海南港航控股有限公司是在原海口港集团公司、
海南省海运总公司和马村港务公司的基础上，对国有资本权益重组而组建起来的
国有控股企业，是从事港口装卸、仓储、水上客货运输、
集装箱运输、
外轮理货、
船舶修理、
商业贸易、旅游、房地产开发、物业管理等多元化的综合性经济实体，是海南省最大的国有港航控股企业，归
海南省人民政府国有资产监督管理委员会监管。
2019年5月18日，中国远洋海运集团有限公司（以下简称“中远海运集团”）与海南省国资委签订股权无偿划转协议，并启动海南港航控股有限公司（以下简称“海南港航”）重组整合工作。2019年11月27日，海南港航股权重组完成，正式纳入中远海运集团管理体系，并按照中远海运集团直属二级公司运营管理。主营业务包括码头（集装箱、散件杂货）装卸业务、客滚运输、临港物流、航运旅游、港航服务等，是目前海南省最大的国有港航企业。截至2022年3月底，海南港航资产总额146亿元，员工3600余。控股子公司海南海峡航运股份有限公司是琼州海峡客滚运输龙头企业，于2009年12月16日在深交所上市，股票代码：002320。
公司下属琼北地区
海口秀英港、
新海港、马村港3个港口，实行统一规划、统一建设、统一经营、统一管理。其中，海口秀英港是海南省的
交通枢纽和客货集散中心，在我国沿海港口发展战略中被交通部列为主枢纽港和海南省国际集装箱干线港口，属国家一类开放口岸。新海港和马村港已经国家验收，于2005年6月1日起正式对外开放。
公司现有员工6300多人，港口岸线总长4614米，拥有各类生产性码头泊位33个，客滚船舶21艘（总吨位43799吨）和生产辅助船舶5艘，各类主要生产机械设备共236台，仓库27间共7.39万平方米，堆场12.85万平方米。
港口装卸、仓储、水上客货代理服务；集装箱运输；外轮理货；产业租赁；港口工程建设；旅游项目开发；轻工产品加工，为船舶提供岸电、燃物料、淡水和生活供应，代理人身意外险、货物运输险（仅限分支机构经营）、物流服务、港口服务、建筑材料加工和销售、船舶服务。（一般经营项目自主经营，许可经营项目凭相关许可证或者批准文件经营）（依法须经批准的项目，经相关部门批准后方可开展经营活动。）
工会、党委工作部、行政办公室、
人力资源部、财务部、法律事务部、审计督察部、生产业务部、安全技术部、工程部、发展规划部等。