秀英港在南宋淳熙年间(1174年～1189年)，已经正式开港办理外贸运输业务和对外国籍船开放，是宋元以来与大陆联系的主要港口、商埠。

港口建设始于1936年，当时，商人集资于秀英港修建了全岛第一座人工混凝土结构的码头，长43米。日本侵琼期间也修建了一些码头，用于掠夺海南岛的资源和海军基地，这些码头于战后与解放前夕都受到不同程度的破坏。解放后，由国家投资从1952年开始，先后疏竣了淤塞的航道和港池，修复和新建了中级码头及驳船码头，新建了3000吨级泊位和港口仓库，并不断地装备装卸机械和其他配套设备，机械化程度逐年提高。1990年已成为对外开放港口，为全国20个重要港口之一，有3000吨以下泊位11个，5000吨级泊位2个，有起重、牵引等装卸机械79台，29条机械化作业线，日装卸能力2000～3000吨，航线6条。1978年前，其港货物年吞吐量为76.3万吨。1988年，海南建省时，秀英港货物年吞吐量为241.5万吨，1990年，秀英港货物吞吐量为288万吨。

2022年7月3日11时，秀英港恢复作业。

2022年7月29日，海南自由贸易港全岛封关运作第一批项目集中开工活动在海口秀英港举行。

海口市交通运输和港航管理局2022年12月17日21时发布温馨提示：根据气象预测，琼州海峡风力逐渐转弱，海口新海港、秀英港、铁路南港将于12月18日8时恢复作业。

2024年7月21日9时-7月22日14时，受南海热带低压影响，海口秀英港停运。

1994年1月由海南港务局和海口港合并成立海口港集团公司，归海南省政府领导。

2005年1月24日，海南省对琼北三港———秀英港、新海港、马村港进行重组，成立海南港航控股有限公司。

2006年3月13日，海南港航控股有限公司移交海口市管理，这是海南推进事权下放、实行“一城一港”体制，推动“琼北三港”资源整合所迈出的关键性一步。

2013年7月，在时代脚步的催促下，秀英港不得不离别故土，去接受新的担当———前往马村港区，计划在2015年底实现整体搬迁到马村中心港区。

秀英港区是海口港的主体港公用港区，一直以来，秀英港区在整个海口港的货物吞吐量构成中占有50%以上的份额。该港主要经营大宗散杂货、集装箱、车客滚装运输。

秀英港肩负着客运和货运任务，货物吞吐量在整个海口港中占“半壁江山”。仅客运一块，每天开往内地沿海及香港等地区的轮船就达40多艘，进出客流年吞吐量已达到1300万人次，每天从秀英港过海的车辆平均有1600辆左右，高峰期达到4000辆。集装箱年吞吐量从1989年的3万标箱增长到2012年的100万标箱，28条内贸航线覆盖华南、华东、华北、东北沿海主要港口及长江水系主要港口。另外两条外贸航线通过香港和越南胡志明市辐射到东亚、东南亚、西亚乃至欧美地区，日益繁忙快速的航运给陆地上带来的却是交通拥堵。

秀英港以国际和国内客运为主，近几年内兼顾集装箱和商品汽车专用滚装运输。现已开通的航线主要有：北海、海安、广州，每天开往大陆沿海及香港等地区客轮达40多艘。

港口泊位合计16个泊位其中：万吨级泊位2个 、5000吨级泊位2个 、5000吨级油气泊位1个。

码头通过能力：货物：550×104吨 、集装箱：6万TEU车辆：20万辆 、旅客：78万人次、石油：20×104吨。

秀英港的原址在搬迁后，海上将建设成高端的邮轮码头，岸上则是一线的高端住宅和商业配套。

2022年8月7日，央视新闻消息，据海南省海口市交通运输和港航管理局发布的出行提示，受南海热带云团影响，秀英港将在8月9日零时停止作业。

自2024年2月22日20:00起，海口秀英港将严格实施常态化货车全预约过海。所有出岛货车务必通过“琼州海峡轮渡管家”或“铁路轮渡”提前预约，准确登记车辆信息，再前往长影100待渡场待渡并接受预约查验，未预约货车不得进入待渡区，严禁进港。

自2024年3月12日起，海口秀英港客运站暂停营业，因升级改造施工需要，海口秀英港客运站将于2024年3月12日00:00起暂停营业，恢复运营时间另行公告，同时暂停散客、载客大巴车过海业务（如需过海请前往新海港）。