，使土耳其苏丹封阿古柏为艾米尔（统治者），并给予武器装备方面的援助。1873年，英国又派出费赛斯使团带给阿古柏一封英国女王的亲笔信和大批武器。次年，双方签订《英国与喀什噶尔条约》。通过条约，英国取得在新疆自由进出、商品自由流通及派驻领事享有治外法权等侵略权益。
与此同时，俄国为抵制英国扩张势力，也密切注视着阿古柏入侵新疆的事态发展。1868年，派出名叫克卢道夫的商人到喀什噶尔活动，同年，阿古柏也派人去塔什干和彼得堡同俄国政府进行勾结。1871年，俄国悍然出兵侵占伊犁。第二年便派出以考尔巴斯为首的使团来喀什噶尔，同阿古柏签订了《俄国和喀什葛尔条约》阿古柏取得了俄国政府对其政权的承认与支持﹔俄国在阿古柏占领下的中国新疆地区攫得大量侵略权益。
阿古柏的军队总兵力多达5万人，其中骑兵约占三分之一。步兵的武器是火枪，骑兵则使用火枪和腰刀。除了火绳枪这种当时已经过时的古老火器之外，阿古柏军队从
英属印度和
奥斯曼帝国获得了1万多支恩菲尔德M1853前装线膛枪和斯奈得－恩菲尔德M1866后装线膛枪。前者在当时虽然稍显落伍，但这种口径0.577英寸的线膛枪曾是当时英军的制式步枪，它的性能可靠，射击精度高，堪称前装线膛枪的完美谢幕；后者则是从前者改造而来，是当时的一流武器。
尽管拥有优良的武器装备，
安集延（即浩罕）人在清代也一直有善战之名，连清政府都一度认为阿古柏是“气吞天南之概”的强敌，但此时阿古柏的军队其实只是一只“纸老虎”。一方面，浩罕人在阿古柏的军队里享有特权：军队的15个最高级军官“爱米尔”中，竟有14个人来自浩罕；另一方面，穿着褴褛衣衫和破烂鞋子、被强征来的士兵们则士气低落，逃亡现象时有发生。库罗巴特金就曾一针见血地指出：“从阿古柏军队的士气看，它不适于打硬仗。”
阿古柏作为一个中亚国家的入侵者，肆意出卖中国新疆地区的主权和利益，以换取英俄两国对他的支持，妄图使新疆各族人民从统一多民族国家分裂出去，因而引起中国各族人民的强烈反对。1875年（光绪元年），清政府采纳
左宗棠的建议，派军进入新疆。左宗棠采取“先北后南，缓进速战”的进军方针，于1876年收复天山北路，1877年进入南疆。阿古柏在节节失败、众叛亲离情况下于库尔勒服毒自杀（另说被毒杀或并亡），其汗国发生内讧。清军以摧枯拉朽之势继续作战，将其子、继承汗位的伯克胡里逐出中国，新疆地区除伊犁仍被俄国侵占外，天山南﹑北两路全部收复。