作为药物用以治疗疾病的
真菌。它们在生长、发育的代谢活动中，能于
菌丝体、菌核或子实体内产生酶、蛋白质、
脂肪酸、
氨基酸、肽类、
多糖（见碳水化合物）、生物碱、甾醇、萜类、
苷类以及维生素等具有药理活性或对人体疾病有抑制或治疗作用的物质，临床上或是直接利用菌丝体、
菌核或子实体，或是利用从
菌体中分离出来的有效物质。
真菌类药物广泛，通常所说的药用真菌多限于在生长发育的一定阶段能够形成个体较大的子实体或菌核结构的高等真菌，其中大部分属于
担子菌亚门，少数属于
子囊菌亚门，在
酵母等其他真菌中也有少数种具药用价值。能产生抗生素的真菌作为药物历史悠久。
早在2500年前，中国就已采用酒曲治疗肠胃病。中国
东汉初期的《
神农本草经》及以后历代本草书内就记载有灵芝，常用的种类有
赤芝、
紫芝、
茯苓、
猪苓、雷丸、
大秃马勃、
紫色秃马勃、
冬虫夏草、
僵蚕、
香菇、
木耳以及
蝉花等，这些药用真菌都经历了长期的医疗实践，疗效得到了充分的验证，至今仍被广泛地应用。
药用真菌的来源有野生采集、人工栽培和发酵培养3个途径。野生资源不仅稀少,也不易采集，且受生态环境及季节等自然条件的限制。有些种类如
冬虫夏草、
麦角等的野生产量已满足不了临床的需要。人工栽培的蕈
菇类多采用
段木栽培或锯木屑
瓶栽当前以
茯苓、
银耳及
黑木耳的生产量较大。
当今灵芝的
段木栽培也获成功。锯木屑
瓶栽的主要原料为锯木屑、麦麸或糠皮，也可加入少量糖类、石膏或
硫酸铵等。灵芝、
银耳、
茯苓和猴头等都可采用木屑
瓶栽。人工栽培能批量生产，较野生采集有优越性。
为进一步扩大药源，改进真菌类药物的生产方法，1957年以来，中国医学科学院药物研究所等单位，在麦角栽培培养的基础上，曾先后研究成功
固体培养及深层发酵培养
麦角菌,提制
麦角新碱的生产工艺。1970年,中国各药用真菌研究和生产单位分别对灵芝、蜜环菌、亮菌、
安络小皮伞、
银耳、猴头、
猪苓、
茯苓和云芝等进行了发酵、药物化学、药理及临床等的综合研究，制订了生产工艺，并已投产。麦角新碱、蜜环菌片及亮菌片已列为国家的科学研究成果。
此外，从
银耳、
茯苓、
猪苓、云芝和
香菇等
担子菌中提制的真菌多糖，也引起国内外的重视，日本和美国都进行过大量的工作。经化学分析证明这些
多糖虽结构各异，但都具有β-1，3键连接主链，和β-1，6键连接支链构成的葡聚糖基本结构。
多糖化合物毒性很小，对小鼠肉瘤S-180有较强的抑制作用;它们的抗肿瘤作用机制不同于毒性类药物的直接杀伤细胞作用，而是通过提高机体免疫功能，间接抑制肿瘤的生长，从而为抗癌药物的研究与应用开辟了新途径。
为了满足临床和适应生产的需要，在药用真菌的研究工作中，需不断选育优良
菌种，相应地改进栽培技术措施或发酵生产工艺，对有效成分还不清楚的一些药用真菌（如台菇及
糠谷老等），应加强化学成分的分离提取等研究工作。
中国以真菌作为药材治疗人类疾病有着悠久的历史。早在2550年前，我们的祖先就会用豆腐上生长的霉治疗疮痈。《
神农本草经》中记载的药用真菌有
茯苓、灵芝、
虫草、
木耳等。在《本草拾遗》和《本草纲目》中也都有药用真菌的记载。真菌用作现代药物始于20世纪40年代，1940年青霉素提纯作为抗生素首次用于临床试验，从而开创了用抗生素治疗传染病的先例。
1956年第二种真菌抗生素——头孢霉素试制成功。这种抗生素不仅具有青霉素的优点，且不易引起过敏反应。
甾族化合物的转化是真菌带给医药界的又一类珍贵新药。当今来发现平菇、
草菇、
金针菇、
蘑菇等均含有抗癌成分，对肿瘤有防治作用。从真菌中寻找抗癌药物已为世界瞩目。
猴头菇有抗癌、治胃溃疡和十二指肠溃疡作用。用猴头菌制成的的猴菇菌片可用来治疗消化道肿瘤。
猪苓用于治疗肺癌，可以减缓症状。银耳多糖、
灵芝多糖等均为药用真菌制成的新药。
