酶的辅助因子是酶中非蛋白质的部分，在酶促反应中主要起着递氢、传递电子和传递某些化学基团的作用。常见的酶的辅助因子包括金属离子和一些分子量不大的有机化合物。

酶的本质是蛋白质，根据酶的化学组成不同，可分为单纯酶(simple enzyme)和结合酶(conjugated enzyme)两类。结合酶由蛋白质部分和非蛋白质部分组成，前者称为酶蛋白（apoenzyme），后者称为辅助因子（cofactor），酶蛋白和辅助因子结合形成的复合物称为全酶，只有全酶才有催化作用。

酶的辅助因子为催化活性所必需的，与酶蛋白疏松结合的小分子量的有机物质或者是一些金属离子。

一部分酶除蛋白质部分外，尚含有与它们的功能直接有关的一些无机或有机成分，这些成分统称为酶的辅助因子，如果缺少这些成分，酶就显不出活性。

辅因子是酶发挥催化剂作用所需的非蛋白质化合物或金属离子。辅因子可以被认为是帮助生化转化的“辅助分子”。

辅因子可分为两类：无机离子和称为辅酶的复杂有机分子。辅酶主要来源于少量的维生素和其他有机必需营养素。

辅酶进一步分为两种类型。第一个被称为“假体组”，它由一种辅酶组成，该辅酶与蛋白质紧密（甚至共价）并永久结合。第二种类型的辅酶称为“共底物”，与蛋白质瞬时结合。共底物可能会在某个时候从蛋白质中释放出来，然后再重新结合。辅基和共底物具有相同的功能，即促进酶和蛋白质的反应。没有辅因子的无活性酶称为脱辅基酶，而具有辅因子的完整酶称为全酶。

一些酶或酶复合物需要几种辅因子。例如，糖酵解和柠檬酸循环连接处的多酶复合物丙酮酸脱氢酶[6] 需要五种有机辅因子和一种金属离子：松散结合的硫胺素焦磷酸盐 (TPP)、共价结合的硫胺素和黄素腺嘌呤二核苷酸 (FAD)、共底物烟酰胺腺嘌呤二核苷酸 (NAD+) 和辅酶 A (CoA)，以及金属离子 (Mg2+)。

有机辅因子通常是维生素或由维生素制成。许多含有核苷酸一磷酸腺苷 (AMP) 作为其结构的一部分，例如 ATP、辅酶 A、FAD 和 NAD+。这种共同的结构可能反映了作为古代 RNA 世界中核酶一部分的共同进化起源。有人提出，分子的AMP部分可以被认为是一种“手柄”，酶可以通过它“抓住”辅酶，在不同的催化中心之间切换。

常见的酶的辅助因子

包括金属离子和一些分子量不大的有机化合物。

一般常见的金属离子有锌离子(Zn(2+))、镁离子(Mg(2+))、铁离子(Fe(3+))、铜离子(Cu(2+))等，例如醇脱氢酶含锌、精氨酸酶含锰、而多酚氧化酶则含铜等。