崇祯十三年(1640),覃宗禹奉邵捷春调令出征,守卫
夔州府紫阳城(在
白帝城),随后奉
分巡道调令讨平
施州卫民乱,复遂邵捷春抵御张献忠入蜀,在麻渡河坚守孤城,军中舍把覃文孝、王先、李朝松、覃世玉等27人战死,斩获300余颗,随后又在大宁县(今
巫溪县)斩杀张献忠乱军300余级,生擒贼兵53人。蒙抚部题奏,于崇祯十五年(1642)授予
宣慰使司印篆。
明朝灭亡后,
夔东十三家坚守
三峡地区抗击清军,包括
唐崖土司在内的
施州卫各土司也未归附清朝。唐崖土司与
沙溪土司、
忠路土司、
酉阳土司、
大旺土司等曾多次寇略四川彭水、黔江等地,覃宗禹在顺治四年(1647)、五年(1648)率土兵寇略
彭水县。顺治十七年(1660),清朝将领
李国英攻下重庆及周边彭水、黔江等地,秦王
孙可望派遣总兵王光兴来讨伐,王光兴于是派王化龙率领唐崖土司覃宗禹等攻打彭水县
郁山镇,战于伏牛山、廖家岩、南京街,大胜而归。
康熙四年(1665),随着驻守施州的
南明荆国公王光兴率众归顺清朝,覃宗禹也将宣慰使司印篆及同知佥事、左右二副司官印四颗呈缴,清廷仍授予宣慰使司职衔。
康熙十三年(1674),西南
吴三桂作乱,传檄施州卫,施州、建始等地被
吴周占据。覃宗禹也不得已接受其任命。于康熙十八年(1679)去世。