藤原高子出生于承和9年（842年），为家中次女。父为时任从四位下
藏人头的
藤原长良，母为藤原乙春。出生的同年朝廷发生了“
承和之变”，高子出身的
藤原氏在这次政变中成为最大赢家，为将来开创
摄关政治打下基础。
清和天皇尚在东宫时，高子以女官的身份出仕于皇太后
藤原顺子（五条后）的宅邸。贞观元年（859年）9岁的清和天皇即位，在一代天皇只举行一次的
大尝祭上，高子被选为五节舞的舞姬，并叙从五位下。之后高子可能转而出侍清和天皇之母侍奉染殿后藤原明子，因此得以经常出入宫廷，是以在清和天皇
元服两年后于贞观8年（866年）入内，当时高子24岁，清和天皇16岁。贞观8年（866年）12月，高子获封女御，九年，晋位正五位下。与清和天皇之间生有贞明亲王（
阳成天皇）、贞保亲王、敦子内亲王等二男一女。贞观11年（869年），晋从四位下，贞观13年（871年），又晋从三位。
清和天皇的后妃很多，其中“有专房宠”的是和高子差不多同时入宫的堂姐妹藤原多美子，她是高子三叔
藤原良相的女儿。高子的哥哥藤原基经也将两个非嫡出的女儿藤原赖子、藤原佳珠子送入了清和天皇的后宫，其他还有很多皇族的女王和源氏出身的女御、更衣等。值得一提的是在原业平的侄女在原文子也是清和天皇的后宫之一。
成为国母时，儿子阳成天皇尚年幼，政权由高子与清和太上皇、摄政
藤原基经共同辅佐。不久后清和太上皇于元庆4年12月4日（881年1月7日）驾崩，高子与兄长藤原基经之间渐生嫌隙。清和天皇去世后不久是高子的四十大寿，但因天皇驾崩，因此推移到了第二年即元庆六年（882年）三月举办。阳成天皇设宴清凉殿，王公贵族皆列席，更衣在原文子所生皇子贞数亲王献上了兰陵王之舞，高子通过重用在原文子母子，表达了亲近在原氏的态度。
同元庆六年（882年），阳成天皇加封母亲高子为皇太后。按照日本的礼法，非前任天皇正配的天皇之母只能封为皇太夫人而非皇太后。但孝子之心、外戚势力的膨胀以及仁明、文德、清和三天皇都未正式册立皇后，使这一礼法未能严格遵守。因此文德天皇的母亲
藤原顺子、清和天皇的母亲
藤原明子都在册立皇太夫人不久后，又晋皇太后，高子也不例外。
元庆7年（883年）11月，据《
日本三代实录》记载，阳成天皇在宫中杀害了自己的乳母纪全子的儿子源溢。前所未闻的天皇在宫内杀人事件成为藤原基经逼迫阳成天皇退位的理由，因此，阳成天皇自称生病于元庆8年2月4日（884年3月4日）下诏退位，时年仅15岁。阳成天皇成为太上皇后，高子仍称皇太后。母子二人被迫远离政治，皇统改由阳成天皇的叔公、仁明天皇次子时康亲王继承，是为光孝天皇。
宽平八年（896年），54岁的藤原髙子因为被怀疑与自己创建的东光寺的座主善祐私通而被废除了皇太后的地位。但是4天后，朝廷又给了她四百户的封户。这是光孝天皇的儿子
宇多天皇时代的事。宇多天皇退位由其子
醍醐天皇即位后，高子在延喜10年3月24日（910年5月6日）薨，享年68岁。
天庆6年5月27日（943年7月2日），在高子已死去33年、皇位已轮到醍醐天皇的儿子
朱雀天皇继承时，高子的皇太后称号终得恢复。
诏。朕以菲虚，忝嗣鸿业。思施德义之政，以致治理之风。元庆皇太后，在昔停徽号，称前皇太后。椒庭之月长闲，芝砌之霜多改。未及涣汗，早断德音。往事在耳，朕犹恸焉。故追复本号，以慰芳魂。青苔故宫，纵无增光於雨露之影，白杨荒隧，庶更变风於山陵之声。普告天下，俾知朕意。主者施行。
藤原高子与日本著名歌人
在原业平的悲恋故事在日本流传深广，这段传说故事多见于日本著名的和歌物语《伊势物语》、《大和物语》中。
在原业平是平城天皇的儿子阿保亲王的儿子，母亲是桓武天皇的女儿伊都内亲王，因此在原业平拥有纯正的皇室血统。但由于祖父平城天皇在“
药子之变”中败于嵯峨天皇以及父亲在“
承和之变”中受到打击去世，他和哥哥在原行平被降为臣籍。
在原业平出生于825年，年长高子17岁。他被后世选为“六歌仙”之一，《
日本三代实录》记载了在原业平高超的和歌技巧，同时也说他学问不精。
美丽的高子作为女官出仕于姑母、皇太后
藤原顺子位于五条宅邸。在这期间，高子与在原业平相恋，业平经常翻过矮墙与高子私会。然而这段恋情却被皇太后发现，因此派人严加看守高子。悲戚的业平与高子相约私奔却未能成功，被兄长藤原基经、藤原国经追了回来。此后，高子住到了堂姐皇太夫人藤原明子的宅邸染殿并准备入宫，业平则被流放往东国。
这段传说并未见载于当时的官方史书如《
日本三代实录》等之上，但在民间却有着广泛的影响力。平安时代中期编写的史书《大镜》也记载了高子的这段无疾而终的年少轻狂。
编纂《
大日本史》的江户时代
水户藩藩主德川光圀（
水户黄门）在这部史书的后妃列传中曾记载了高子入宫前的一件事：高子的兄长藤原基经梦到高子腹部有一团气升起成为了太阳，之后高子便被选入宫中。德川光国认为这是藤原基经为了避讳高子与业平相恋的事，于是编造出来的说法。