宽永五年（1628），觉海（一作觉悔）自中国
泉州乘船赴日，遂于此地建庵，祭祀妈祖（天后圣母），祈求庇护中国商船的安全。此即本寺的起源。庆安二年（1649），
泉州紫云山
开元寺蕴谦戒琬应请而来，营建诸堂，扩张寺域。
承应三年（1654），
隐元隆琦赴日，亦应请住此寺。其后，木庵性■、慈岳道琛、
即非如一、悦山道宗等东渡僧，相继入此寺开堂说法。
享保七年（1722）起，本寺改由日僧担任住持。又，本寺以
日本黄檗宗发祥地而著名，其堂舍多采明朝建筑风格，其中，
七堂伽蓝于二次大战期间，遭原子弹炸毁，后经重建，于昭和二十六年（1951），恢复旧观。