补充住房公积金制度是住房公积金制度的一种补充，两者的基本特征是相同的，都是一种长期的住房储金，用于职工的住房消费，属于职工个人所有；补充住房公积金属于非强制性缴纳的社会保障项目。企业根据自身的业绩和管理需要可以自主决定是否替员工缴纳补充住房公积金。

职工缴存的补充住房公积金，由单位在职工每月工资收入中代为扣除；单位为职工缴存的补充住房公积金，由单位承担。单位为职工缴存的和代扣的补充住房公积金，由单位自发放月工资之日起五日内，存入公积金管理中心设立的补充住房公积金专户内，并且计入职工个人补充住房公积金账户。

补充住房公积金的月缴存额等于职工本人上一年度的月平均工资乘以职工、单位的补充住房公积金缴存比例。职工本人和单位的补充住房公积金的缴存比例，分别不得大于各9%和少于各1%。具体缴存比例，根据单位的实际情况确定。如某职工上一年度月平均工资1285元，补充住房公积金缴存比例是职工个人和单位各为9%，则个人缴存额为1285元×9%=115.65元，四舍五入后取116元；单位缴存额亦为116元，二者相加月缴存额等于232元。又如某职工上一年度月平均工资2200元，补充住房公积金缴存比例是职工个人和单位各为8%，则个人缴存额为2200元×8%=176元，单位缴存额亦为176元，两者相加月缴存额等于352元。

1、住房公积金的缴存是强制的，而补充住房公积金的缴存是自愿的；

2、从缴存范围来看，补充住房公积金的缴存范围在住房公积金缴存范围的基础上增加了限制，规定只有足额缴纳税款的企业和自收自支的事业单位及其所属职工可以参加补充住房公积金；

3、住房公积金的缴存比例为单位、个人各7%，其缴存额有上下限的限制，而补充住房公积金单位和个人的缴存比例，分别在不大于各5%不小于各1%的范围内，由单位自行确定，其缴存额没有上下限限制。