民族自治地方的自治机关早在
新民主主义革命时期的革命根据地政权建设中就开始出现。1941年在
陕甘宁边区的
正宁县建立了
回民自治乡人民
政府，在城川建立了蒙古族自治区人民政府。1947年建立了省一级的内蒙古自治区人民政府。中华人民共和国建立初期，中央人民政府委员会于1952年颁布了
《中华人民共和国民族区域自治实施纲要》，在各
少数民族聚居的地区，建立了
行政地位相当于乡（村）、区、县、专区或专区以上的自治区，不论人口多少和地域大小都统称自治区。各民族自治区的自治机关，即各
民族自治区的政权机关，称人民代表大会和人民政府。1954年宪法规定，民族自治地方为自治区、自治州、自治县，不再统称自治区。过去行政地位相当于区、乡的自治区，成立了民族乡，但不再作为民族自治地方。过去建立民族民主联合政府的县和乡，或改建为自治县和民族乡，或改建为一般的县和乡。这时的自治区、自治州和自治县的自治机关称为人民代表大会和人民委员会（1967年以后改称革命委员会，1979年以后改称人民政府）。
自治区、自治州和自治县的人民代表大会，是民族自治地方的国家权力机关。由本行政区域内的各族人民依法选举的代表组成。自治区、自治州的人民代表大会代表由下一级人民代表大会选出，自治县人民代表大会代表由选民直接选举产生。自治区、自治州、自治县的人民代表大会设常务委员会，由本级人民代表大会选举产生，由实行区域自治的民族的公民担任主任或副主任。自治区、自治州、自治县的人民代表大会每届任期5年。
自治区、自治州、自治县的人民政府，是本级人民代表大会的执行机关，是本级民族自治地方的地方国家行政机关。自治区主席、副主席，自治州州长、副州长，自治县县长、副县长由本级人民代表大会选举产生，其他组成人员由本级人民代表大会常务委员会分别根据
自治区主席、自治州州长和自治县县长的提名决定，每届任期和本级人民代表大会相同。它对本级人民代表大会及其常务委员会和上一级国家行政机关负责并报告工作，受国务院的统一领导。自治区、自治州、自治县的人民政府实行首长负责制。自治区主席、自治州州长、自治县县长由实行区域自治的民族的公民担任。人民政府的其他组成人员和所属工作部门的干部，也尽量配备实行区域自治的民族和其他少数民族的人员。
民族自治机关，除行使
宪法规定的地方国家机关的职权外，还依照宪法、民族区域自治法和其他法律规定的权限行使自治权，根据本地方实际情况，贯彻执行国家的法律、政策。包括在不违背宪法和法律的原则下，有权采取特殊政策和灵活政策；依法制定自治条例和单行条例；有权在国家计划指导下自主地管理本地方的经济建设事业；依照国家财政体制自主地管理地方财政；依照有关方针政策和法律规定自主地管理本地的教育、科学、文化、卫生、体育各项事业,保护和整理民族的文化遗产,发展和繁荣民族文化；依照国家的军事制度和当地的实际需要，经
国务院批准，可以组织本地方维护社会治安的公安部队；在执行职务时，可以依照有关规定使用当地通用的一种或几种语言文字。上级国家机关的决议、决定、命令和指示，如有不适合民族自治地方实际情况的，自治机关可以报经该上级国家机关批准，变通执行或者停止执行。
为了保证自治权的具体实现，宪法和民族区域自治法还规定，国家从财政、物资、技术等方面，帮助各少数民族加速发展经济建设和文化建设，帮助民族自治地方从当地民族中培养各级干部、各种专业人才和技术工人。