阿古柏（约1820-1877年），原名穆罕默德·亚库普（Mohammad Yaqub Beg），是当时中亚浩罕国境内“哲德沙尔”汗国创立者。

阿古柏是中亚浩罕国人，他的父亲是霍占的居民，以给病人念经为生，职业类似于巫医。阿古柏出生后不久父母便离婚了，母亲带着他改嫁给普什肯特村的一个屠夫，不久他母亲就去世了。阿古柏从小就成了街上的舞师，后被一个浩罕西帕伊（骑兵）看重带到浩罕城。此后阿古柏成了一个比较有名气的舞师，连续换了好几个主人后，被一个叫卡什卡的侍从看重。卡什卡在收留阿古柏后得到了重用，但不久后病死，阿古柏只能继续流落街头。

成年后的阿古柏投靠了当时塔什干的贵族阿奇木纳尔·穆罕默德·库什伯克，并凭借自己相貌和舞蹈来取悦讨好他的主人。不料这位贵族看上并娶了阿古柏的妹妹，阿古柏从此之后开始得到重用，一路青云直上，先是被任命为浩罕国王呼达雅尔汗的“穆合热本”(近卫)，后升至阿克美奇特(日清真寺)要塞指挥官。1853年，阿古柏在阿克美奇特防御俄国入侵战役失败后，参与了推翻浩罕国的阴谋活动。不久，曾被阿古柏反对的呼达雅尔汗取得王位，阿古柏很害怕遭到呼达雅尔汗打击报复。1863年他被派往奇姆肯特地区与俄军交战，名气也随之传播出去。

侵占喀什噶尔

1864年(清同治三年)，新疆各族人民发动的大规模反清运动遍及天山南北，但各支反清势力的领导权皆为阿訇、和卓、伯克和清朝地方官吏等上层分子所掌握，他们为争夺领导权，互相攻杀，形成库车、和阗、喀什、吐鲁番等等若干地方割据势力。与清兵互相攻伐，局势混乱。1864年8月，柯尔克孜族人思的克夺取喀什噶尔的回城疏附，又进攻汉城疏勒，因久攻不下后派金相印赴浩罕求援，迎请大小和卓之后、张格尔之子布素鲁克汗返回新疆。这正好给怀有政治野心的阿古柏提供了躲避打击报复和入侵新疆的机会。

1865年春，浩罕国首领阿里姆·库里随即派遣藏身在浩罕国的布素鲁克和阿古柏一同入侵喀什噶尔地区，并将布素鲁克封为喀什噶尔汗，但实权由阿古柏掌握。阿古柏开始在浩罕国搜罗亡命之徒作为自己的亲信一同入侵新疆，侵占了喀什噶尔后便驱逐了思的克。

1867年2月，阿古柏又镇压了叶尔羌、和田人民的反抗，并占领了这些地方。然后他取代布素鲁克，自封为毕条勒可汗（意为幸福之主），建立了“哲德沙尔”汗国。

阿古柏在稳定了自己汗国西面和南面的安全后，就开始准备对付东边和北边的东干国家，这些国家虽然不相连却结成联盟。1867年，阿古柏兵分两路向阿克苏进发，东干人陷入了一片混乱。阿古柏的军队势如破竹，很快入侵了库车。当地的军队在慌乱过后开始组织抵抗，并与吐蕃人结盟，组成了坚强的阵容。论兵力数量来说，东干人占优势，但按作战经验和战斗力来说，阿古柏军更胜一筹。双方对峙了几个星期后，阿古柏的军队发起了总攻并最终取得了胜利，瓦解了东干人联盟。阿古柏的统治疆域也开始扩展到库车地区。1867年夏，阿古柏占领了阿克苏、拜城、库车等地。

1870年，阿古柏又强占了吐鲁番和乌鲁木齐等地，至此新疆大多数地区落入他手。阿古柏的部下阿奇条勒可汗为他搜刮钱财，还大兴土木建造奢华的行宫。阿古柏还从各地掳掠各族少女600多人充进自己的后宫，在行军打仗的时候也要携带十几名妃子用于享乐和赏赐部下。同时，他本人把原先贵族的土地、水渠和汉族人开垦的土地都据为己有，高价卖出后再以其他名目收回来继续获得暴利。当地人民因为生活负担过重纷纷沦为奴隶，阿古柏自己就有3000多名奴隶，许多奴隶甚至被卖到了土耳其。

阿古柏为了寻求奥斯曼帝国的支持，于1873年派遣侄子赛义德·阿古柏·汗到伊斯坦布尔拜谒奥斯曼苏丹，阿古柏从奥斯曼帝国受封“埃米尔”称号，获赐勋章和宝剑，获赠炮6门、枪1200支。奥斯曼帝国还派出4名军事教官到新疆帮阿古柏培训军队。阿古柏接受奥斯曼的封号后，就把苏丹的名字铸在自己发行的钱币上，并悬挂土耳其国旗，承认奥斯曼的宗主权。1875年赛义德再次出使土耳其，奥斯曼苏丹再次赠与大批武器弹药并派出军事教官。奥斯曼苏丹还以命令的形式确认阿古柏的长子为其继承人，并向阿古柏的长子和次子授予官衔。1877年，赛义德第三次出使土耳其，代表阿古柏向新任苏丹效忠。

与英、俄签订条约

阿古柏为维持其贫弱的反动政权，同当时正在争夺中国新疆的英、俄两国侵略势力进行勾结。英国为了从印度向新疆地区扩张，并抵制俄国势力的南侵，竭力控制阿古柏政权。1868年，派罗伯特·沙敖到喀什噶尔，与阿古柏建立直接联系；1873年，英国又派出费赛斯使团带给阿古柏一封英国女王的亲笔信和大批武器。次年，双方签订《英国与喀什噶尔条约》。通过条约，英国取得在新疆自由进出、商品自由流通、派驻领事、享有治外法权、关税优惠、居住等权利。英国则承认阿古柏在新疆的统治地位，还为了维护阿古柏的统治，对其与奥斯曼帝国的勾结活动给予大力支持，积极为其运送武器。奥斯曼提供的武器弹药就是先运到印度孟买，再由英国人转运到新疆的。

与此同时，俄国为了抵制英国扩张势力，也密切注视着阿古柏入侵新疆的事态发展。1868年，派出商人克卢道夫到喀什噶尔活动.同年，阿古柏也派人去塔什干和彼得堡同俄国政府进行勾结。1871年俄国悍然出兵侵占伊犁，第二年便派出以考尔巴斯为首的使团来喀什噶尔，同阿古柏签订了《俄国与喀什噶尔条约》。条约使俄国人获得了在南疆各地经商、设立代理人、建造商行和货栈的权利。通过这个条约，阿古柏取得了俄国政府对其政权的承认与支持；俄国在阿古柏占领下的中国新疆地区攫得大量权益

两个条约签订使阿古柏得到了英俄双方的支持，其势力也逐步达到顶峰。阿古柏作为一个中亚国家的入侵者，肆意出卖中国新疆地区的主权和利益，以换取英俄两国对他的支持，妄图使新疆各族人民从统一多民族国家分裂出去，引起中国各族人民的强烈反对。

阿古柏政权入侵新疆12年，依仗屠刀对新疆各族人民进行野蛮的血腥统治。新疆各族人民用多种方式奋起抗争。在喀什，1865年阿古柏攻入边卡时，首先起来抵抗入侵者的是喀什周围的柯尔克孜族人民。在和田，1867年阿古柏侵略军攻击时，和田军民自发组织起来与侵略者战斗，男女老幼一齐上阵，守城一个多月。库车的维吾尔、回族等各族人民英勇抗敌，击毙了阿古柏的长子胡达·胡里伯克。

1875年(清光绪元年)，清政府采纳左宗棠的建议，派军进入新疆。左宗棠采取“先北后南，缓进速战”的进军方针，在新疆各族人民支持下，清军势如破竹，收复了包括乌鲁木齐在内的天山北路。1877年左宗棠率军进入南疆，驱逐了阿古柏在吐鲁番、达板城的势力，击溃了其主力部队，阿古柏在库尔勒殴打致死（也有学者研究认为他是服毒或中风而死。详见目录“人物争议”），他的儿子伯克·胡里继承了王位，并将阿古柏安葬。之后，伯克·胡里与其兄弟阿奇木开始争斗，阿奇木最后战败，这也导致阿古柏政权进一步衰弱。左宗棠率领清军开始进攻喀什噶尔，战事非常顺利，柯尔克孜人也开始了暴动。1878年1月，胡克·伯里领导的“哲德沙尔”汗国覆亡。至此，中国新疆地区除伊犁仍被俄国侵占外，天山南、北两路全部收复。

阿古柏在新疆推行拉伊斯制度，强迫人民改信伊斯兰教，并派拉伊斯（检查执行伊斯兰教的官员）随意惩罚人民——尤其是上街不戴面纱的妇女。在行政上，阿古柏实行“苏玉尔阿列”制度（军事采邑制），各级官员统治的地区被视为采邑，居民被视为奴隶，所有的收入都归他们所有。阿古柏为了镇压人民的反抗，建立了警察机构，警察特务遍布各个地区。

阿古柏在他统治的地区没有制定正规的税收制度，但是设有非常多的附加税。比如“扎尕提税”是一种占财产四十分之一的宗教税，“哈拉哲”是征收农作物十分之一的宗教税，且税收的担子大多压在穷人农民身上，富人可以少纳或不纳。

对于阿古柏及其政权，后世学者的评价均为负面。中国人民大学梁俊艳认为阿古柏的统治引起了当地人民的强烈不满，导致其政权基础非常薄弱。

学者邹礼洪从阿古柏他入侵新疆的行为和在新疆实行残暴的统治进行观察后认为，他是“地地道道的侵略分子”和“屠杀新疆人民的刽子手”。

阿古柏在新疆活动前后十余年，他的征战是不折不扣的侵略行为。王震将军就曾说：“阿古柏是从新疆外部打进来的，其实他是沙俄、英帝的走狗。”

阿古柏死亡的原因众说纷纭，中国人民大学潘向民在他的著作中专门讨论了这个问题，他认为阿古柏服毒自杀的可能性最高。兰州大学白海提根据可靠的史料证明认为，阿古柏的真实死因是在暴怒殴打下属官员中引发中风而死。